兩個組別也能發高分文章？


 

mRNA的表達水平很大程度上可以反應個體內基因的表達特性，不同個體，不同發育階段，不同組織的表達水平可能各不相同。轉錄組測序（RNA-seq）憑借高通量、價格低、周期短、應用范圍廣等優勢，已經成為研究生物基因表達的一種重要工具，深受科研人員的青睞。 那么如何利用小樣本量進行轉錄組測序實驗設計，才能獲得更有價值的研究呢？下面就以幾篇項目文章為例，為大家奉上小樣本的轉錄組研究思路，通過簡單的轉錄組測序發揮錦上添花的效果，讓您的實驗數據更加充實有力，助力高分文章。
 

★ 研究思路1★

轉錄組測序-發現關鍵基因
 

項目文章：Combined Transcriptome and Metabolome Analysis Reveals That the Potent Antifungal Pyrylium Salt Inhibits Mitochondrial Complex I in Candida albicans

發表期刊：Microbiology Spectrum

影響因子：9.043

合作單位：海軍軍醫大學/同濟大學附屬第十人民醫院

樣本類型：白色念珠菌（n=6）

研究內容：在對SM21進行結構修飾的基礎上，合成了具有增強抗真菌活性的新型丙酮酸鹽衍生物xy12。xy12對白色念珠菌的MIC值（MIC90）范圍為0.125-0.25mg/mL，比SM21低約2倍。通過RNA-seq技術，在xy12處理的白色念珠菌中共鑒定出3454個差異表達基因，通過整合KEGG途徑富集分析，我們發現抑制氧化磷酸化是xy12的重要抗真菌作用機制。通過線粒體呼吸復合物I至IV的電子傳輸是氧化磷酸化的常見過程。野生型SC5314的敏感性和xy12相比，線粒體復合體I（CI）缺陷突變體的敏感性降低，表明xy12的抗真菌作用依賴于CI，同時，xy12處理的白色念珠菌的表型與CI缺陷突變體相似。總之，結果表明，xy12可以通過抑制白色念珠菌中的線粒體復合物I來抑制氧化磷酸化，為線粒體靶向抗真菌藥物的開發提供了一種新的先導化合物。
 

轉錄組測序結果展示：

 

項目文章：Molecular mechanisms of atrazine toxicity on H19-7 hippocampal neurons revealed by integrated miRNA and mRNA “omics”

發表期刊：Ecotoxicology and Environmental Safety

影響因子：7.129

合作單位：徐州醫科大學

樣本類型：大鼠海馬衍生的H19-7細胞（n=6）

研究內容：阿特拉津（ATR）是一種在亞洲和南美洲廣泛應用的除草劑，其自然降解緩慢，并對人類和動物健康產生有害影響，包括海馬毒性。然而，對ATR誘導的海馬損傷的分子機制知之甚少。因此作者分析了大鼠海馬衍生的H19-7細胞對ATR（500μM）的反應的mRNA和miRNA表達譜，GO分析表明，這些DEMs富含與突觸可塑性和抗氧化能力相關的基因，而KEGG分析表明，富集的DEMs參與鈣信號傳導、軸突引導、MAPK信號傳導和膠質細胞癌變。本文鑒定的miRNA-mRNA調控網絡可能為ATR誘導的海馬神經毒性治療提供潛在的生物標志物和新的策略。
 

轉錄組測序結果展示：

 

項目文章：Long‐Term High‐Fat Diet Decreases Renal Insulin‐Degrading Enzyme Expression and Function by Inhibiting the PPARγ Pathway

發表期刊：Molecular Nutrition & Food Research

影響因子：6.575

合作單位：重慶醫科大學附屬第三醫院

樣本類型：小鼠腎臟組織（n=6）

研究內容：長期高脂肪飲食（HFD）導致胰島素抵抗，這是肥胖和2型糖尿病發展的主要病因。胰島素清除受損不僅是胰島素抵抗的后果，也是胰島素抵抗的原因。腎臟是胰島素清除的主要部位，其中胰島素降解酶（IDE）在近端小管中起著至關重要的作用。因此，我們研究了腎IDE在HFD誘導的肥胖小鼠胰島素抵抗調節中的作用。RNA-Seq分析發現PPAR途徑參與其中，腎PPARγ表達降低。PPARγ激動劑羅格列酮可阻止棕櫚酸對IDE表達的抑制。在棕櫚酸處理的細胞中，與IDE啟動子結合的PPARγ的量減少。羅格列酮改善了HFD喂養小鼠的胰島素清除率和胰島素抵抗，并增加了腎IDE的表達。

