利用 Agilent 2100 生物分析儀系統簡化 DV200 評估
作者
Eva Graf
安捷倫科技有限公司
Waldbronn, Germany
前言
RNA 樣本的質量評估對于成功完成 RNA 測序工作流程中的文庫制備至關重要。Agilent 2100 生物分析儀系統能夠通過總 RNA Nano 和 Pico 分析實現 RNA 樣本量和完整性的高重現性評估。一般來講，RNA 完整值 (RIN) 是一種適用于評價 RNA 測序樣本完整性的參數。建立源自福爾馬林固定石蠟包埋 (FFPE) 組織樣本的 RNA 測序方法時，需要通過片段大小分布來進一步區分降解的 RNA 樣本。DV200 質量指標表示超過200個核苷酸的 RNA 片段的百分比，并且與FFPE樣本的捕獲前文庫產率表現出高度關聯性[1]。
本技術概述介紹了在 Agilent 2100 生物分析儀系統上使用 DV200 RNA Nano和 DV200 RNA Pico 分析簡化 DV200 的評估。
DV200 RNA Nano和Pico分析的主要改進點：
技術詳情
使用 Agilent 2100 生物分析儀系統， 該系統配備 Agilent 2100 Expert 軟件版本 B.02.08、Agilent RNA 6000 Nano 試劑盒（部件號 5067-1511） 和 Agilent RNA 6000 Pico 試劑盒（部件號 5067-1513）。除非另有說明， 否則按照制造商的方案和指南進行操作。FFPE RNA 樣本由國家腫瘤疾病中心（NCT，德國海德堡）的組織庫提供，本應用符合組織庫的規定并獲得海德堡大學倫理委員會的批準。
數據分析
DV200 RNA 分析能夠自動定義一個包含 200 至 8000 個核苷酸的區域， 如圖 1 所示。對應的 DV200 顯示在區域表的總百分比一列中。所有樣本的 RIN 算法不受影響。選擇結果表，DV200 會包含在導出并打印的數據中。此外，可以從芯片匯總表中復制 DV200 范圍。
結果標記
可根據 DV200 指標對降解的 RNA 樣本按片段大小分布進行分類。一些 RNA 序列庫方案推薦根據樣本的 DV200 范圍確定 RNA 的起始量[1]。DV200RNA 分析用不同顏色標記 RIN < 4 的樣本，以輕松評估 DV200 范圍（圖 2）。
導入分析
DV200 RNA Nano 和 Pico 分析能夠與 2100 Expert 軟件版本 B.02.08 或更高版本兼容。它們可用于重新分析現有數據文件以及新數據采集。
如需使用 2100 Expert 軟件進行 DV200 RNA Nano 或 Pico 分析，請從安捷倫網站下載該軟件：www.genomics.agilent.com。將 DV200 RNA Nano.xsy 或 DV200 RNA Pico.xsy 文件存儲在 RNA 分析文件夾 (C:\Program Files (x86)\Agilent\2100 bioanalyzer\2100expert\assays\RNA) 中。
要將 DV200 應用于現有數據文件：
DV200 RNA Nano 分析僅可用于重新分析真核細胞總 RNA Nano 數據文件，并且 DV200 RNA Pico 分析僅可用于真核細胞總 RNA Pico 數據文件。
分析設定值和結果標記將應用于數據文件并且隨后可以進行保存。
要用 DV200 RNA Nano 和 DV200 RNA Pico 分析運行樣本：
結論
DV200 RNA Nano 和 DV200 RNA Pico 分析是實用工具，能夠自動定義從 FFPE 組織中提取的降解 RNA 樣本的 DV200 區域。分析被導入后，即可用于運行 Agilent 2100 生物分析儀 RNA 芯片或重新分析現有數據文件。DV200 結果可保存、導出并顯示在報告中。
參考文獻
1. Evaluating RNA Quality from FFPE Samples. Illumina, Technical Note, publication number 470-2014 001. https://www.illumina.com/ documents/products/technotes/ technote-truseq-rna-access.pdf
僅限研究使用。
不可用于診斷目的。
本文中的信息、說明和指標如有變更，恕不另行通知。
© 安捷倫科技（中國）有限公司，2017 2017 年 8 月 1 日，中國出版
5991-8287ZHCN
Eva Graf
安捷倫科技有限公司
Waldbronn, Germany
前言
RNA 樣本的質量評估對于成功完成 RNA 測序工作流程中的文庫制備至關重要。Agilent 2100 生物分析儀系統能夠通過總 RNA Nano 和 Pico 分析實現 RNA 樣本量和完整性的高重現性評估。一般來講，RNA 完整值 (RIN) 是一種適用于評價 RNA 測序樣本完整性的參數。建立源自福爾馬林固定石蠟包埋 (FFPE) 組織樣本的 RNA 測序方法時，需要通過片段大小分布來進一步區分降解的 RNA 樣本。DV200 質量指標表示超過200個核苷酸的 RNA 片段的百分比，并且與FFPE樣本的捕獲前文庫產率表現出高度關聯性[1]。
