單細胞轉錄組測序和空間轉錄組測序技術正處于蓬勃發展期，在現有的高通量檢測技術領域為科學研究的發展提供了前所未有的技術支撐。單細胞轉錄組測序技術能夠提供每個細胞詳實的轉錄表達信息，但是缺失來源組織的空間組成信息。空間轉錄組測序技術的特點在于提供完整的組織空間位置信息，但是每個捕獲spot信息無法達到單細胞分辨率（10個左右細胞）。因此，兩個技術的結合應用是必然的發展趨勢。
 
上海生物芯片有限公司（生物芯片上海國家工程研究中心）（以下簡稱SBC）是國內最早一批搭建10x Genomics單細胞測序平臺及開發完善空間轉錄組測序技術并開展相關技術服務的公司之一。作為生物芯片上海國家工程研究中心的依托單位，在搭建先進技術平臺的同時，融入再次創新開發和應用，目前已為復旦大學、上海交通大學、同濟大學、上海中醫藥大學、中國科技大學、華東理工大學以及瑞金醫院、華山醫院、仁濟醫院、東方醫院、第十人民醫院、長征醫院、胸科醫院、肺科醫院等多家知名院校單位提供單細胞測序及空間測序技術服務，積累了豐富的單細胞懸液制備和空間組織優化實驗經驗，包括較難處理的滑膜、軟骨、肝癌、人淋巴結等，同樣也積累了豐富的數據分析經驗。
 
結合去年兩期“單細胞及空間轉錄組測序培訓班”學員的反饋和建議，本次第三期培訓的生信分析內容將更加豐富，具體參見課程表。誠摯邀請各位老師報名參加，培訓為小班制（限額20人，以匯款憑證為準，報滿截止）。
 
主辦單位：
上海生物芯片有限公司（生物芯片上海國家工程研究中心）
上海市生物化學與分子生物學學會
培訓日期：2021年6月4日-5日
培訓地點：上海市浦東新區張江高科李冰路151號1號樓
 
課程安排：

日期	時間	題目	主要內容
6月4日 第一天	09:00-09:20	簽到、領取資料
	09:20-09:30	開課致辭
	09:30-10:30	單細胞測序及單細胞多組學研究策略及前沿進展	單細胞測序技術的發展； 10x Genomic單細胞測序原理； 樣本準備注意事項及前沿應用介紹
	10:30-11:30	空間轉錄組測序研究進展及注意事項	空間轉錄組技術進展； 10x空間轉錄組測序平臺介紹； 空間轉錄組測序樣本準備注意事項； 空間轉錄組應用介紹
	11:30-12:30	午 餐
	13:00-13:45	R語言基礎	基本概念：向量、數組和矩陣、函數； 數據導入、編輯、數據結構轉換； 文件圖表生成、導出
	13:45-14:30	R語言進階	統計檢驗，差異基因計算
	14:30-15:00	實驗室參觀、茶歇交流
	15:00-16:00	樣本準備及注意事項	單細胞樣本準備及常見問題，Demo實驗 空間轉錄組樣本準備及常見問題，Demo實驗
	16:00-17:00	ggplot2作圖詳解	柱狀圖、餅圖、boxplot、小提琴圖、密度曲線圖，散點圖，差異基因可視化（火山圖）等
6月5日 第二天	09:30-10:30	單細胞轉錄組數據分析介紹與上機實操	基于cell ranger 、Loupe
	10:30-11:15	單細胞轉錄組數據多樣本比較分析介紹與上機實操	基于Seurat包
	11:15-11:45	單細胞RNA測序數據的聚類工具比較介紹
	11:45-13:00	午 餐
	13:00-14:20	空間轉錄組數據分析介紹與上機實操	基于space ranger、Loupe
	14:20-15:00	單細胞擬時序分析	1、Monocle的原理算法介紹； 2、高分文章案例數據集作圖：擬時序分析等
	15:00-15:10	茶歇交流
	15:10-15:50	scanpy進行單細胞數據分析	基于 Python 分析單細胞數據：預處理，可視化，聚類，擬時序分析和差異表達分析等
	15:50-16:20	細胞類型注釋	SingleR的分析使用和庫的整理解讀
	16:20-16:30	頒發培訓證書

費用及優惠
1、培訓費用：
兩天培訓課程費用為3800元/人，包含培訓費、資料費、培訓期間午餐費。
產生的其他食宿交通費用等請自理。
2、報名優惠：
· 所產生的培訓費用可在后續訂購SBC服務產品時抵扣等額的合同款項（每份服務合同只能抵扣一人次），有效期至2021年12月31日為止。
· 團體報名（同一單位2人及以上）享受9折優惠。
· 上海市生物化學與分子生物學學會會員可享受8折優惠（需在報名頁填寫學會會員號）。
3、其他說明
· 以匯款憑證(截圖、掃描件)或實際到款為成功報名
· 學員需自己攜帶筆記本電腦參加上機課程（電腦配置及軟件要求：報名成功后通知）。
· 早晚餐、交通及住宿等其他費用請自理。
 
報名方式：
請掃碼報名，或點擊此處填寫報名信息。本次培訓班限額20名，報名截止日期至2021年5月25日，報滿將提前截止。
 
匯款信息：（匯款時請注明：培訓+姓名）
名稱：上海生物芯片有限公司
開戶行：中國銀行上海浦東分行
賬號：4572 5921 5312
 
交通信息
培訓地點：上海市李冰路151號1號樓
交通線路：地鐵2號線金科路站或張江高科站換乘公交1090路、1113路李冰路愛迪生路站
報名咨詢：
電話：400-100-2131（周一至周五9:00-17:00）；138 1640 6711
郵箱：marketing@shbiochip.com