菌種用于發酵過程作為活細胞催化劑的微生物，包括細菌、放線菌、酵母菌和霉菌四大類。來源于自然界大量的微生物，從中經分離并篩選出有用菌種，再加以改良，貯存待用于生產。使優良菌種的性狀保持穩定，人為地創造條件，使菌種的新陳代謝活動處于不活潑狀態，即選取優良菌種的休眠體(孢子或芽孢)或富有生命力的懸浮液在低溫或脫水狀態下保存 。菌種保藏是指保持微生物菌株的活力和遺傳性狀的技術。微生物在使用和傳代過程中容易發生污染、變異甚至死亡，因而常常造成菌種的衰退。菌種保藏的目的就是使菌株存活、不丟失、不污染雜菌、不發生或少發生變異，保持菌種原有的活性和各種特征。菌種保藏的基本原理是使微生物的生命活動處于半永久性的休眠狀態，也就是將微生物的新陳代謝作用限制在最低范圍內。以下做出詳細解說：
一、低溫存法：
1. 簡單保存法，將瓊脂斜面孢子培養物、菌絲懸浮液以及由麩皮、大米、小米等谷物原料制成的孢子培養物置于4℃冰箱保存,保存時間不超過1~2個月，若將谷物原料制備的孢子瓶抽真空并在棉塞上浸蠟,以隔絕外界空氣和水汽,保持時間可達3~4個月;
2. 液氮超低溫保存法，將生長穩定期的細胞懸浮在10%甘油或其他低冰點液體中，密封于安瓿管內，然后控制冷卻速度，使安瓿管溫度逐步下降至 -35℃時，即可置于-150~-196℃的液氮罐中保存。大多數微生物如病毒、噬菌體、多種細菌、放線菌、酵母和原蟲、特別是一些用冷凍干燥法有困難的微生物，都可用此法長期保存。
二、脫水存法：
1. 沙土保存法，能產孢子的細菌、放線菌及霉菌可采用此法保存,即將沙和土以3:2比例混合，經稀酸處理洗凈過篩,裝入小試管內,裝置高度為1cm;滅菌2~3次，烘干后即可將在斜面培養基上生長良好的孢子，用無菌蒸餾水2~2.5ml制成孢子懸液，吸取少許加入沙土管中，經真空抽干，外觀呈松散狀態,于4℃冰箱保存，保存期可達5~7年。

2. 冷凍干燥法,  將孢子懸浮液與保護劑(一般用脫脂牛奶或血清)相混合，放在安瓿管內于-20~-30℃的乙醇浴中速凍。然后，在低溫下用真空泵抽干，并用五氧化2磷或干冰使水汽結凍，熔封安瓿管，于低溫下保存。保存期可達5~10年之久。

3.  石蠟油封存法，在斜面菌種培養物上,倒上滅菌后的石蠟油，高出斜面1cm，于4℃冰箱或低溫干燥處保存，此法不適用于能利用石蠟油作碳源的微生物，保存期為一年以上。