PROTAC技術(shù)(PROteolysis TArgeting Chimera)是近年來(lái)藥物研發(fā)的新興領(lǐng)域之一。PROTAC分子一端是靶蛋白配體，另一端是E3泛素連接酶配體，中間通過(guò)連接子（linker）連接。通過(guò)構(gòu)建三元復(fù)合物（Ternary Complex），PROTAC將靶蛋白與E3泛素連接酶結(jié)合，從而實(shí)現(xiàn)靶蛋白的選擇性降解。PROTAC是靶向蛋白降解（TPD，Targeted Protein Degradation）的重要策略之一，目前全球多家制藥企業(yè)（如Arvinas公司）正在積極推進(jìn)PROTAC藥物研發(fā)，多個(gè)候選藥物已進(jìn)入臨床試驗(yàn)階段。

在PROTAC的計(jì)算機(jī)模擬方面，合理的分子設(shè)計(jì)與優(yōu)化對(duì)于提高降解效率至關(guān)重要。計(jì)算模擬能夠在早期階段幫助篩選潛在的PROTAC分子，模擬三元復(fù)合體的結(jié)合模式并評(píng)價(jià)結(jié)合打分，減少實(shí)驗(yàn)篩選的時(shí)間和成本。加拿大化學(xué)計(jì)算集團(tuán)（Chemcial Computing Group，CCG）在2019年和2020年連續(xù)發(fā)表兩篇文章，介紹使用MOE（Molecular Operating Environment）軟件進(jìn)行PROTAC的三元復(fù)合物建模方法，并持續(xù)優(yōu)化算法，以提高模擬精度^[1,2]。

使用MOE PROTAC工具方法4B模擬的PROTAC三元復(fù)合物結(jié)構(gòu)

當(dāng)前，MOE實(shí)現(xiàn)了6種建模策略。其中，方法4B能夠有效模擬不同Linker對(duì)形成三元復(fù)合體的影響，為PROTAC的理性設(shè)計(jì)提供有力支持。此外，MOE近期還開發(fā)了partialPROTAC Screening Tools，提供一系列預(yù)構(gòu)建的Linker構(gòu)象集合，支持用戶快速篩選合適長(zhǎng)度的PROTAC連接子。

PROTAC建模方法4B

為了更好地介紹MOE在PROTAC研究中的應(yīng)用，我們將于3月27日下午3點(diǎn)舉辦在線講座，介紹MOE在PROTAC研究中的模擬方法，篩選工具與實(shí)際應(yīng)用。

講座時(shí)間：3月27日（周四）15:00-16:00
本次講座將涵蓋以下內(nèi)容：
| PROTAC的計(jì)算機(jī)建模方法介紹；
| MOE針對(duì)PROTAC三元復(fù)合物的最新建模工具和優(yōu)化策略；
| 通過(guò)MOE進(jìn)行PROTAC分子篩選的案例分享。

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參考文獻(xiàn)
[1] Drummond, M.L.; Williams, C.I. In Silico Modeling of PROTAC-Mediated Ternary Complexes: Validation and Application. J. Chem. Inf. Model. 2019, 59, 1634-1644; https://doi.org/10.1021/acs.jcim.8b00872

[2] Drummond, M. L.; Henry, A.; Li, H.; and Williams, C. I. Improved Accuracy for Modeling PROTAC-Mediated Ternary Complex Formation and Targeted Protein Degradation via New In Silico Methodologies. J. Chem. Inf. Model. 2020, 60, 5234-5254; https://doi.org/10.1021/acs.jcim.0c00897