簡化甲基化測序（Reduced Representation Bisulfite Sequencing，RRBS）是利用限制性內切酶對基因組進行酶切，富集啟動子及CpG島區域，進行Bisulfite處理及片段富集并制備高質量文庫，然后使用Illumina測序平臺進行高通量測序的表觀遺傳學研究方法。
產品優勢
|
◇ 技術穩定：多樣本的覆蓋區域重復性高，適用于多樣本間的差異分析。 |
|
◇ 實驗高效：重亞硫酸鹽轉化效率>99%，自主研發的酶極大提高擴增效率，提高文庫制備的穩定性。 |
|
◇ 高分辨率：單堿基分辨率。 |
|
◇ 高性價比：相比于WGBS，測序區域更有針對性，數據利用率更高，性價比更高。 |
技術路線
|
樣本要求 |
DNA≥3 μg（濃度≥25 ng/μL），新鮮組織≥20 mg，全血（提取基因組DNA）≥1 mL，干血片≥10片（1 cm2面積），唾液≥3 mL，口腔拭子≥2根，新鮮培養細胞≥8*106個、FFPE（石蠟切片）≥10片（1 cm2面積，5-10 μm） |
|
測序策略 |
PE150，數據量：5G raw data |
|
服務周期 |
30個自然日 |
文獻案例
發表雜志：Clinical Cancer Research IF：10.199 發表年份：2018
IDH1/2突變型膠質瘤具有獨特的CpG島甲基化譜（G-CIMP），這種獨特的甲基化狀態可通過沉默腫瘤抑制基因來促進繼發途徑膠質瘤的起始和進展。腫瘤抑制性miRNA在該過程中的潛在作用尚不清楚。為了定膠質瘤中潛在的抑癌miRNA，作者首先通過簡化甲基化測序（RRBS）的方法對219例IDH-1野生型及72例IDH-1突變型膠質瘤組織標本進行了甲基化檢測，并比較了11例IDH-1野生型及20例IDH-1突變型的甲基化譜。隨后用qPCR方法檢測所選miRNAs的表達，篩選出對miRNA-148a進行了功能分析，并對miRNA-148a的靶基因進行了鑒定。結果顯示，miR148a是新發現的膠質瘤CpG島甲基化表型相關miRNA，miR148a的甲基化與IDH-1突變密切相關，并與改善惡性膠質瘤患者的生存率有關。同時，實驗表明DNA甲基化可導致miR148a表達量降低。IDH1突變研究也為miR148a的甲基化及表達下調提供了一種新的可能的機制。miR148a表達下降有所緩解時，膠質瘤細胞的致癌性降低了，研究者推測可能是通過影響DNMT1造成的。
圖1 G-CIMP中甲基化miRNAs的發現
參考文獻
Li S, Chowdhury R, Liu F, et al. Tumor-suppressive miR148a is silenced by CpG island hypermethylation in IDH1-mutant gliomas.[J]. Clinical Cancer Research An Official Journal of the American Association for Cancer Research, 2014, 20(22):5808.
