PSD方法通常增加了激發(fā)激光的功率，使其超過(guò)產(chǎn)生一般肽指紋譜圖所需功率的閾值，過(guò)剩的能量使前體離子在源內(nèi)離子化之后發(fā)生裂解，產(chǎn)生一系列碎片離子，在反射器的作用下，最終可以得到一張連續(xù)的碎片離子圖譜。經(jīng)特定的軟件分析后，即可在數(shù)據(jù)庫(kù)中檢索到肽段的氨基酸序列。
利用PSD分析技術(shù)作為重要的蛋白質(zhì)鑒定手段之一，PS1的精確度可以達(dá)到10 ppm，靈敏度為fmol，分子量檢測(cè)范圍可達(dá)到500 kDa，每天可自動(dòng)分析40-100個(gè)樣品，適用于大規(guī)模“蛋白質(zhì)組學(xué)”研究。
PS1除了可以進(jìn)行生物大分子的精確分子量測(cè)定，還可用于蛋白的肽指紋圖譜分析(peptide mass fingerprint，PMF)，提供相關(guān)生物信息學(xué)服務(wù)，并且還可以利用源后衰變（Post Source Decay，PSD）技術(shù)來(lái)獲得樣品的MS/MS數(shù)據(jù)，以得到一級(jí)結(jié)構(gòu)信息。