DNA甲基化是最早被發現的表觀修飾之一，引起染色質結構、DNA構象、DNA穩定性及DNA與蛋白質相互作用方式的改變，從而控制基因表達。DNA甲基化修飾參與了多個生物學過程，包括細胞分化、胚胎發育、X染色體失活、組織特異性等，與癌癥、衰老、老年癡呆、糖尿病等多種復雜疾病密切相關。
Illumine 935K甲基化芯片介紹
甲基化芯片是研究DNA甲基化的一種常見手段，illumina推出新一代的InfiniumTM MethylationEPIC v2.0甲基化芯片是InfiniumﾠMethylationEPICﾠv1.0甲基化芯片的升級版本，與之前850K芯片相比，將位點增加到了935K。v2.0甲基化芯片移除了部分表現較差的探針，增加了大量的表觀遺傳前沿科學家或文章發表作者推薦的位點，主要包括靶向增強子、超級增強子、CTCF結合位點、CNV檢測區域、通過ATAC-seq和ChIP-seq鑒定的開放染色質區域、850K甲基化芯片覆蓋不足的CpG島和常見癌癥驅動突變。此外，935K甲基化芯片基因組版本更新至hg38，GenCode數據庫更新到v41版本。
Illumine 935K甲基化芯片介紹
甲基化芯片是研究DNA甲基化的一種常見手段，illumina推出新一代的InfiniumTM MethylationEPIC v2.0甲基化芯片是InfiniumﾠMethylationEPICﾠv1.0甲基化芯片的升級版本，與之前850K芯片相比，將位點增加到了935K。v2.0甲基化芯片移除了部分表現較差的探針，增加了大量的表觀遺傳前沿科學家或文章發表作者推薦的位點，主要包括靶向增強子、超級增強子、CTCF結合位點、CNV檢測區域、通過ATAC-seq和ChIP-seq鑒定的開放染色質區域、850K甲基化芯片覆蓋不足的CpG島和常見癌癥驅動突變。此外，935K甲基化芯片基因組版本更新至hg38，GenCode數據庫更新到v41版本。
Illumine 935K甲基化芯片特點
1、覆蓋大部分Infinium MethylationEPIC v1.0位點
· CpG島
· 在人干細胞中發現的非CpG（CHH）甲基化位點
· ENCODE開放染色質和增強子
· FANTOM5 增強子
· DNase超敏感位點
· miRNA 啟動子區域
· > 85% HumanMethylation450 BeadChip content 在人干細胞中發現的非CpG（CHH）甲基化位點
2、MethylationEPIC v2.0 新增的探針位點:
· 在多種癌癥的腫瘤與正常樣本中發現的差異甲基化位點
· 通過ChIP-Seq在癌癥和細胞系樣本中鑒定的增強子和超級增強子
· 使用ATAC-Seq在原發性人類癌癥中識別的可及染色質區域
· 擴大了CpG島的覆蓋范圍
· 增強了外顯子的覆蓋范圍，實現更準確的拷貝數變異（CNV）檢測
· 常見的癌癥驅動突變
3、官方測試數據顯示，普通樣本和FFPE樣本之間的顯示出較高的技術重復性（高達98%），說明測序獲得的甲基化水平信息具有很高可信度
4、準確性高
· 935K芯片具有高重現性、兼容性以及與測序數據的相關性
實驗流程
樣本要求： DNA≥0.5 μg ，濃度≥50ng/μl； 物種： 人
手機版：DNA甲基化芯片
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