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PEAKS Studio發(fā)現(xiàn)與靶向蛋白質(zhì)組學(xué)質(zhì)譜數(shù)據(jù)一站式軟件平臺
英文名稱：PEAKS Studio總訪問：373
國產(chǎn)/進口：進口半年訪問：320
產(chǎn)地/品牌：加拿大 PEAKS產(chǎn)品類別：生物信息軟件
型       號：12.5 最后更新：2025-4-28
貨       號：
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PEAKS® 12.5提升了CPU和GPU的運算速度，新增ZT Scan DIA數(shù)據(jù)分析功能，DIA數(shù)據(jù)和分析結(jié)果可視化升級，并且優(yōu)化了hybrid-DIA分析工作流。

新功能
PEAKS® DIA
>CPU和GPU運行速度提升約20%
>支持ZT scan DIA Q1分析，提升靈敏度和準(zhǔn)確性
>優(yōu)化的DIA數(shù)據(jù)LC/MS可視化優(yōu)化，用戶可通過母離子和碎片離子進行手動譜圖校驗

Hybrid-PRM/DIA
>工作流升級，提升用戶體驗，充分利用DIA和PRM方法的強力優(yōu)勢

DeepNovo多肽組工作流
>PEAKS®獨有多肽組解決方案，新增個性化等位基因即時訓(xùn)練模型，增強病人樣本的鑒定可信度
此外，PEAKS® 12.5還提升了PEAKS® 12中的以下功能：

PEAKS® DIA工作流
>多肽/蛋白定性定量數(shù)提升20%
>Hybrid-DIA：發(fā)現(xiàn)與靶向驅(qū)動的臨床蛋白質(zhì)組學(xué)應(yīng)用

DeepNovo多肽組工作流
>基因信息列表彌合蛋白質(zhì)組學(xué)和基因組學(xué)的隔閡
>支持非經(jīng)典序列數(shù)據(jù)庫分析
>多肽組學(xué)非標(biāo)記定量和質(zhì)控工具
>兼容DDA和DIA多肽組學(xué)數(shù)據(jù)分析

PRM工作流
>PRM靶向定量分析
>用戶可從DIA LFQ結(jié)果中直接導(dǎo)出PRM和MRM transition list

非標(biāo)記定量
>基于特征峰的非標(biāo)記定量：可選擇所有或僅有定性信息的特征峰進行定量
>定量結(jié)果可直接生成PCA分析圖

翻譯后修飾和突變分析
從氨基酸水平提升PTM和突變位點的可信度

用戶體驗、自動化等
>任務(wù)分批提交
>數(shù)據(jù)庫驗證
>Data Refine篩選特征峰
>自動化導(dǎo)出結(jié)果表格
>SVG格式圖片導(dǎo)出
>PSM離子列表導(dǎo)出

更快的DIA數(shù)據(jù)處理
在同樣使用GPU時，PEAKS® 12.5 在DIA的數(shù)據(jù)處理時間上比12 提速了20%。此外，算法經(jīng)過優(yōu)化，可以更好地利用CPU資源，從而提高分析速度。


新優(yōu)化的DIA refine數(shù)據(jù)

PEAKS®的Data Refine LCMS視圖現(xiàn)在為母離子，MS/MS窗口、鑒定和從頭測序標(biāo)簽的可視化提供了更多選項。現(xiàn)在很容易區(qū)分有或沒有母離子的定性結(jié)果。有母離子的定性結(jié)果用藍色表示，沒有母離子的定性用紅色表示。

對于一個給定的肽段，可以在多肽列表和LC/MS視圖之間無縫切換。LC/MS視圖上可以查看重疊的母離子與其關(guān)聯(lián)的定性結(jié)果。單擊LCMS圖中的定性結(jié)果，可以顯示每個碎片離子隨保留時間的曲線。PEAKS®可以區(qū)分重疊母離子與修飾（如脫酰胺）和未修飾肽以及具有不同修飾位點的等質(zhì)量肽段。


PEAKS® 支持ZT Scan DIA
PEAKS® 12.5 提供對來自SCIEX最新ZT Scan DIA技術(shù)的支持。PEAKS®軟件整合了ZT Scan DIA的Q1維度信息到打分體系中，提高鑒定的靈敏度，重現(xiàn)性和定量準(zhǔn)確性。


PEAKS® Hybrid- PRM/DIA解決方案
Thermo的Hybrid-DIA技術(shù)，僅在PEAKS® Studio提供，結(jié)合了靶向和發(fā)現(xiàn)驅(qū)動的方法，使其成為臨床蛋白質(zhì)組學(xué)應(yīng)用的理想選擇。
Hybrid-PRM/DIA是一種新的數(shù)據(jù)采集策略，通過智能觸發(fā)多并行反應(yīng)監(jiān)測（PRM），結(jié)合使用實現(xiàn)DIA對臨床生物標(biāo)本進行發(fā)現(xiàn)驅(qū)動的數(shù)字化，可以提高對特定分析集的靈敏度。重標(biāo)記參考肽被用作PRM和內(nèi)源性肽監(jiān)測的觸發(fā)。



