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GeoMx® Digital Spatial Profiler (DSP) 為全面的空間生物學解決 方案，其通過一張切片可同時實現空間轉錄組學和空間蛋白質組學的研究
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2020 年，Nature Methods 將空間轉錄組學評為“年度方法”標志著空間組學的到來，其可為研究者留下空間位置信息，這激發了研究者對于空間生物學領域的探索。 GeoMx® Digital Spatial Profiler (DSP) 為全面的空間生物學解決方案，其通過一張切片可同時實現空間轉錄組學和空間蛋白質組學的研究；其可通過區域圈選的方式實現指定位置的探索，堪稱生物界的GPS！
您可以通過功能分割在空間上解析組織和細胞群；以較高的plex和靈敏度檢測更多的轉錄組和蛋白質組；使用標準組織學工作流程從FFPE、FF組織和TMA中獲得經過驗證的可靠結果。通過這項技術，您亦可知道細胞的空間結構，以及它與周圍環境的相互作用。
GeoMx®數字空間組學平臺
■ GeoMx® DSP通過將標準病理學和分子分析與高效數據分析相結合的工作流程，無縫支持空間轉錄組學和蛋白質組學研究；
■ GeoMx® RNA檢測能夠對FFPE或固定冷凍組織單個切片中的全轉錄組進行定量和空間分析；
■ GeoMx® 蛋白質檢測支持對FFPE組織切片中的100多個蛋白質進行靶向空間分析；
■ GeoMx® DSP也能在同一切片上實現RNA和蛋白質的共檢測，從而提供多組學結果。
以特異性解析異質性
功能驅動下，在高分辨率空間水平精準解析組織中不同細胞群。
理解組織異質性對于研究發育生物學、疾病發病機制以及對治療的響應極為重要。GeoMx®ﾠDSP數字空間分析儀填補了組織成像和單細胞測序分析等分子分析技術之間的缺口，支持您利用空間多組學解鎖新的生物學見解。
工作流程
利用標準IHC方法，將成像試劑（熒光標記的抗體/探針）、定量試劑（DSP條形碼標記的抗體/探針）和組織切片進行混合雜交和染色。在DSP完成成像和感興趣區域（ROI）圈選、DSP條形碼釋放收集后，利用NGS進行定量分析，最終得到的是不同組織空間區域（ROI）的表達譜信息。
精準定位您的目標區域
數據檢索
GeoMx® Data Analysis Suite（DSPDA）：DSPDA是交互式數據分析工具，將定量數據與空間背景聯系起來，提供無縫的實驗工作流程。
免疫熒光+RNA/蛋白高通量表達分析：
GeoMx DSP應用領域
產品分類-RNA檢測
GeoMx® Human Whole Transcriptome Atlas
GeoMx® Human Whole Transcriptome Atlas（Hu WTA）空間全轉錄組技術實現了人類組織原位全轉錄組表達分析。其通過獨特的探針結構設計，大大提高了對每個轉錄本的檢測靈敏度和可信度。HuﾠWTA基于HumanﾠGeneﾠNomenclatureﾠCommittee（HUGO）數據庫，同時參照NationalﾠCenterﾠforﾠBiotechnology’sﾠInformation（NCBI）RefSeq數據庫中的mRNA序列，可檢測超過18000種人類蛋白編碼基因。DSP RNA探針在保證靶標分子高特異性的基礎上，還針對多種因素進行了篩選優化，保證每個探針都對應一個獨特的DSP條形碼。可用于下游在illumina測序儀上進行分子計數。HuﾠWTA采用靶向捕獲的技術原理，避免了基于poly（A）的技術局限性，從而實現了對于嚴重降解的組織（如FFPE）也有高靈敏度的穩定表現。它能夠對于每個目標區域（ROI）內的全轉錄組進行測量，幫助研究者高分辨率地探索組織微環境和細胞群之間的差異，以及背后詳細的生物通路。
產品亮點：
· 涵蓋人類全部蛋白編碼基因mRNA序列的特異性探針；
· 出色的檢測靈敏度：能夠在小于50μm的區域內檢測出數千個基因；
· 對于包括FFPE在內的各種樣本類型均具有可靠性能，分析結果與RNA-seq和RNAScopeTM技術驗證數據高度一致；
· 聯合單細胞轉錄組測序（scRNA-Seq）數據，可在組織原位研究不同細胞亞群；
· 流暢整合了illumina測序文庫制備流程和簡化的NGS數據分析方案；
· 出眾的靈活性，用戶可定制添加至多60個額外靶點，如非編碼RNA、合成DNA序列或者外源基因（如細菌、病毒）等；
· 利用GeoMx® Data Suite和生物信息學工具進行空間轉錄組統計分析。
GeoMx® Mouse Whole Transcriptome Atlas
小鼠模型在了解發育生物學、疾病發作、進展和治療方面發揮著關鍵作用。然而在小鼠轉錄組研究中，組織異質性會增加細胞群或單細胞RNA-seq數據結果的復雜性。使用GeoMx®小鼠全轉錄組分析（MuWTA），研究人員可以應用空間轉錄組學來揭示小鼠模型中的組織結構和基礎功能。
