Arraystar Human LncRNA V4.0 Microarray & Mouse LncRNA V3.0 Microarray & Rat LncRNA V2.0 Microarray
聚焦品牌優(yōu)勢
>> 檢測lncRNA表達(dá)量靈敏度高、技術(shù)最成熟。 lncRNA表達(dá)水平比mRNA低,芯片比RNA-seq更適合對低豐度RNA分子的檢測。
>> 收錄lncRNA更新最及時,覆蓋最全面、最可靠?赏瑫r檢測lncRNA和編碼蛋白的mRNA。
>> 注釋LncRNA基因組信息、分類及潛在的調(diào)控機制,為深入研究lncRNA復(fù)雜生物學(xué)功能提供參考。
>> 針對lncRNA不同轉(zhuǎn)錄本異構(gòu)體的特異性探針,可區(qū)分多個可變剪接體。
>> 提供豐富的數(shù)據(jù)信息,用于調(diào)控型lncRNA與編碼蛋白的mRNA之間共表達(dá)及關(guān)聯(lián)研究。
國際尖端LncRNA研究利器
DNA轉(zhuǎn)錄形成的RNA中絕大部分是長鏈非編碼RNA(lncRNAs)。lncRNA與mRNA分子結(jié)構(gòu)相似,但沒有蛋白編碼能力。LncRNAs能夠在多個層面(轉(zhuǎn)錄及轉(zhuǎn)錄后層面)調(diào)控基因的表達(dá)水平;參與了基因組印記、染色質(zhì)表觀修飾、轉(zhuǎn)錄激活、轉(zhuǎn)錄抑制等多種重要調(diào)控過程。越來越多的LncRNAs在疾病和生物學(xué)過程中發(fā)揮重要功能。與mRNA相比,lncRNAs具有更好的組織特異性,是進(jìn)行分子標(biāo)志物研究的理想分子。
Arraystar是lncRNA芯片技術(shù)的領(lǐng)跑者,創(chuàng)新性的將lncRNAs與mRNAs設(shè)計在同一張芯片上進(jìn)行檢測。迄今為止,利用Arraystar lncRNA芯片已經(jīng)發(fā)表了大量高水平文章,成為研究lncRNA強有力的工具。 目前Arraystar通過迅速整合學(xué)科前沿和數(shù)據(jù)庫中的新lncRNA,發(fā)布了最新版本的人類V4.0 LncRNA表達(dá)譜芯片、小鼠V3.0 LncRNA表達(dá)譜芯片以及大鼠V2.0 LncRNA表達(dá)譜芯片。
經(jīng)典與創(chuàng)新的碰撞: 金標(biāo)準(zhǔn)LncRNAs, 可靠的LncRNAs以及編碼蛋白的mRNAs
與具有詳盡注釋的蛋白編碼基因不同, lncRNAs常常缺乏注釋,信息分散且收集不全。Arraystar擁有高質(zhì)量的轉(zhuǎn)錄組和lncRNA數(shù)據(jù)庫,通過生物信息學(xué)方法建立了科學(xué)、嚴(yán)謹(jǐn)?shù)膌ncRNA篩選流程。Arraystar人類LncRNA V4.0芯片共收錄了40,173 個lncRNAs,主要分為兩大類:7,506個金標(biāo)準(zhǔn)LncRNAs和32,667個可靠的LncRNAs,實現(xiàn)了對所有權(quán)威數(shù)據(jù)庫(如Refseq, USCS Known Genes, GENCODE, lincRNA catalogs, lncRNAdb, T-UCRs, RNAdb, NRED 等)、高水平文章和超過47 Tb RNA-seq數(shù)據(jù)中的lncRNA最全面、最可靠和最及時的整理和收集。
金標(biāo)準(zhǔn)lncRNAs (Gold Standard LncRNAs)
金標(biāo)準(zhǔn)lncRNAs全部采用經(jīng)過詳細(xì)注釋和實驗驗證確定的lncRNAs,剔除了公共數(shù)據(jù)庫中大量的lncRNA部分片段、不完整的UTRs和不可靠的lncRNAs。 金標(biāo)準(zhǔn)lncRNAs具有完善的信息標(biāo)注,包括轉(zhuǎn)錄單位、轉(zhuǎn)錄本異構(gòu)體、功能機制以及亞細(xì)胞定位。它們的主要來源如下:
·lncRNAdb v2.0匯集了功能性lncRNAs ;
·Arraystar篩選和收集了高水平文章中的lncRNA;
·Level 1 GENCODE v21精心挑選了具有RT-PCR-seq方面實驗數(shù)據(jù)支持的LncRNAs ;
·Refseq 嚴(yán)格篩選了可信度高、具有全長序列的LncRNAs ;
·Arraystar通過ENCODE CAGE Clusters,,PolyA-seq,深度RNA-Seq以及capture seq獲得的,具有5’TSS、3’末端和表達(dá)量信息的全部lncRNA轉(zhuǎn)錄本 。
可靠的lncRNAs (Reliable LncRNAs)
