空間多組學的發展日新月異，為了挖掘具有統計學意義的生物學新發現，對樣品數量和檢測靶標數都提出了更高的要求。為此，能夠在一張玻片上同時分析幾十、上百個樣本的組織芯片和能夠最多原位檢測6000個RNA的CosMx™ SMI技術平臺聯合使用，能在一次實驗中把不同表型及其轉錄組/蛋白質組關聯分析，為空間細胞圖譜繪制、生物標志物挖掘等方向的研究開辟全新道路。

PART ONE

CosMx™ SMI 空間超多靶標原位檢測技術

由Nanostring公司自主研發的CosMx™ SMI（Spatial Molecular Imaging）是一個突破性的單細胞空間原位成像平臺，以高水平的靶標數、分辨率和細胞數量支持研究人員實現精準透徹的生物學解析。眾所周知，真實世界中FFPE樣本的RNA和蛋白質往往質量很低、降解嚴重，因此對其進行分析極具挑戰性。CosMx™ SMI系統具有簡單的樣本制備流程和穩定的原位雜交化學原理，并能夠兼容多種組織類型。CosMx™ SMI目前能夠對新鮮冷凍（FF）、福爾馬林固定石蠟包埋（FFPE）等多種組織切片中的RNA/蛋白質進行亞細胞水平的超高分辨率成像。結合圖像AI算法精準劃分細胞邊界，獲得“單細胞”空間分子圖譜。

CosMx™ SMI實現亞細胞分辨率的RNA/蛋白質檢測

機器學習助力細胞識別

PART TWO

CosMx™ Human 6K隆重問世

Nanostring新推出的CosMx™ SMI轉錄組檢測panel——CosMx™ Human 6K，可在一次實驗中檢測人組織切片里6000多種基因的表達水平，包含生物通路中關鍵的功能基因。超多靶標的單細胞空間原位表達信息不僅可以實現精細的細胞分型、繪制單細胞空間圖譜、篩選標志物基因、詳細展示細胞鄰域和組織微環境，同時還支持細胞配受體檢測，在真實的組織空間背景下推進您對細胞通訊和細胞狀態的深刻洞察。

CosMx™ Human 6K panel在重要生物學通路中的基因覆蓋率

PART THREE

CosMx™ SMI +TMA 空間研究新思路

組織芯片（Tissue Microarray，TMA）是一種新型的高通量、多樣本的研究工具。它將數十個甚至上千個不同個體的組織標本集成在一張固相載體上，為醫學分子生物學提供了一種高通量、大樣本以及快速的分子水平的分析工具。研究者一次可有效利用成百上千份自然或疾病狀態下的組織標本來研究基因/蛋白質表達與疾病表型之間的相關性，對于疾病的分子診斷，預后指標和治療靶點的定位，抗體和藥物的篩選等方面均有十分重要的實用價值。

TMA樣品排列示意圖

傳統研究中，TMA多用于免疫組化、原位雜交、免疫熒光和原位PCR等驗證實驗中，存在局限性：1.檢測靶標過少，無法進行組學研究；2.無法同時獲得多種細胞類型的空間位置信息。因此，將傳統的TMA與新推出的原位檢測技術CosMx™ SMI相結合，可在一張切片上同時展示不同病理、不同組織部位中細胞分布特征和轉錄組/蛋白質組表達模式，樣品通量高、實驗誤差小，減少大量玻片的制備工作，方便實惠。

TMA+CosMx™ SMI的優勢

PART FOUR

文獻案例

小編總結了幾篇使用了TMA進行空間組學分析的參考文獻，幫助各位老師更好地理解TMA和空間組學檢測技術的應用方向。

案例一：空間轉錄組揭示彌漫性大B細胞淋巴瘤中巨噬細胞的異質性和預后意義

本研究利用空間轉錄組技術對反應性淋巴組織（RLT）和彌漫性大B細胞淋巴瘤（DLBCL）的不同空間生態位中的巨噬細胞進行了表征，揭示了 RLT（亮區/暗區、生發中心/濾泡間）內巨噬細胞之間以及疾病狀態（RLT/DLBCL）之間的轉錄組差異，從而發現了六個空間巨噬細胞特征信號（MacroSigs）。結合DLBCL的多隊列轉錄組數據集，發現特定的 MacroSig 與 DLBCL 的細胞源亞型和總體生存率相關。本文空間轉錄組研究在兩張TMA上檢測了24個RLT和64個DLBCL患者組織中巨噬細胞、T細胞和B細胞的基因表達情況，體現了TMA樣品通量大的特點。

案例二：鑒定導管內乳頭狀粘液性腫瘤惡性轉化的空間標志物

本研究利用兩種不同的空間轉錄組技術評估并確認兩個獨立患者隊列的導管內乳頭狀粘液性腫瘤（IPMN）亞型特異性的基因標志物，將 HOXB3 和 ZNF117 鑒定為低度不典型增生的標志物，在邊緣病例中鑒定到SPDEF和胃頸細胞標志物，以及在高度不典型增生胃 IPMN 中鑒定到NKX6-2和胃峽部細胞標記物，強調了 TNFα和 MYC 激活在IPMN 進展以及 NKX6-2在特定胃 IPMN 進展中的作用。本文空間轉錄組研究在6張TMA上進行，共包含了兩個患者隊列，一個包括14名IPMN患者共18個組織樣本，一個包括40名IPMN患者的57個樣品組織。

SBC已設計出

適合CosMx SMI檢測平臺使用的

多種TMA規格

能在15mm × 20mm掃描區域范圍內

根據老師需求放置盡可能多的樣本點

歡迎大家咨詢！