結(jié)構(gòu)基因組學(xué)涉及到大量的結(jié)構(gòu)鑒定方法，包括利用基因組序列的試驗(yàn)方法、基于已知同源蛋白質(zhì)的序列或結(jié)構(gòu)同源性基礎(chǔ)上的建模方法、或基于沒(méi)有任何已知結(jié)構(gòu)同源性蛋白質(zhì)的化學(xué)和物理特性的建模方法。與傳統(tǒng)的結(jié)構(gòu)生物學(xué)相反，結(jié)構(gòu)基因組學(xué)來(lái)確定的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)常常（但并不總是）先于對(duì)其功能的了解。
結(jié)構(gòu)基因組學(xué)試圖描述由給定基因組編碼的每個(gè)蛋白質(zhì)的三維結(jié)構(gòu)  。這種基于基因組的方法允許通過(guò)實(shí)驗(yàn)和建模相結(jié)合方法高通量進(jìn)行蛋白結(jié)構(gòu)鑒定。
結(jié)構(gòu)基因組學(xué)與傳統(tǒng)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)的主要區(qū)別在于，結(jié)構(gòu)基因組學(xué)試圖確定基因組編碼的每一種蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)，而不是專注于一種特定的蛋白質(zhì)。隨著全基因組序列的公開，通過(guò)實(shí)驗(yàn)和建模相結(jié)合的方法可以更快完成蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)，特別是由于大量測(cè)序基因組和以前解析蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的公開，使得科學(xué)家可以根據(jù)已有同源物的結(jié)構(gòu)對(duì)蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)進(jìn)行建模。