除了金標(biāo)準(zhǔn)lncRNA外,其他的 lncRNA序列主要通過整合數(shù)據(jù)庫和經(jīng)典文獻(xiàn)中的轉(zhuǎn)錄單位(Transcription Units)而獲得。DNA鏈的轉(zhuǎn)錄起始于DNA模板的一個特殊起點,并在一個終點處終止,此轉(zhuǎn)錄區(qū)域稱為轉(zhuǎn)錄單位。根據(jù)轉(zhuǎn)錄本長度、來源數(shù)據(jù)庫和其他有效信息,每個轉(zhuǎn)錄單位挑選一個最具代表性的lncRNA進(jìn)行檢測。最終從308,525個lncRNA序列中篩選出32,667個可靠的 LncRNAs分子。
編碼蛋白的mRNAs (Protein Coding mRNAs)
根據(jù)與UniProt蛋白數(shù)據(jù)庫的匹配程度,將RefSeq 及GENCODE數(shù)據(jù)庫中收錄并篩選的蛋白編碼mRNA分為3類,依次為權(quán)威的、非權(quán)威的和不匹配的。Arraystar的人類V4 LncRNA芯片共挑選并收錄了 20,730個編碼蛋白的轉(zhuǎn)錄本。
lncRNA研究的信息寶藏:系統(tǒng)而實用的lncRNA注釋
一站式芯片技術(shù)服務(wù)包含系統(tǒng)而詳細(xì)的lncRNA注釋、子類分析等重要分析項目,這些信息有助于揭示lncRNAs復(fù)雜的生物學(xué)功能。通過研究發(fā)現(xiàn),lncRNAs在凋亡、分化、發(fā)育等多種生物學(xué)過程以及人類疾病,如癌癥、神經(jīng)系統(tǒng)疾病及心血管疾病中發(fā)揮重要功能。針對上述研究報道的所有LncRNAs,我們提供了全面的注釋便于交叉引用,幫助您深入了解lncRNAs的生物功能和分子機制。
基因組結(jié)構(gòu) 根據(jù)LncRNAs在基因組上相對于蛋白編碼基因的位置關(guān)系,可以系統(tǒng)的將其分為 (1) Intergenic (LincRNA),(2) Intronic,(3) Bidirectional,(4) Sense-overlapping,(5) Antisense ,(6) Pseudogene這6種類型 ,這種位置關(guān)系對于推測lncRNA的功能具有很大幫助,包括調(diào)控方式是順式(cis)還是反式(trans),調(diào)控層面是轉(zhuǎn)錄還是轉(zhuǎn)錄后。
高度保守的LncRNAs 基因組中高保守區(qū)域(UCR)或高保守非編碼元件(UCNEs)轉(zhuǎn)錄出來的lncRNAs可能具有重要的生物學(xué)功能。在其他物種中與人類基因組結(jié)構(gòu)相同的lncRNAs(即使只有中度同源)也會被收錄。因為與全序列保守性相比,基因組結(jié)構(gòu)與基因調(diào)控的關(guān)系更加密切。
組織特異性lncRNAs LncRNAs呈現(xiàn)出嚴(yán)格的組織或時序特異性,可能與其發(fā)揮的功能密切相關(guān)。其中特別標(biāo)示出6,059個與細(xì)胞譜系或癌癥相關(guān)的lncRNAs分子。
疾病相關(guān) lncRNAs 包含了LncRNADisease數(shù)據(jù)庫中收錄的已知與疾病相關(guān)的lncRNAs 。
疾病SNP相關(guān)lncRNAs 覆蓋帶有疾病易感位點的LncRNAs ,可能與疾病發(fā)生發(fā)展密切相關(guān)。
在生物學(xué)功能中LncRNAs和mRNA的共表達(dá) 收錄了與生物學(xué)過程或功能基因集相關(guān)的LncRNAs(例如,血管生成、缺氧、代謝、增殖、細(xì)胞周期、細(xì)胞黏附、DNA損傷修復(fù))。
癌癥相關(guān)LncRNAs LncRNAs可以在不同類型癌癥中發(fā)揮作用,通過上千例癌癥樣本中l(wèi)nRNA的大范圍研究表明,其表達(dá)量發(fā)生了癌癥特異性改變。
基因間超長鏈非編碼RNAs(vlincRNA) 長度從50 kb到1 Mb,作用涉及多種生物學(xué)過程, 例如多能性、癌癥、細(xì)胞凋亡、細(xì)胞周期以及細(xì)胞衰老。
其他類型 例如,缺氧誘導(dǎo)型非編碼高保守轉(zhuǎn)錄本(HINCUTs),壓力誘導(dǎo)型長鏈非編碼轉(zhuǎn)錄本 (LSINCTs)。
科學(xué)的“轉(zhuǎn)錄本特異”探針
與mRNA一樣,LncRNAs是以轉(zhuǎn)錄本的形式發(fā)揮功能的。特定基因位點往往可以轉(zhuǎn)錄出多個沒有開放閱讀框,不同功能的轉(zhuǎn)錄本。大部分芯片平臺只針對基因的3’端設(shè)計“基因特異性”探針,無法有效區(qū)分不同轉(zhuǎn)錄本。而Arraystar LncRNA芯片針對剪切連接位點或外顯子序列設(shè)計了“轉(zhuǎn)錄本特異性”探針,能夠?qū)崿F(xiàn)對不同轉(zhuǎn)錄本的準(zhǔn)確、特異性檢測(圖 1) 。

圖1. BCL2L1基因的不同轉(zhuǎn)錄本BCL-XL、 BCL-XS和ENST412972在癌癥中發(fā)揮著不同甚至截然相反的生物學(xué)功能。Arraystar LncRNA芯片設(shè)計的轉(zhuǎn)錄本特異性探針(紅色)可以準(zhǔn)確、特異性地區(qū)分不同轉(zhuǎn)錄本。 與之相比,基因特異性探針(紫/黃/綠色)無法區(qū)分不同轉(zhuǎn)錄本。箭頭代表轉(zhuǎn)錄方向。
