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PEAKS® 12.5提升了CPU和GPU的運算速度，新增ZT Scan DIA數據分析功能，DIA數據和分析結果可視化升級，并且優化了hybrid-DIA分析工作流。
新功能
PEAKS® DIA
>CPU和GPU運行速度提升約20%
>支持ZT scan DIA Q1分析，提升靈敏度和準確性
>優化的DIA數據LC/MS可視化優化，用戶可通過母離子和碎片離子進行手動譜圖校驗
Hybrid-PRM/DIA
>工作流升級，提升用戶體驗，充分利用DIA和PRM方法的強力優勢
DeepNovo多肽組工作流
>PEAKS®獨有多肽組解決方案，新增個性化等位基因即時訓練模型，增強病人樣本的鑒定可信度
此外，PEAKS® 12.5還提升了PEAKS® 12中的以下功能：
PEAKS® DIA工作流
>多肽/蛋白定性定量數提升20%
>Hybrid-DIA：發現與靶向驅動的臨床蛋白質組學應用
DeepNovo多肽組工作流
>基因信息列表彌合蛋白質組學和基因組學的隔閡
>支持非經典序列數據庫分析
>多肽組學非標記定量和質控工具
>兼容DDA和DIA多肽組學數據分析
PRM工作流
>PRM靶向定量分析
>用戶可從DIA LFQ結果中直接導出PRM和MRM transition list
非標記定量
>定量結果可直接生成PCA分析圖
翻譯后修飾和突變分析
從氨基酸水平提升PTM和突變位點的可信度
用戶體驗、自動化等
>任務分批提交
>數據庫驗證
>Data Refine篩選特征峰
>自動化導出結果表格
>SVG格式圖片導出
>PSM離子列表導出
更快的DIA數據處理
在同樣使用GPU時，PEAKS® 12.5 在DIA的數據處理時間上比12 提速了20%。此外，算法經過優化，可以更好地利用CPU資源，從而提高分析速度。
新優化的DIA refine數據
新優化的DIA refine數據
PEAKS®的Data Refine LCMS視圖現在為母離子，MS/MS窗口、鑒定和從頭測序標簽的可視化提供了更多選項。現在很容易區分有或沒有母離子的定性結果。有母離子的定性結果用藍色表示，沒有母離子的定性用紅色表示。
對于一個給定的肽段，可以在多肽列表和LC/MS視圖之間無縫切換。LC/MS視圖上可以查看重疊的母離子與其關聯的定性結果。單擊LCMS圖中的定性結果，可以顯示每個碎片離子隨保留時間的曲線。PEAKS®可以區分重疊母離子與修飾（如脫酰胺）和未修飾肽以及具有不同修飾位點的等質量肽段。
PEAKS® 支持ZT Scan DIA
PEAKS® 12.5 提供對來自SCIEX最新ZT Scan DIA技術的支持。PEAKS®軟件整合了ZT Scan DIA的Q1維度信息到打分體系中，提高鑒定的靈敏度，重現性和定量準確性。
PEAKS® Hybrid- PRM/DIA解決方案
Thermo的Hybrid-DIA技術，僅在PEAKS® Studio提供，結合了靶向和發現驅動的方法，使其成為臨床蛋白質組學應用的理想選擇。
Hybrid-PRM/DIA是一種新的數據采集策略，通過智能觸發多并行反應監測（PRM），結合使用實現DIA對臨床生物標本進行發現驅動的數字化，可以提高對特定分析集的靈敏度。重標記參考肽被用作PRM和內源性肽監測的觸發。
高精度、可擴展的PEAKS® DIA工作流程和全新的hybrid-DIA數據支持
PEAKS® DIA 工作流提供全面的多肽和蛋白質定性定量方案，鑒定率提高了20%。
PEAKS®12在DDA的PTM和SPIDER結果中，可導出包含可信翻譯后修飾和突變肽段的譜圖庫，從而進一步提升DIA數據分析的深度和準確性。hybrid-DIA 工作流目前僅在 PEAKS® Studio 中提供，這是一種結合了發現和靶向驗證兩種模式的新的采集方法，是臨床蛋白質組學研究的理想選擇。
