因美納NovaSeq™ X Plus RNA-Seq測序應用說明發布

瀏覽次數：4434　發布日期：2024-5-17　來源：本站　本站原創，轉載請注明出處

多組學提供了一種綜合方法，可幫助我們在多個生物學層面不斷探索，獲得新發現。通過將基因組學、轉錄組學、表觀遺傳學和蛋白質組學的數據相結合，研究人員可以更全面地了解正常發育、細胞反應和疾病相關的分子變化，而轉錄組學往往是多組學整合中必不可少的一環：

轉錄組學+基因組學

對全基因組關聯研究（GWAS）中發現的變異進行注釋和優先排序，以了解疾病機制。

轉錄組學+表觀遺傳學

研究基因調控與基因表達之間的聯系，以了解控制目標表型的機制。

轉錄組學+蛋白質組學

同時定量 RNA 和蛋白質表達，全面了解細胞功能和活動。

超高的通量和準確性

NovaSeq™ X系列為生產規模的RNA-Seq或多組學研究等數據密集型應用提供了超高的通量和準確性。三種流動槽類型支持多種運行配置，提高了靈活性和可擴展性。NovaSeq™ X系列試劑盒中的XLEAP-SBS試劑在性能和速度方面經過了優化，可在不犧牲數據質量的情況下大幅提高通量。與NovaSeq™ 6000基因測序儀相比，NovaSeq™ X系列能以更短的運行時間顯著提高通量（表1）：

表1：測序輸出量相當，運行時間顯著縮短

進一步改善測序指標

除了測序時長的縮短之外，NovaSeq™ X Plus基因測序儀在測序的質量上也通過定制的暗循環方案，減少了測序過程中出現首堿基T懸垂（RNA文庫制備過程中連接測序接頭時產生的副產物）的情況，從而進一步改善了測序指標。在下面的表格中，我們比較了常用的四款測序試劑盒（NovaSeq™ X Plus 1.5B、10B、25B測序試劑盒300循環包裝和NovaSeq 6000 S4測序試劑盒200循環包裝）在RNA-Seq測序中的常見運行指標（表2）：

表2：總RNA-Seq 的測序運行指標

以上結果表明，在NovaSeq™ X Plus基因測序儀上生成的總RNA-Seq數據超出了已公布的數據質量規范，也優于使用NovaSeq™ 6000基因測序儀生成的結果。

隨后我們將所有樣本的測序數據取10M read，使用DRAGEN™ RNA pipeline v4.0.4版本比較了基因表達數據，并將數據與基因組參考序列聯盟的人類標準基因 GRCh38 （hg38 組裝序列）進行了比對。結果表明，對于所有NovaSeq™ X系列流動槽中的總RNA-Seq，兩個平臺的測序比對指標（包括重復率、已定位 read 百分比和唯一 read百分比）顯示出出色的一致性（R2>0.99）（圖3和圖4）。同樣，融合檢出數據在兩個平臺上也都表現出色（圖5）。這些結果表明，在NovaSeq™ X系列上進行全轉錄組測序產生的數據質量達到或超過了NovaSeq™ 6000基因測序儀的性能。

圖3：NovaSeq™ X Plus和NovaSeq™ 6000基因測序儀之間的RNA-Seq數據一致性——測序數據顯示，在所有NovaSeq™ X系列流動槽和所評估樣本（HL60、KS62 和MCF7，多次運行）的總RNA-Seq中，兩個平臺之間的一致性非常好，R2> 0.99。

圖4：NovaSeq™ X Plus 和NovaSeq™ 6000基因測序儀上的RNA-Seq比對指標——包括重復率、已定位read百分比和唯一read 百分比在內的測序比對指標顯示，兩個平臺之間具有出色的一致性（在所有NovaSeq X系列流動槽和所評估樣本（HL60、KS62和MCF7）中，總RNA-Seq的R2> 0.99）。

圖5：NovaSeq™ X Plus和NovaSeq™ 6000基因測序儀之間的融合檢出數據一致性——對于不同的流動槽，兩種平臺上的融合檢出數據均表現出色。

總結
NovaSeq X系列的RNA-Seq提供了簡化的從RNA到結果的工作流程，集強大功能、速度和靈活性于一身，可實現高通量轉錄組分析。將 NovaSeq X Plus基因測序儀的全轉錄組測序數據與使用NovaSeq 6000基因測序儀生成的數據進行了直接比較。

結果表明，對于 NovaSeq X Plus 基因測序儀的所有三種流動槽配置，NovaSeq X系列的性能均達到或優于 NovaSeq 6000基因測序儀的性能，為從基因表達分析到全轉錄組發現研究的各種 RNA-Seq項目提供了可擴展性。NovaSeq X系列的轉錄組學分析可與其他組學研究相結合，從而獲得深入的生物學見解。

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