10x Genomics的Visium空間基因表達是一種新穎的分析方法,它將組織學與空間分辨的全轉錄組基因表達譜分析相結合,可在組織背景下對基因表達進行定位和定量。這種分析基于空間轉錄組學方法。如今已被廣泛采用,并被近40篇同 行評審文獻和50多篇預印本引用。目前,Visium空間基因表達分析與任何物種的新鮮冷凍組織切片均兼容。它在文庫制 備過程中采用poly A捕獲和獨特的空間條形碼技術。10x Genomics還提供了一種與人和小鼠的福爾馬林固定石蠟包埋 (FFPE)組織切片兼容的Visium空間基因表達分析。該方法利用靶向基因的探針對的RNA模板連接,對全轉錄組進行高度特異且靈敏的檢測。這兩種分析都采用相同的分析工具和流程(如Space Ranger和Loupe Browser),對Visium空間 數據進行處理和可視化。此外,研究人員可聯系10x Genomics的技術專家,專家會就科學和技術咨詢、流程優化和故障排查提供支持。
Visium空間基因表達流程實現了全轉錄組分析(新鮮冷凍組織和FFPE組織)和靶向分析(新鮮冷凍組織),同時保留了空間信息。它在組織結構、組織微環境和細胞群體的背景下提供了基因表達數據。
在您的研究中使用Visium空間基因表達的理由
Visium空間基因表達分析具有多個優勢,使其成為空間轉錄組學的最佳產品。具體優勢包括:
• 空間分辨率的全轉錄組檢測
– Visium新鮮冷凍組織空間基因表達分析捕獲聚腺苷化的mRNA分子,減少因靶向擴增子測序或序列特異性的雜交技術引入的偏好性。Visium FFPE組織空間基因表達分析則采用靶向基因的探針對的RNA模板 連接,對人和小鼠FFPE組織切片中的全轉錄組進行高度特異且靈敏的檢測。
• 久經考驗的技術
– Visium空間基因表達解決方案作為一種基本技術,被多篇同行評審的論文所引用,出現在高質量的 期刊上,包括《Science》、《Cell》、《Nature Neuroscience》、《Nature Communications》和《Nature Protocols》。
• 無需特殊的設備
– Visium空間基因表達不需要任何特殊的設備,可在擁有標準的切片設備、帶有圖像捕獲功能的顯微鏡 以及測序儀器的任何實驗室或中心實驗室中采用。
• 完整的數據分析解決方案
– Visium空間基因表達包含數據分析流程以及先進的數據可視化軟件。后者與大多數臺式算機兼容,且包含差異基因表達分析的工具。
• 高重復性和高靈敏度
– 使用Visium核心技術的文獻已證明,相鄰組織切片之間的數據重復性r = 0.97 (2)。將采用Visium流程測序的mRNA與通過傳統
RNA測序的mRNA進行比較后發現,95%的轉錄本在兩種檢測方法中都能發現,突出了該流程的檢測靈敏度。
• 高空間分辨率
– Visium玻片上的每個捕獲區域含有約5,000個帶有條形碼的mRNA基因表達數據點,而每個數據點平均 可捕獲1-10個細胞,具體取決于組織類型。Visium玻片上的每個捕獲區域大小為6.5 x 6.5 mm,為研究許多不同的生物 和組織類型帶來了靈活性。
• 適用于幾十種組織的優化條件
– Visium新鮮冷凍組織空間基因表達流程已針對多個物種的健康和疾病組織進行了優化, 包括人、小鼠、大鼠和斑馬魚。關于針對Visium分析優化的新鮮冷凍組織的最新列表,請訪問我們的支持網頁。Visium FFPE空間基因表達流程不需要單獨的組織優化,已在多種人和小鼠的健康和疾病組織中進行了檢驗。
• 廣泛的支持資源
– 10x Genomics提供了廣泛的支持資源,從經過Visium空間基因表達培訓的技術專家,到免費提供的 視頻和文檔,這些視頻和文檔可指導新用戶完成Visium流程。
• 認證服務供應商
– 通過認證服務供應商更加輕松地實現完整的Visium空間基因表達流程,這些第三方機構經過10x Genomics的專門培訓和認證,可支持空間基因表達分析的研究項目。
• 產品質量經過認證 – 10x Genomics的產品開發和制造工藝已通過ISO 9001:2015認證。
• 靈活的選擇,適合大型數據集或概念驗證研究
– 10x Genomics提供入門級的Gateway玻片,讓您能夠在兩個組織樣本 上體驗空間轉錄組學帶來的豐富數據,以便了解這項技術如何讓您的研究受益。這讓研究人員能夠靈活開展他們的概念驗證研究,而無需浪費資源。對于較大的數據集,我們提供單張和四張玻片的試劑盒,分別可以運行4個和16個樣本。
北京怡美通德科技發展有限公司是10x Genomics的官方授權代理商,同時也是10x Genomics 2022年金牌代理商,代理美國10x Genomics公司生產的Chromium單細胞測序建庫系列產品,Visium空間轉錄組系列產品以及Xenium組織空間原位分析系統,提供儀器配套的試劑耗材供貨、產品演示實驗、產品安裝、使用培訓以及售前售后技術咨詢、生物信息學分析等相關技術服務。如果您想了解更多關于10x Genomics的信息,歡迎聯系我們,電話: 010-84409661,Email: marketing@emtd.com.cn。
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北京怡美通德科技發展有限公司成立于2003年,專業從事生命科學領域的儀器設備和試劑代理分銷以及相關技術服務,多年來通過與多個國際著名生物技術產品制造商的合作建立了完善的營銷渠道與服務體系。曾服務過上百家客戶,其中包括北京大學、清華大學、中國科學院、中國醫學科學院、首都醫科大學、北大醫學部等科研單位,協和醫院、阜外醫院等醫院,以及科技服務公司、生物技術公司、制藥企業等眾多企業客戶。
公司目前主要代理的品牌及產品包括:
1. 美國10x Genomics公司生產的Chromium單細胞測序建庫系列產品、Visium空間轉錄組系列產品以及Xenium組織空間原位分析系統;
2. 深圳華大智造公司生產的高通量基因測序儀系列產品、自動化文庫制備系統、自動化核酸提取系統和自動化分杯處理系統等;
3. 美國IDT公司生產的高通量測序捕獲探針、克隆基因、基因片段及寡核苷酸池等產品。
同時提供所有代理產品配套的試劑耗材供貨、產品演示實驗、產品安裝、使用培訓以及售前售后技術咨詢、生物信息學分析等相關技術服務。
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