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單細胞轉錄揭示腸道菌群加重脂肪肝

瀏覽次數:1047 發布日期:2022-12-6  來源:中科新生命

 
非酒精性脂肪肝(NASH)正迅速成為肝移植和肝衰竭的首要原因。肝炎是NASH的關鍵特征,但參與這一過程的免疫通路尚未充分闡明。B細胞是適應性免疫系統的細胞,是免疫反應的關鍵調節劑。然而,B細胞在NASH發病機制中的作用以及導致它們在肝臟中激活的潛在機制尚不清楚。美國明尼蘇達大學Xavier Revelo教授等研究團隊在Hepatology(IF 17.425)上發表了一項題為“Microbiota‐driven activation of intrahepatic B cells aggravates NASH through innate and adaptive signaling”的研究,該研究從單細胞轉錄組出發,并結合腸道菌群的多樣性,運用多組學技術聯合,系統闡述腸道微生物群驅動的B細胞積累和活化會在NASH進展過程中通過先天性和適應性免疫機制導致肝臟炎癥和纖維化。


  

 研究材料

高脂肪高碳水化合物飲食小鼠模型(HFHC)、正常飲食小鼠(NCD)、B細胞缺陷型μMT小鼠、B細胞特異性缺失MyD88 (B-MYD) 的小鼠、Nur77-GFP小鼠、FMT小鼠

 

 技術路線

步驟1:HFHC飲食誘導的NASH小鼠肝臟中存在促炎性B細胞的聚集和活化,而B細胞缺陷小鼠的肝臟炎癥和纖維化得到改善

步驟2:MyD88是B細胞在NASH過程中促進肝臟炎癥、纖維化和損傷所必需的;

步驟3:NASH中的B細胞活化受到B細胞受體信號,提示B細胞活化整合了天然免疫和適應性免疫機制;

步驟4:移植NASH患者糞菌增加了受體小鼠肝臟中的B細胞積累和活化,從而加劇NASH,提示腸道菌群因素驅動了B細胞在NASH中的致病性。

 

 研究結果

1. B細胞在NASH中的動態變化

為了確定肝內B細胞在NASH進展中的作用,作者用HFHC飲食誘導小鼠NASH,并分離出免疫細胞后識別主要的免疫細胞群,HFHC組的B細胞顯著增加。為了評估B細胞中細胞因子的表達情況,作者發現分別在丙二醇甲醚醋酸酯(PMA)和脂多糖(LPS)刺激后,NASH小鼠表達TNF-α和IL-6的B細胞數量增加。同時,來自NASH小鼠的B細胞也顯示出細胞表面主要組織相容性復合物 (MHC) I類和II類以及CD86的上調,這表明活化和抗原呈遞能力增加。以上結果表明,NASH小鼠中肝內B細胞積累,并釋放促炎細胞因子以及呈遞抗原的能力增加。
 

圖1 促炎性B細胞在NASH小鼠的肝臟中積累

 

2. NASH小鼠肝內B細胞顯示促炎基因譜

為了更好地了解NASH如何改變B細胞的轉錄組譜,作者對來自NCD和HFHC肝臟的免疫細胞進行了單細胞轉錄組測序,發現24個CD45+免疫細胞簇。作者主要關注了B細胞簇的基因表達譜,發現炎癥基因Il1b、S100a8等在HFHC肝臟B細胞中表達增加。為了驗證單細胞轉錄組對B細胞表達譜的檢測能力,作者還對HFHC和NCD小鼠肝臟B細胞進行了常規RNA-seq,同樣驗證了幾個促炎基因在HFHC肝臟B細胞中上調。為了解釋這些數據的生物學意義,作者使用 Ingenuity Pathway Analysis (IPA) 來檢測基因表達模式,發現參與炎癥和TLR信號傳導的上游調節因子的激活,以及IL10RA和SOCS1的抑制,并且富集到活躍的炎癥途徑。以上結果顯示NASH小鼠的B細胞活化和炎癥表型增加
 