本技術概述介紹了在 Agilent 2100 生物分析儀系統上使用 DV200 RNA Nano和 DV200 RNA Pico 分析簡化 DV200 的評估。
DV200 RNA Nano和Pico分析的主要改進點：
• 預定義的 DV200 區域
• DV200 默認展示在區域表中
• 結果根據 DV200 范圍進行標記
• DV200 范圍顯示在芯片匯總中
• DV200 默認展示在區域表中
• 結果根據 DV200 范圍進行標記
• DV200 范圍顯示在芯片匯總中
技術詳情
使用 Agilent 2100 生物分析儀系統， 該系統配備 Agilent 2100 Expert 軟件版本 B.02.08、Agilent RNA 6000 Nano 試劑盒（部件號 5067-1511） 和 Agilent RNA 6000 Pico 試劑盒（部件號 5067-1513）。除非另有說明， 否則按照制造商的方案和指南進行操作。FFPE RNA 樣本由國家腫瘤疾病中心（NCT，德國海德堡）的組織庫提供，本應用符合組織庫的規定并獲得海德堡大學倫理委員會的批準。
數據分析
DV200 RNA 分析能夠自動定義一個包含 200 至 8000 個核苷酸的區域， 如圖 1 所示。對應的 DV200 顯示在區域表的總百分比一列中。所有樣本的 RIN 算法不受影響。選擇結果表，DV200 會包含在導出并打印的數據中。此外，可以從芯片匯總表中復制 DV200 范圍。
結果標記
可根據 DV200 指標對降解的 RNA 樣本按片段大小分布進行分類。一些 RNA 序列庫方案推薦根據樣本的 DV200 范圍確定 RNA 的起始量[1]。DV200RNA 分析用不同顏色標記 RIN < 4 的樣本，以輕松評估 DV200 范圍（圖 2）。
導入分析
DV200 RNA Nano 和 Pico 分析能夠與 2100 Expert 軟件版本 B.02.08 或更高版本兼容。它們可用于重新分析現有數據文件以及新數據采集。
如需使用 2100 Expert 軟件進行 DV200 RNA Nano 或 Pico 分析，請從安捷倫網站下載該軟件：www.genomics.agilent.com。將 DV200 RNA Nano.xsy 或 DV200 RNA Pico.xsy 文件存儲在 RNA 分析文件夾 (C:\Program Files (x86)\Agilent\2100 bioanalyzer\2100expert\assays\RNA) 中。
要將 DV200 應用于現有數據文件：
1. 用 2100 Expert 軟件打開文件
2. 導航至分析屬性選項卡
3. 單擊導入設定值并選擇對應的 .xsy文件（圖 3）
2. 導航至分析屬性選項卡
3. 單擊導入設定值并選擇對應的 .xsy文件（圖 3）
DV200 RNA Nano 分析僅可用于重新分析真核細胞總 RNA Nano 數據文件，并且 DV200 RNA Pico 分析僅可用于真核細胞總 RNA Pico 數據文件。
分析設定值和結果標記將應用于數據文件并且隨后可以進行保存。
要用 DV200 RNA Nano 和 DV200 RNA Pico 分析運行樣本：
1. 根據 RNA Nano 或 Pico 試劑盒指南制備樣本和 RNA 芯片
2. 當芯片準備好并放入 2100 生物分析儀中時，轉至儀器情境界面，單擊分析選擇，并選擇對應的 DV200 RNA 分析。將該分析存儲于 RNA 分析文件夾中后，就成為了通用分析選擇的組成部分（圖 4）
2. 當芯片準備好并放入 2100 生物分析儀中時，轉至儀器情境界面，單擊分析選擇，并選擇對應的 DV200 RNA 分析。將該分析存儲于 RNA 分析文件夾中后，就成為了通用分析選擇的組成部分（圖 4）
結論
DV200 RNA Nano 和 DV200 RNA Pico 分析是實用工具，能夠自動定義從 FFPE 組織中提取的降解 RNA 樣本的 DV200 區域。分析被導入后，即可用于運行 Agilent 2100 生物分析儀 RNA 芯片或重新分析現有數據文件。DV200 結果可保存、導出并顯示在報告中。
參考文獻
1. Evaluating RNA Quality from FFPE Samples. Illumina, Technical Note, publication number 470-2014 001. https://www.illumina.com/ documents/products/technotes/ technote-truseq-rna-access.pdf
僅限研究使用。
不可用于診斷目的。
本文中的信息、說明和指標如有變更，恕不另行通知。
© 安捷倫科技（中國）有限公司，2017 2017 年 8 月 1 日，中國出版
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來源：安捷倫科技（中國）有限公司(Genomics)
聯系電話：800 820 3278，400 820 3278，010-64397888
E-mail：inquire-china_lsca@agilent.com
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