產品亮點：
· 全轉錄組覆蓋度，覆蓋所有小鼠品系；
· 出色的靈敏度，每份樣本可檢測的基因數更多，可定量低、中和高表達基因；
· 穩定可靠、可重復的結果，適用于多種樣本類型。包括FFPE、新鮮冷凍、固定冷凍和TMA樣本；
· 高效實現多樣本數據的比較，識別與生物學密切相關的特定區域或細胞群的表達變化；
· 標準化工作流程，運用成熟技術，無需額外驗證與優化；
· 最小測序需求，12個感興趣區域 (ROI) 所需測序量僅為100M reads/樣本。
GeoMx® Cancer Transcriptome Atlas
Cancer Transcriptome Atlas（CTA）支持以空間分辨率同時分析超過1,800個RNA靶標，包含細胞分析普遍應用的靶標，以及GeoMx®ﾠDSP實驗的必要對照。CTA覆蓋112條對免疫應答、腫瘤生物學和微環境至關重要的通路。GeoMx® Cancer Transcriptome Atlas（CTA）支持全面地分析腫瘤、腫瘤微環境和腫瘤免疫狀態。
產品亮點：
· 全面的RNA檢測靶點，用于癌癥生物學研究；
· 廣泛覆蓋免疫應答、腫瘤微環境和腫瘤生物學研究；
· 包含來自臨床相關基因集，例如腫瘤炎性BC360IIO360 指數和PAM50；
· 超過100條通路，全方位探索癌癥；
· 兼容RNAscopeTM和抗體形態學標志物；
· 支持增添多達60個額外的目標靶標；
· 流暢整合illumina高通量測序技術；
產品分類-蛋白檢測
GeoMx® Human Protein Assays
GeoMx® Human Protein Assays 結合NGS 技術流程能夠以空間分辨率同時分析數百種蛋白質靶標的表達。包含4 種蛋白的GeoMx® Protein Core for NGS包含GeoMx® DSP實驗所需的對照品。 GeoMx® Human Protein Assays具有模塊化設計，提供經驗證的檢測靶標，用于免疫學、腫瘤免疫學和神經科學研究。
產品亮點：
· 經驗證的多靶標檢測，專為免疫學、腫瘤免疫學和神經科學等研究設計；
· 在10種檢測模塊中選擇并添加到GeoMx® Human Protein Core，可實現對數百種蛋白質靶標的空間表達定量；
· 可另外定制多達10個目標抗體；
· 流暢整合illumina高通量檢測技術；
· 利用 GeoMx® Data Center進行交互式分析。
產品亮點：
· 經驗證的多靶標檢測，專為免疫學、腫瘤免疫學和神經科學等研究設計；
· 在10種檢測模塊中選擇并添加到GeoMx® Human Protein Core，可實現對數百種蛋白質靶標的空間表達定量；
· 可另外定制多達10個目標抗體；
· 流暢整合illumina高通量檢測技術；
· 利用 GeoMx® Data Center進行交互式分析。
案例分析（一）
干細胞樣腫瘤細胞的Midkine表達驅動mTOR抑制和免疫抑制微環境的持續
影響因子：17.694；發表時間：2022.08；發表期刊：Nature Communications
mTORC1在多種癌癥類型中異常活躍。此研究對結節性硬化綜合癥(TSC)與mTORC1極度活躍相關的腫瘤進行了單細胞轉錄組分析、配對T細胞受體(TCR)測序和空間轉錄組分析，并通過腫瘤調節的免疫抑制性巨噬細胞確定了一種與T細胞功能障礙有關的干細胞樣腫瘤細胞狀態（SLS）。雷帕霉素及其衍生物(rapalogs)是治療TSC腫瘤的主要藥物，干細胞樣腫瘤細胞在體外表現出雷帕霉素耐藥，這讓研究者聯想到這些藥物對患者細胞的抑制作用。促血管生成因子midkineﾠ(MDK)在SLS群體中高度表達，并在SLS優勢樣本中與內皮細胞的富集相關。MDK抑制與雷帕霉素在體內外協同抑制TSC細胞系的生長。綜上所述，本研究提示mTORC1高活性的干細胞樣狀態腫瘤細胞通過免疫抑制，存在一種自分泌雷帕霉素耐藥機制和旁分泌腫瘤生存機制。
案例分析（二）
DSP技術+snRNA-seq揭示PDAC在CRT治療后多層次重構
影響因子：41.307；發表時間：2022.08；發表期刊：Nature Genetics
Bulk方法以及胰腺導管癌的研究都是針對未治療的病人，對治療中病人的腫瘤微環境的變化不清楚。CRT治療是一種無創治療并且在近年來發展迅速，但CRT治療的耐藥性依然沒有有效的治療策略。此研究聯合snRNA-seq+DSP技術對胰腺導管癌未治療和CRT治療后的組織進行分析，發現CRT治療誘導了惡性細胞和成纖維細胞表型的轉變，根據兩種細胞的基因表達程序構建了能夠有效預測PDAC預后效果的分子分型，并結合空間轉錄組技術揭示了CRT治療引起PDAC發生耐藥的機制，為不同的耐藥治療策略提供依據。
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