GEO數據庫（或者ENA數據庫）中包含大量芯片、測序原始數據。這些數據一般都是可以免費下載使用的，充分利用GEO數據庫，可以增加文章的分量，提高接受率。
當然，GEO數據庫中的數據集很龐雜，數據質量也參差不齊，甚至有上傳文件混淆，錯誤的情況，都需要我們以專業的眼光進行判斷和分析。

我們總結利用GEO數據庫的場景主要包括：
1，預實驗。別人做過的實驗，我們不用再做一遍
2，獨立驗證。自己的實驗結果，與GEO數據集相同實驗結果進行相互印證
3，聯合分析。自己只做了mRNA，但GEO數據集中有甲基化的數據，可以聯合分析
4，算法/數據庫開發。沒有自己的數據，直接使用GEO數據進行算法或者數據庫二次開發

1，常規表達譜芯片挖掘，包括表達分析，差異分析（一般GEO2R），常見作圖等
2，多套數據聯合分析
3，多組學聯合分析

1，分析所用基因組版本不一樣，需要下載原始數據重新分析
2，分析所用方法不一樣，需要下載原始數據重新分析
3，單套數據的深入挖掘分析
4，多套數據集聯合分析
5，多組學聯合分析