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分子動力學(xué)模擬

分子動力學(xué)模擬


Molecular Dynamics
動力學(xué)模擬以經(jīng)典力學(xué)、量子力學(xué)、統(tǒng)計力學(xué)為基礎(chǔ),模擬研究分子體系的結(jié)構(gòu)與性質(zhì)。不僅可以得到原子的運動軌跡,還可以觀察到原子運動過程中各種微觀細節(jié)。可與分子對接、藥效團等分子模擬方法無縫結(jié)合。
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分子動力學(xué)(Molecular Dynamics, MD)模擬(動力學(xué)模擬)是近年來飛速發(fā)展的一種分子模擬方法,它以經(jīng)典力學(xué)、量子力學(xué)、統(tǒng)計力學(xué)為基礎(chǔ),利用計算機數(shù)值求解分子體系運動方程的方法,模擬研究分子體系的結(jié)構(gòu)與性質(zhì)。作為繼實驗和理論兩種研究方法之后,研究分子體系結(jié)構(gòu)與性質(zhì)的第三種科學(xué)研究方法,分子動力學(xué)模擬已經(jīng)被廣泛應(yīng)用于化學(xué)化工、材料科學(xué)與工程、物理、生物醫(yī)藥等科學(xué)和技術(shù)領(lǐng)域,起到越來越重要的作用。該技術(shù)不僅可以得到原子的運動軌跡,還可以觀察到原子運動過程中各種微觀細節(jié)。它是對理論計算和實驗的有力補充。主要優(yōu)點:動態(tài)的研究方法、豐富的分析手段、可與分子對接、藥效團等分子模擬方法無縫結(jié)合等。
分子動力學(xué)模擬       中大唯信分子動力學(xué)模擬報告中的示意圖舉例分子動力學(xué)模擬 | 唯信 Wecomput(研究某結(jié)構(gòu)的構(gòu)象轉(zhuǎn)變過程)

【分子動力學(xué)模擬的研究內(nèi)容】
  • 自組裝模擬
  • 大分子與小分子相互作用(藥物與靶標(biāo)相互作用)
  • 大分子之間的相互作用(蛋白-蛋白相互作用)
  • 溶劑與溶質(zhì)相互作用
  • 大分子、小分子三維結(jié)構(gòu)的優(yōu)化
  • 結(jié)構(gòu)與功能、性質(zhì)的關(guān)系
【可選的分析項目】
  • 分子構(gòu)象采樣(聚類分析、優(yōu)勢構(gòu)象識別)
  • 相互作用分析(氫鍵網(wǎng)絡(luò)、Contact-Map)
  • 結(jié)合自由能計算(MM-PBSA、TI、FEP)
  • 骨架波動分析(RMSD、RMSF)
  • 熱點殘基分析(Alanine-scanning, Energy-decomposition)
  • 構(gòu)象轉(zhuǎn)變分析(PCA、Energy-landscape plotting)
  • 理化性質(zhì)分析(能量、體積、壓強、溫度、密度監(jiān)測)
【服務(wù)特色與優(yōu)勢】

中大唯信是一家專為生物制藥領(lǐng)域提供分子動力學(xué)模擬服務(wù)的專業(yè)信息科學(xué)整體解決方案公司,團隊成員均為來自海內(nèi)外著名高校或科研機構(gòu)的研究人員,在藥物和生物體系的分子動力學(xué)模擬方面擁有豐富的經(jīng)驗。已經(jīng)獨立或協(xié)助客戶完成了大量相關(guān)課題,通過實驗和計算相輔相承,很多成果都發(fā)表在生命醫(yī)藥領(lǐng)域的各類著名SCI期刊。我們的研究人員通常要求對生物實驗也有充分的了解,可以通過簡單的描述快速了解項目的情況,并視委托方需求,迅速建立一套可行的研究方案,省去大量文獻調(diào)研的時間。此外,我們與多個高;蜓芯繖C構(gòu)有合作,對于一些復(fù)雜問題可以咨詢業(yè)內(nèi)專家的意見與建議。全部計算完成之后,可以按照委托方的要求出具中英文分析報告,也可以協(xié)助英文學(xué)術(shù)論文或?qū)@鹊膶懽鳎约疤峁┩陡褰ㄗh等。

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