長鏈非編碼RNA（lncRNA）是一類長度大于200nt的非編碼RNA，其在轉錄沉默、轉錄激活、染色體修飾、核內運輸等均具有重要的功能。lncRNA曾被比喻為宇宙的暗物質，最近幾年的研究發現它參與多種生物學過程，是維持基因功能的重要基礎，與多種復雜疾病相關。但仍有大量lncRNA的具體作用機制尚不清楚，這也使得lncRNA成為當前的科研熱點。
       基因芯片作為一個成熟的技術平臺，二十幾年來被廣泛用于基因表達譜的檢測。對于lncRNA基因表達譜檢測，基因芯片比RNA測序有許多重要且不可替代的優勢：
1、芯片利用寡核苷酸探針與目的基因堿基互補雜交、掃描獲得的熒光信號來檢測表達豐度。與RNA測序相比，芯片檢測的準確性受低豐度轉錄本的影響更小，更適合檢測整體表達豐度低的lncRNA。由于提高測序深度會增加加工不完全RNA的檢出機率，提高測序深度可能引起可靠性的下降。
2、lncRNA不具有蛋白的翻譯起止位置，RNA測序對lncRNA轉錄本鑒定的可靠性要低于mRNA。而芯片探針較短可以進行特異性設計，檢測更特異。
      SBC是國內最早從事基因芯片研發，也是最早的基因芯片外包服務商之一。SBC根據多年基因芯片開發、設計及對外服務經驗，結合lncRNA分子特點，專門針對lncRNA研究設計了可同時檢測lncRNA和mRNA的lncRNA+ 芯片產品以滿足科學家的研究需求。芯片委托Agilent公司使用Agilent SurePrint技術生產，技術重復性高于99%。

芯片設計策略
       設計收錄了相關數據庫信息和高質量文獻報道的lncRNA，去除冗余，并通過嚴格的生物信息學方法剔除lncRNA片段及不可靠的lncRNA。通過CAGE-seq，RNA-seq數據鑒定具有高可信度5’TSS及在多種組織或細胞中表達的lncRNA，HGNC收錄及lncRNAdb收集的實驗驗證功能性的lncRNA作為高可信度lncRNA。基于earray軟件設計探針，并利用SBC自有分析流程對探針進行double-check，保證探針高特異性區分mRNA和lncRNA。

Human lncRNA芯片設計流程圖
 

 

芯片特點
1、lncRNA檢測技術成熟、靈敏度高，芯片比測序更適合檢測低表達量的lncRNA
2、收錄lncRNA全面、可靠，并及時更新；lncRNA注釋全面、實用
3、實驗周期短，數據分析方法成熟、快速
4、功能機制預測，為深入研究lncRNA生物學功能提供參考，包括：
· 高保守lncRNA
· lncRNA結合蛋白預測
· lncRNA生物學功能預測
· lncRNA亞細胞定位
· 疾病相關lncRNA預測
· super enhancer lncRNA
· enhancer lncRNA

芯片技術參數

樣本要求：RNA≥200 ng ； 物種：人、小鼠