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外泌體多組學-EV生物標志物在乳腺癌診斷和預后中的最新進展

瀏覽次數:1034 發布日期:2023-2-21  來源:中科新生命

目前由于乳腺癌(BC)診斷臨床工具的單一化,不同體液的液體活檢已成為一種微創診斷策略,它可為早期診斷、積極監測進展和預后復發提供腫瘤標記物的實時數據。細胞外囊泡(EV)是直徑為50–1000 nm的納米級膜結構,由細胞釋放到生物液體中。EVs含有蛋白質、核酸和脂質,它們通過細胞間通訊在腫瘤發生和轉移中發揮關鍵作用。使用基于質譜的蛋白質組學和高通量測序技術,研究小EV(sEV)的蛋白質和miRNA是新的BC生物標志物的潛在來源。本文闡述了sEV分離和表征的新技術,總結了用于BC診斷、預后的sEV蛋白和miRNA生物標志物,討論了當前sEV生物標志物研究的局限性以及未來的應用前景。

 

重要結果
 

1. 在BC液體活檢中sEV作為生物標志物來源的優勢

目前,用于腫瘤診斷和預后最常見方式是組織活檢。然而,組織活檢很難獲得樣本,并且來自活檢樣本的腫瘤分子和遺傳信息多為早期檢測,篩查和監測存在局限性。為了克服傳統生物標志物鑒定和驗證手段的技術挑戰,提出了基于體液活檢的分析,其重點是利用循環腫瘤細胞(CTCs),循環腫瘤DNA(ctDNA),各類體液(包括血液,尿液和唾液)中的細胞外囊泡(EVs)作為腫瘤診斷和預后生物標志物的來源。與組織活檢相比,體液活檢能夠追蹤異質性,實時監測腫瘤轉移和進展,減少疼痛和副作用,并且獲得樣本的過程更快,更容易。

而在BC體液活檢領域中,許多研究人員已將重點轉向sEV,因為它們在生物體液中相對更豐富,細胞中的生物含量豐富,且形態穩定。對于臨床應用,第一個基于sEV的商業試驗ExoDx™ 前列腺(IntelliScore)于2017年推出,由FDA批準,該測試能夠將前列腺癌癥患者的組織活檢采集量減少27%。這表明,來自體液活檢的sEV為生物標志物的開發開辟了一條新的途徑,可以影響包括BC在內的各種癌癥的診斷、預測和治療。
 

圖1 液體活檢在乳腺癌診斷中的應用


2. sEV分離和表征

理想的sEV富集方法簡單、高通量、快速、成本低、純度高。然而,由于生物樣本的復雜性和EV的異質性,目前的分離方法都不符合這些標準。克服這些障礙的一種可能是結合兩種或多種分離技術。例如,據報道,與單獨使用體積排除色譜法(SEC)或超速離心(UC)相比,在BC細胞系中使用聚乙二醇(PEG)沉淀結合SEC,可在更短的時間內富集20至200倍高濃度的sEV蛋白。此外,在BC患者的血清中進行半個周期的UC后結合ExoQuick或Total Exosome Isolation試劑盒,可顯著提高產量,減少耗時。總之,繼續開發聯合分離技術可能是選擇和分離sEV的可行選擇,這有助于下游分析和臨床應用。

從乳腺癌癥(BC)血樣和細胞系中分離出的sEV可以通過大小、形態、濃度和sEV標記物來表征。sEV尺寸和濃度可以通過納米粒子跟蹤分析(NTA)和單粒子干涉反射成像傳感器(SP-IRIS)進行分析。電子顯微鏡(EM)可以根據大小和形態對sEV進行分類。納米流式細胞術(nFCM)、高靈敏度流式細胞儀(HSFCM)、高分辨率流式細胞(hFCM)和熒光活化囊泡分選(FAVS)可以使用各種sEV標記物對sEV進行亞群分類。sEV蛋白可以通過基于質譜的分析(包括無標記和基于標記的定量)來分析。為了驗證sEV蛋白和肽段標記物,可以使用多重反應監測(MRM)、平行反應監測(PRM)、蛋白質印跡(WB)和酶聯免疫吸附試驗(ELISA)。
 

圖2 小細胞外囊泡(sEV)檢測和表征

 

3. 在BC診斷、預后和化療耐藥中sEV蛋白生物標志物的作用

從BC患者的細胞上清液和血液樣本中收集sEV。分離的sEV通過蛋白質組學方法(如液相色譜-串聯質譜(LC–MS/MS)和反相蛋白質微陣列(RPPA))進行分析,并通過sEV蛋白質檢測方法(包括酶聯免疫吸附試驗(ELISA)和蛋白質印跡(WB))進行驗證。鑒定了BC sEV樣品中的各種上調或下調蛋白,可用于BC診斷、預后和預測BC化療耐藥性。


圖3 sEV蛋白生物標志物

 

4. 在BC診斷、預后和化療耐藥中sEV miRNA生物標志物的作用

miRNA是長度約為19-25個核苷酸的短單鏈非編碼RNA分子,可以通過直接與靶mRNA的3'非翻譯區結合來抑制基因功能。使用高通量測序(NGS)分析研究發現,miRNA是sEV中最顯著的RNA種類,并鑒定出593種獨特的miRNA。在血液中,將miRNA封裝在sEV中可以提供穩定的環境,促進細胞間的遠距離通信。因此,攜帶釋放到血液中的miRNA的腫瘤衍生sEV可能是疾病診斷、預后和治療管理的寶貴生物標志物資源。

收集BC血漿和細胞上清液樣本,通過逆轉錄酶定量聚合酶鏈反應(RT-qPCR)、高通量測序(NGS)和微陣列分析分析分離的含有miRNA的sEV。BC樣本獨特的sEV miRNA表達譜對BC的診斷、預后和預測化療耐藥具有價值。
 

圖4 sEV miRNA生物標志物


結論

為了提高BC的診斷和預后,研究人員越來越關注體液活檢,因為其侵襲性有限,適合于腫瘤監測。根據文章描述的證據,監測sEV衍生蛋白和miRNA的變化對于BC生物標志物翻譯具有巨大的潛力和前景。

來源:上海中科新生命生物科技有限公司
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