高精度、可擴展的PEAKS® DIA工作流程和全新的hybrid-DIA數(shù)據(jù)支持
PEAKS® DIA 工作流提供全面的多肽和蛋白質(zhì)定性定量方案，鑒定率提高了20%。
PEAKS®12在DDA的PTM和SPIDER結(jié)果中，可導(dǎo)出包含可信翻譯后修飾和突變肽段的譜圖庫，從而進一步提升DIA數(shù)據(jù)分析的深度和準(zhǔn)確性。
hybrid-DIA 工作流目前僅在 PEAKS® Studio 中提供，這是一種結(jié)合了發(fā)現(xiàn)和靶向驗證兩種模式的新的采集方法，是臨床蛋白質(zhì)組學(xué)研究的理想選擇。



DeepNovo Peptidome功能更強大，支持DDA和DIA多肽組數(shù)據(jù)的定性定量分析

DeepNovo Peptidome 工作流旨在通過基因表信息來填補蛋白質(zhì)組學(xué)和基因組學(xué)之間的差異信息。

此功能可實現(xiàn)多肽鑒定與相應(yīng)基因組數(shù)據(jù)信息的無縫銜接。PEAKS®12 的DeepNovo Peptidome新工作流支持自定義非經(jīng)典參考序列庫，因此可以鑒定出標(biāo)準(zhǔn)物種數(shù)據(jù)庫匹配不到的突變和修飾肽段。


新版本支持多肽組數(shù)據(jù)的非標(biāo)記定量分析，并輔以自動化 QC 工具以確保數(shù)據(jù)質(zhì)量和可靠性。

此外，DeepNovo-DIA Peptidome工作流將多肽組分析擴展到了DIA數(shù)據(jù)，為深度多肽組學(xué)研究提供了強大的解決方案，并確保了多肽和蛋白質(zhì)鑒定的精度。

全新升級的DeepNovo，速度最快、最準(zhǔn)確的PEAKS®從頭測序

DeepNovo工作流引入最新的GraphNovo算法，實現(xiàn)了重大升級，顯著提高了肽段從頭測序的準(zhǔn)確性和速度。[1]
在GPU的加持下，此次升級利用先進的圖形算法來優(yōu)化多肽鑒定，分析復(fù)雜樣本時優(yōu)勢尤為明顯。配置GPU可以顯著提高譜圖處理速度，加速數(shù)據(jù)分析進程。

PEAKS®12首次實現(xiàn)肽段從頭測序的FDR質(zhì)控，更可靠、更準(zhǔn)確地控制從頭測序結(jié)果中的假陽性。強大的新功能使得PEAKS® DeepNovo 成為前沿蛋白質(zhì)組學(xué)研究的有力工具，提供前所未有的多肽和蛋白質(zhì)鑒定速度和精度。
PEAKS® PRM/hybrid-DIA支持靶向定量分析

PEAKS® 12 新增PRM和hybrid-DIA靶向定量工作流，可以精確、可靠地定量復(fù)雜生物樣本中的目標(biāo)肽段。

PRM是在質(zhì)譜采集時預(yù)先設(shè)定目標(biāo)肽段信息的靶向方法，因此即使在存在干擾物質(zhì)的情況下也能確保準(zhǔn)確且高可重現(xiàn)的定量結(jié)果。PRM 靶向定量分析可顯著提高靈敏度和特異性，已成為深入蛋白質(zhì)組學(xué)研究和生物標(biāo)志物驗證不可或缺的工具。整合PRM工作流后，PEAKS®可以實現(xiàn)高度可信的靶向蛋白質(zhì)組學(xué)絕對定量分析。

更可信的位點鑒定：基于譜圖中碎片離子的直接證據(jù)提高修飾、突變位點的可信度
PEAKS® PTM（翻譯后修飾）和SPIDER（同源突變）分析功能利用強大的算法和綜合評估指標(biāo)，基于氨基酸水平的碎片離子證據(jù)提供高精度的修飾、突變肽段位點鑒定，幫助研究人員精確定位蛋白質(zhì)內(nèi)的特定修飾和突變位點，從而進一步準(zhǔn)確地了解蛋白質(zhì)的相關(guān)功能和調(diào)控機制，更深入地了解蛋白質(zhì)動力學(xué)和疾病機制。并且對于推進我們對生物過程的理解和制定有針對性的治療方案至關(guān)重要。


References
Mao, Z., Zhang, R., Xin, L. et al. Mitigating the missing-fragmentation problem in de novo peptide sequencing with a two-stage graph-based deep learning model. Nat Mach Intell 5, 1250–1260 (2023). doi:10.1038/s42256-023-00738-x

-掃碼關(guān)注-
www.bioinfor.com (EN)
www.deepproteomics.cn（CN）
作為生物信息學(xué)的領(lǐng)軍企業(yè)，BSI專注于蛋白質(zhì)組學(xué)和生物藥領(lǐng)域，通過機器學(xué)習(xí)和先進算法提供世界領(lǐng)先的質(zhì)譜數(shù)據(jù)分析軟件和蛋白質(zhì)組學(xué)服務(wù)解決方案，以推進生物學(xué)研究和藥物發(fā)現(xiàn)。我們通過基于AI的計算方案，為您提供對蛋白質(zhì)組學(xué)、基因組學(xué)和醫(yī)學(xué)的卓越洞見。旗下著名的PEAKS®️系列軟件在全世界擁有數(shù)千家學(xué)術(shù)和工業(yè)用戶，包括：PEAKS®️ Studio，PEAKS®️ Online，PEAKS®️ GlycanFinder, PEAKS®️ AB，DeepImmu®️ 免疫肽組發(fā)現(xiàn)服務(wù)和抗體綜合表征服務(wù)等。
聯(lián)系方式：021-60919891；sales-china@bioinfor.com
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