原核生物轉(zhuǎn)錄組測(cè)序是指利用第二代高通量測(cè)序技術(shù)對(duì)原核生物的轉(zhuǎn)錄本（mRNA和非編碼RNA）進(jìn)行測(cè)序，全面快速地獲取特定微生物在特定狀態(tài)下的所有轉(zhuǎn)錄本的信息。通過轉(zhuǎn)錄組測(cè)序研究可以揭示微生物不同表現(xiàn)型形成的分子調(diào)控機(jī)制。

優(yōu)勢(shì)

★ 擁有標(biāo)準(zhǔn)化操作實(shí)驗(yàn)室和高通量測(cè)序技術(shù)平臺(tái)，實(shí)驗(yàn)周期短，質(zhì)量可靠。
★ 技術(shù)人員經(jīng)驗(yàn)豐富，可以根據(jù)合作伙伴要求提供實(shí)驗(yàn)方案、解決實(shí)驗(yàn)問題、分析實(shí)驗(yàn)結(jié)果。
★ 擁有專業(yè)的生物信息團(tuán)隊(duì)和大型計(jì)算機(jī)，可以為合作伙伴提供個(gè)性化的生物信息分析服務(wù)。

技術(shù)路線

 
原核生物轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù)路線圖

    原核生物的mRNA一般為多順反子，直接拼接效果較差。若沒有參考基因組，需要先做一個(gè)基因組掃描圖來輔助后期轉(zhuǎn)錄組分析。原核生物mRNA沒有Poly A結(jié)構(gòu)，無法用Oligo dT純化mRNA，必須通過去除總RNA中的核糖體RNA來純化得到mRNA。

    鏈特異性轉(zhuǎn)錄組合成cDNA第二條鏈時(shí)，加入的dNTPs試劑中用dUTP代替dTTP，使cDNA第二鏈中僅包含A/U/T/G。在PCR擴(kuò)增前，用UNG酶將cDNA第二鏈消化，從而使文庫中僅包含cDNA第一鏈。

生物信息分析
 

原核生物轉(zhuǎn)錄組測(cè)序數(shù)據(jù)分析

1. 原始數(shù)據(jù)處理
對(duì)原始數(shù)據(jù)拆分后統(tǒng)計(jì)有效數(shù)據(jù)的信息，提供堿基組成分布圖和堿基質(zhì)量分布圖。

2. 數(shù)據(jù)質(zhì)量控制
針對(duì)原始數(shù)據(jù)進(jìn)行質(zhì)量控制，去接頭，去低質(zhì)量序列，統(tǒng)計(jì)高質(zhì)量序列的信息。

3. 轉(zhuǎn)錄組mapping比對(duì)及統(tǒng)計(jì)
提供轉(zhuǎn)錄組mapping的基本信息，包括mapping比率大小，reads在CDS、rRNA、tRNA等區(qū)域的統(tǒng)計(jì)等。

4. 表達(dá)差異分析（2個(gè)以上樣本）
提供每個(gè)樣本的基因表達(dá)情況，2個(gè)以上樣本提供差異表達(dá)情況，包括表格和可視化圖形展示結(jié)果。

5. 基因功能分類
GO分類、COG分類、KEGG通路分析等。

6. 差異基因功能富集分析（2個(gè)以上樣本）

針對(duì)2個(gè)以上樣本的差異基因提供GO功能顯著性富集分析和KEGG通路顯著性富集分析結(jié)果。

7. 新轉(zhuǎn)錄本的預(yù)測(cè)
提供注釋到的新轉(zhuǎn)錄本信息表。

8. sRNA分析（鏈特異性轉(zhuǎn)錄組）
篩選出候選sRNA，并與已知數(shù)據(jù)庫比對(duì)和注釋，預(yù)測(cè)二級(jí)結(jié)構(gòu)和靶基因。

承諾指標(biāo)

注：針對(duì)大部分的革蘭氏陽性菌和革蘭氏陰性菌

送樣要求

1. 樣品類型： RNA

2. 樣品需求量（illumina平臺(tái)，單次）：Illumina PE文庫> 10 µg

3. 樣品濃度： Illumina PE文庫 > 50 ng/µL；

4. 樣品純度：OD260/280=1.8-2.0并確保RNA無降解；Aglient 2100檢測(cè)儀分析RNA完整性數(shù)據(jù)RIN≥7。

5. 樣品保存期間切忌反復(fù)凍融，送樣時(shí)請(qǐng)使用干冰運(yùn)輸。為防止RNA的降解，請(qǐng)確保干冰的量足夠運(yùn)送到目的地。