轉錄組測序結果展示：

★ 研究思路2★

轉錄組測序--轉錄水平的驗證
 

項目文章：Interfering biosynthesis by nanoscale metal-organic frameworks for enhanced radiation therapy

發表期刊：Biomaterials

影響因子：15.304

合作單位：上海交通大學醫學院附屬瑞金醫院/上海市傷骨科研究所

樣本類型：人骨肉瘤細胞系（n=6）

研究內容：放射治療(RT)是應用最廣泛的癌癥治療方法之一。然而，腫瘤細胞旺盛的生物合成對RT抵抗性起著重要作用。在此，本研究合成了一種多功能的鉿基金屬有機框架（Hf-nMOFs），并負載了3-BrPA（3-BrPA@Hf-nMOFs，縮寫為BHT）用于生物合成靶向放療增敏。同時，利用轉錄組技術對細胞代謝和生物合成中的上調和下調基因以及相關通路進行了研究，揭示BHT的放射增敏機制。這項研究為解決放療瓶頸提供了新的方法和策略，也為合理開發創新和高效的輻射增敏試劑提供了概念框架。

 

轉錄組測序結果展示：

 

項目文章：Ga-containing Ti alloy with improved osseointegration for bone regeneration: In vitro and in vivo studies

發表期刊：Composites Part B-Engineering

影響因子：11.322

合作單位：上海交通大學醫學院附屬第九人民醫院/南京醫科大學兒童醫院

樣本類型：大鼠骨髓間充質干細胞（BMSCs）（n=6）

研究內容：鈦和鈦合金因其優異的機械財產、耐磨性和生物相容性而被廣泛應用于臨床骨科植入材料。然而，鈦合金的治療效果受到其骨整合不良的限制。因此，本研究旨在通過制造含不同Ga量的鈦合金來改善骨整合不良。評估了Ti–Ga合金的財產，包括元素分布、硬度和鈣鹽沉積。結果表明，Ga作為一種生物活性金屬，促進了磷灰石的形成。分別使用大鼠骨髓間充質干細胞（BMSCs）和大鼠髓內釘模型在體外和體內評估了Ti–Ga合金的成骨性能。生物學結果表明，Ti–Ga合金為細胞粘附和擴散提供了合適的條件，促進了BMSCs的成骨分化，并比純Ti更好地增強了體內骨整合。轉錄組學結果進一步表明，Ga通過下調gremlin表達增強了骨整合。本研究介紹了Ti-Ga合金作為具有比純鈦更好的骨整合的有前途的植入材料，并闡明了Ga促進成骨的可能機制。
 

轉錄組測序結果展示：

 

項目文章：A prospective diagnostic and prognostic biomarker for hepatocellular carcinoma that functions in glucose metabolism regulation: Solute carrier family 37 member 3

發表期刊：BBA - Molecular Basis of Disease

影響因子：6.633

合作單位：天津醫科大學朱憲彝紀念醫院

樣本類型：人肝細胞癌細胞系（n=6）

研究內容：肝細胞癌（HCC）是最常見的癌癥類型。由于HCC發病隱匿，早期診斷相對困難。HCC對一線治療藥物也表現出強烈的耐藥性。因此，迫切需要新的精確診斷和預測HCC的生物標志物。作者采用生物信息學分析、體外細胞功能實驗和體內異種移植腫瘤模型的組合方法，系統地研究溶質載體家族37成員3（SLC37A3）在HCC進展中的作用。SLC37A3敲低的HCC細胞的RNA-seq分析表明，1型糖尿病（T1DM）相關的信號通路顯著改變。胰島素分泌相關基因和糖酵解/糖異生相關基因的表達水平也發生了變化，表明SLC37A3可能參與葡萄糖穩態的調節。總之，SLC37A3是HCC的前瞻性診斷和預后生物標志物，在糖代謝調節中發揮作用。

轉錄組測序結果展示：

 

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