結(jié)果助力科研成果
Arraystar lncRNA芯片實驗結(jié)果:一方面,可以為您提供差異表達(dá)的基因信息; 另一方面,高級分析項目,(如圖2、圖3所示), 可以幫助您進(jìn)一步挖掘lncRNA-mRNA表達(dá)水平的相關(guān)性,預(yù)測lncRNA功能,充分利用芯片所提供的海量信息。

圖2. CNC分析,在HCC中l(wèi)ncRNA與mRNA的部分共表達(dá)網(wǎng)絡(luò),選擇與最多癌癥相關(guān)mRNA具有共表達(dá)關(guān)系的lncRNA-HEIH作為研究對象

圖3. Lnc-GSEA 分析,用來確定重要生物學(xué)功能顯著相關(guān)的lncRNA分子
Arraystar LncRNA 芯片參數(shù)
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人類V4.0
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小鼠V3.0
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大鼠V2.0
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探針總數(shù)
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60,903
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60,804
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38,237
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探針結(jié)合位點
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轉(zhuǎn)錄本的外顯子或剪接位點處設(shè)計特異性探針
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探針特異性
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轉(zhuǎn)錄本特異性
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標(biāo)記方法
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標(biāo)記cRNAs的全長,沒有3’序列偏好性;即使對低豐度或部分降解的RNA轉(zhuǎn)錄本也可進(jìn)行靈敏、高效的標(biāo)記
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檢測LncRNAs數(shù)目
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40,173
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35,923
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13,611
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金標(biāo)準(zhǔn)LncRNAs
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7,506
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可靠的 LncRNAs
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32,667
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具有開放閱讀框的LncRNAs
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1,428
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1,428
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轉(zhuǎn)錄的假基因
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699
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3,419
