外顯子捕獲測序利用捕獲技術(shù)將全基因組范圍內(nèi)的外顯子區(qū)域DNA捕獲富集后進行高通量測序。外顯子捕獲測序主要用來分析外顯子基因組上的變異位點,包含SNP和InDel。
外顯子區(qū)域占人類基因組1%的比例,但是卻包含了85%左右的疾病變異。相對于全基因組測序,外顯子測序有成本低、高效的優(yōu)點。外顯子測序主要用于識別和研究與疾病、種群進化相關(guān)的編碼區(qū)以及UTR區(qū)域內(nèi)的變異。結(jié)合大量的公共數(shù)據(jù)庫外顯子數(shù)據(jù),有利于更好的解釋所得變異與疾病的關(guān)聯(lián)。外顯子區(qū)域占全基因組比例小,因此更容易做到更深度測序,檢測到更多的低頻和罕見變異。這個特性決定了外顯子測序在遺傳性疾病和腫瘤研究領(lǐng)域的重要地位,尤其是腫瘤異質(zhì)性研究。由于腫瘤異質(zhì)性的特點,腫瘤內(nèi)部有很多的亞克隆,有些亞克隆占比較低,應(yīng)用外顯子測序深度的優(yōu)勢,可以更快更經(jīng)濟的檢測出普通測序深度難以發(fā)現(xiàn)的體細胞突變。
實驗流程
基因組DNA 采用Agilent SureSelect Human ALL Exon V6 并根據(jù)標準操作流程構(gòu)建外顯子測序文庫,使用Agilent Bioanalyzer High Sensitivity DNA Kit 和Thermo Fisher Scientific Qubit dsDNA High Sensitivity Quantitation Assay對文庫進行定量和片段分布質(zhì)檢。根據(jù)文庫雙端標簽的序列對其進行適當組合, 選擇illumina NovaSeq平臺對文庫進行測序。過程如下圖所示:

數(shù)據(jù)結(jié)果展示:



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上海生物芯片有限公司成立于2001年8月,公司由上海科技創(chuàng)業(yè)投資(集團)有限公司、上海張江(集團)有限公司、中科院上海有關(guān)院所、上海交通大學(xué)等在上海的國內(nèi)知名大學(xué)、研究所、醫(yī)院和企業(yè)共同組建而成,經(jīng)國家發(fā)展與改革委員會批準公司建設(shè)和運行“生物芯片上海國家工程研究中心”,是我國生物醫(yī)藥領(lǐng)域規(guī)模最大的生物技術(shù)國家工程研究中心之一,是全國生物樣本標準化技術(shù)委員會(TC559)、中國醫(yī)藥生物技術(shù)協(xié)會組織生物樣本庫分會(BBCMBA)與中國抗癌協(xié)會腫瘤樣本整合研究分會的秘書處與主任委員單位。
通過二十余年的建設(shè)和發(fā)展,公司(中心)確立了以生物樣本庫、基因芯片、高通量測序、蛋白芯片、組織芯片、數(shù)字化病理、分子病理與生物信息學(xué)為核心平臺的技術(shù)創(chuàng)新服務(wù)體系,以分子醫(yī)學(xué)檢測技術(shù)和分子診斷產(chǎn)品研發(fā)生產(chǎn)為核心競爭力的產(chǎn)業(yè)化體系,形成科研和藥物研發(fā)技術(shù)服務(wù)、分子診斷產(chǎn)品研發(fā)生產(chǎn)銷售和分子醫(yī)學(xué)檢驗三大主營業(yè)務(wù),公司(中心)具備科研及公共技術(shù)平臺服務(wù)優(yōu)勢、成熟的科技成果轉(zhuǎn)化服務(wù)能力、國家工程研究中心品牌影響力等強大的自身資源及優(yōu)勢。