MiSeq 高通量測序平臺

Illumina公司開發(fā)的MiSeq測序儀，它是Illumina公司于2011年2月推出的小型測序平臺，是一臺內(nèi)置簇生成和數(shù)據(jù)產(chǎn)生的測序儀，具有測序速度快，數(shù)據(jù)準(zhǔn)確的優(yōu)點，可實現(xiàn)300bp×2的測序長度，具備革命性的便捷流程。

性能參數(shù)：

環(huán)境微生物群落多樣性分析，基于Roche 454 FLX +、Illumina MiSeq等第二代高通量測序平臺，對核糖體RNA高變區(qū)域，比如16S/18S/ITS等序列；或功能基因，比如細(xì)菌和古菌的氨氧化酶基因進(jìn)行測序，揭示環(huán)境樣品中眾多不同類型微生物種類以及它們之間的相對豐度和進(jìn)化關(guān)系。探討微生物多樣性，對于研究微生物與環(huán)境的關(guān)系、環(huán)境治理和微生物資源利用有著重要的理論和現(xiàn)實意義。

優(yōu)勢

★ 采用定向測序技術(shù)，避免了非定向測序造成的數(shù)據(jù)冗余，能充分利用每條有效序列，且便于后期的菌群分類處理。
★ 開發(fā)了一套穩(wěn)定的多樣本平行測序?qū)嶒灧桨福�并解決了樣本間數(shù)據(jù)量不平衡的技術(shù)難題，一次可實現(xiàn)200個樣品的平行測序。
★ 環(huán)境微生物群落多樣性分析有Roche 454 FLX +和Illumina MiSeq兩種高通量測序平臺可供選擇，根據(jù)不同的測序要求提供不同的解決方案。
★ 眾多的成功案例，使寶杰羅生物在環(huán)境微生物群落多樣性測序及分析方面處于國內(nèi)領(lǐng)先地位。

技術(shù)路線     

生物信息分析流程

研究內(nèi)容

1. 數(shù)據(jù)統(tǒng)計分析
2. 數(shù)據(jù)根據(jù)Barcode信息回歸樣品
3. OTU（Operational Taxonomic Units）聚類
4. 稀釋性曲線（Rarefaction Curve）
 

圖2 稀釋性曲線

5. 分類學(xué)分析（Silva數(shù)據(jù)庫）
6. 菌群多樣性、豐度和測序深度指數(shù)計算
7. 多樣品間兩兩sharedchao、sharedace指數(shù)計算
8. 組間顯著性差異分析 
9. 群落結(jié)構(gòu)分析

圖 3單樣品群落結(jié)構(gòu)餅圖                                       圖 4多樣品群落結(jié)構(gòu)柱狀圖

10. 分類學(xué)樹狀圖

圖 5單樣品分類學(xué)樹狀圖                                   圖 6多樣品分類學(xué)比對樹狀圖

11. 多樣品相似度比對

圖 7 多樣品相似度比對樹狀圖                          圖 8 多樣品相似度比對heatmap圖

        
12. 樣品OTU分布比較
 

圖 9樣品OTU分布比較Venn圖

13. PCA（Principal component analysis）分析

圖 10 PCA分析

14. Weighted and unweighted unifrac PCA分析

 
圖 11 Weighted unifrac PCA分析

送樣要求 1

1. 樣品類型： DNA
2. 樣品需求量：≥500ng
3. 樣品濃度： ≥10ng/μL
4. 樣品純度：OD260/280=1.8-2.0并確保DNA無降解
5. 樣品保存期間切忌反復(fù)凍融，送樣時請使用冰袋或干冰運(yùn)輸。

送樣要求 2

1. 樣品類型： PCR產(chǎn)物
2. 樣品需求量：≥100ng
3. 樣品濃度： ≥5ng/μL
4. 樣品純度：OD260/280=1.8-2.0并確保PCR產(chǎn)物無降解
5. 樣品保存期間切忌反復(fù)凍融，送樣時請使用冰袋或干冰運(yùn)輸。

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