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2,140
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蛋白編碼mRNAs
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20,730
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24,881
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24,626
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LncRNA來源
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數(shù)據(jù)庫(更新至 2015):
Refseq, UCSC, GENCODE, LncRNAdb, RNAdb, NRED, lincRNA catalogs (Cabili et al 2011, Clark et al 2015, Iyer et al 2015), ENCODE CAGE Clusters, PolyA-seq, deep RNA-Seq 及capture seq 數(shù)據(jù)庫。
Arraystar 收集并篩選的LncRNA。
引用文獻(xiàn):
2015年以前的科學(xué)出版物。
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數(shù)據(jù)庫:
Refseq (05/2013), UCSC Known Gene 6.0, Ensembl 38.71, Fantom3, RNAdb 2.0, and NRED。
引用文獻(xiàn):
lincRNAs [7,18,22,23], T-UCRs [11], Evolutionary constrained LncRNAs [24], Evolutionary Conserved LncRNAs [25].
|
數(shù)據(jù)庫:
NCBI Refseq[12], Ensembl 5.0.79[43], lncRNAdb[21];
引用文獻(xiàn) [10,11,15,18, 20]:
T-UCRs,進(jìn)化上保守的 LncRNAs
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mRNA來源
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Refseq, GENCODE關(guān)聯(lián) UniProt 數(shù)據(jù)庫
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共識編碼序列(CCDS) 數(shù)據(jù)庫
|
NCBI Refseq[12], Ensembl 5.0.79[43]
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【表觀基因組學(xué)】 DNA甲基化芯片、DNA羥甲基化芯片、染色質(zhì)免疫共沉淀芯片、DNA甲基化測序、DNA羥甲基化測序、染色質(zhì)免疫共沉淀測序、MeDIP-PCR、hMeDIP-PCR、ChIP-PCR等
【轉(zhuǎn)錄組學(xué)】LncRNA芯片、LncPath™芯片、環(huán)狀RNA芯片、T-UCR芯片、microRNA芯片、piRNA芯片、全基因組表達(dá)譜芯片、RNA測序、RNA m6A甲基化測序、small RNAs測序系列(microRNA測序、tRF&tiRNA測序、snoRNA測序、piRNA測序等)、LC-MS tRNA修飾檢測、 nrStar™ ncRNA PCR芯片(tRF&tiRNA,tRNA,snoRNA,F(xiàn)unctional LncRNA)、miRStar™癌癥特異性microRNA PCR芯片、NuRNATM mRNA PCR芯片、功能分類PCR芯片、LncRNA實時定量PCR、環(huán)狀RNA實時定量PCR、tRF&tiRNA實時定量PCR、microRNA實時定量PCR、mRNA實時定量PCR
【蛋白組學(xué)平臺】TMT標(biāo)記定量蛋白組學(xué)服務(wù)、Lable-free定量蛋白組學(xué)服務(wù)、磷酸化修飾蛋白組學(xué)服務(wù)、泛素化修飾蛋白組學(xué)服務(wù)、N-糖基化修飾蛋白組學(xué)服務(wù)、乙;揎椀鞍捉M學(xué)服務(wù)、蛋白-蛋白相互作用組學(xué)
【代謝組學(xué)】靶向代謝組學(xué)、非靶向代謝組學(xué)
【外泌體組學(xué)】外泌體轉(zhuǎn)錄組學(xué)、外泌體蛋白質(zhì)組學(xué)、外泌體代謝組學(xué)
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