DeepNovo Peptidome功能更強大，支持DDA和DIA多肽組數據的定性定量分析
DeepNovo Peptidome 工作流旨在通過基因表信息來填補蛋白質組學和基因組學之間的差異信息。
此功能可實現多肽鑒定與相應基因組數據信息的無縫銜接。PEAKS®12 的DeepNovo Peptidome新工作流支持自定義非經典參考序列庫，因此可以鑒定出標準物種數據庫匹配不到的突變和修飾肽段。
新版本支持多肽組數據的非標記定量分析，并輔以自動化 QC 工具以確保數據質量和可靠性。
此外，DeepNovo-DIA Peptidome工作流將多肽組分析擴展到了DIA數據，為深度多肽組學研究提供了強大的解決方案，并確保了多肽和蛋白質鑒定的精度。
全新升級的DeepNovo，速度最快、最準確的PEAKS®從頭測序
DeepNovo工作流引入最新的GraphNovo算法，實現了重大升級，顯著提高了肽段從頭測序的準確性和速度。[1]
在GPU的加持下，此次升級利用先進的圖形算法來優化多肽鑒定，分析復雜樣本時優勢尤為明顯。配置GPU可以顯著提高譜圖處理速度，加速數據分析進程。
PEAKS®12首次實現肽段從頭測序的FDR質控，更可靠、更準確地控制從頭測序結果中的假陽性。強大的新功能使得PEAKS® DeepNovo 成為前沿蛋白質組學研究的有力工具，提供前所未有的多肽和蛋白質鑒定速度和精度。
PEAKS® PRM/hybrid-DIA支持靶向定量分析
PEAKS® 12 新增PRM和hybrid-DIA靶向定量工作流，可以精確、可靠地定量復雜生物樣本中的目標肽段。
PRM是在質譜采集時預先設定目標肽段信息的靶向方法，因此即使在存在干擾物質的情況下也能確保準確且高可重現的定量結果。PRM 靶向定量分析可顯著提高靈敏度和特異性，已成為深入蛋白質組學研究和生物標志物驗證不可或缺的工具。整合PRM工作流后，PEAKS®可以實現高度可信的靶向蛋白質組學絕對定量分析。
更可信的位點鑒定：基于譜圖中碎片離子的直接證據提高修飾、突變位點的可信度
PEAKS® PTM（翻譯后修飾）和SPIDER（同源突變）分析功能利用強大的算法和綜合評估指標，基于氨基酸水平的碎片離子證據提供高精度的修飾、突變肽段位點鑒定，幫助研究人員精確定位蛋白質內的特定修飾和突變位點，從而進一步準確地了解蛋白質的相關功能和調控機制，更深入地了解蛋白質動力學和疾病機制。并且對于推進我們對生物過程的理解和制定有針對性的治療方案至關重要。
References
Mao, Z., Zhang, R., Xin, L. et al. Mitigating the missing-fragmentation problem in de novo peptide sequencing with a two-stage graph-based deep learning model. Nat Mach Intell 5, 1250–1260 (2023). doi:10.1038/s42256-023-00738-x
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作為生物信息學的領軍企業，BSI專注于蛋白質組學和生物藥領域，通過機器學習和先進算法提供世界領先的質譜數據分析軟件和蛋白質組學服務解決方案，以推進生物學研究和藥物發現。我們通過基于AI的計算方案，為您提供對蛋白質組學、基因組學和醫學的卓越洞見。旗下著名的PEAKS®️系列軟件在全世界擁有數千家學術和工業用戶，包括：PEAKS®️ Studio，PEAKS®️ Online，PEAKS®️ GlycanFinder, PEAKS®️ AB，DeepImmu®️ 免疫肽組發現服務和抗體綜合表征服務等。
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