圖2 肝內B細胞在NASH期間顯示出促炎基因譜

 

3.  B細胞缺陷可改善NASH

為了確定B細胞是否在NASH的發病機制中起直接作用,作者評估了HFHC喂養的B細胞缺陷μMT小鼠的NASH進展。HFHC μMT小鼠顯示出NAS評分較低,且轉錄組數據表明,在HFHC μMT小鼠中,促炎基因的表達顯著降低,B細胞數目顯著減少,并且HFHC μMT小鼠纖維化明顯減少,纖維化形成基因表達降低,而這些變化在NCD WT和NCD μMT小鼠中并未檢測到,該結果說明在HFHC喂養后,B細胞可以引起代謝和炎癥紊亂
 

圖3 B 細胞缺乏可改善NASH期間的炎癥和纖維化

 

4.  促炎基因MyD88介導NASH中B細胞的促炎功能

RNA-seq分析確定MyD88是HFHC小鼠肝B細胞中促炎基因的上游調節因子,為了研究B細胞固有的MyD88信號傳導是否影響NASH進展,作者構建了B細胞特異性缺失 MyD88 (B-MYD) 的小鼠,HFHC喂養后發現B-MYD HFHC小鼠NAS評分較低。雖然B-MYD HFHC和WT HFHC小鼠之間的總數和亞群免疫細胞群沒有差異,但B-MYD HFHC小鼠的肝內B細胞MHC-I和MHC-II減少,這表明TLR介導的激活降低了抗原的呈遞能力。以上結果表明,B細胞需要MyD88來促進NASH的肝臟炎癥、纖維化和損傷
 

圖4 MyD88介導NASH中B細胞的炎癥功能

 

5.  BCR刺激激活肝內B細胞

BCR與抗原結合產生的激活信號是B細胞活化的第一信號,接下來作者探究了在NASH過程中肝內B細胞的激活是否與BCR信號有關,因BCR信號傳導在Nur77基因的控制下誘導綠色熒光蛋白 (GFP) 表達,作者給Nur77-GFP小鼠喂食NCD或HFHC,結果發現HFHC Nur77-GFP小鼠的GFP+肝內B細胞的頻率和數量顯著增加,表明在NASH期間的激活涉及肝臟中的BCR信號。該結果表明,NASH中,B細胞的活化受到BCR信號刺激


圖5 B細胞通過BCR被激活

 

6.  腸源性微生物因子促進肝內B細胞活化

為了研究NAFLD相關菌群失調產生的細菌產物是否促進肝內B細胞活化,作者構建了FMT小鼠模型,與健康FMT小鼠相比,NAFLD FMT小鼠表現出擬桿菌門和變形菌門豐度增加,該結果與NAFLD供體的菌群比例具有高度相似性。且NAFLD FMT小鼠NAS評分略有增加,肝內B細胞數量增加,抗原呈遞和共刺激分子的表達增加,纖維化輕微增加。這些數據表明,腸道菌群中與NAFLD相關的變化足以誘導肝臟中B細胞的積累和活化,同時將肝臟病理學的各個方面從人類供體傳遞給受體小鼠
 

圖6 腸源性微生物因子促進肝內B細胞活化

 

 結論

文章首先通過單細胞轉錄組測序對NASH樣本進行免疫分析,發現促炎B細胞在NASH樣本中顯著積累,隨后作者利用B細胞缺陷型小鼠模型證明了B細胞在NASH進展中的重要性,接下來作者相繼證明了B細胞促炎表型受到MyD88和BCR信號的調節刺激。通過FMT實驗進一步證明了NASH患者腸道菌群的改變可以導致肝臟中B細胞積累和激活。文章運用多組學技術聯合,系統的闡釋了腸道菌群對NASH的影響,在基礎醫學和臨床上具有深遠的意義。
來源:上海中科新生命生物科技有限公司
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