全自動數字PCR高階多重檢測在乳腺癌ESR1單孔12重基因突變定量的應用
應用背景
乳腺癌是全球高發的癌癥之一，女性中，每6例癌癥死亡病例就有1例乳腺癌患者。大多數乳腺癌的特征是激素受體過表達（HR+乳腺癌），內分泌激素剝奪治療方案是該類患者的一線治療方案。內分泌治療的原發性和獲得性耐藥是疾病進展的拐點，導致復發和轉移。
內分泌治療的常見耐藥機制的特征是雌激素受體 α 的蛋白構象改變，通常是由于編碼該受體的雌激素受體 1（ESR1）基因突變所致。ESR1 突變會大大降低對內分泌治療的敏感，尤其是對芳香化酶抑制類藥物的反應。ESR1 突變是轉移性激素陽性乳腺癌中新興的臨床生物標志物。最近的臨床研究表明，在一線治療期間跟蹤液體活檢樣本中的 ESR1 突變非常重要，因為它可以讓臨床醫生能夠及時將患者的治療藥物從芳香化酶抑制劑轉變為 ESR1受體拮抗藥物。
應用亮點：
1、ESR1 12-plex高階多重dPCR檢測：
采用革命性的熒光組合-ESR1 12-plex數字PCR方法，NioTM+全自動數字PCR一體機系統和Ruby芯片聯合，實現單個樣本中12個靶標進行絕對定量檢測，可實現單孔12靶點檢測。詳細信息如下：
2、高靈敏度
參考CLSI EP17-A2進行LOB和LOD分析，該檢測方法中11種ESR1突變的LoB 單個和3孔合并檢測范圍分別為0至0.27cp/μL和0至0.18cp/μL，LoD范圍分別為0.99至1.38cp/μL和0.47至0.80cp/μL。
3、血漿和FFPE樣本中ESR1-12plex突變檢測方法驗證：
法國Eugène Marquis中心在Ruby芯片和NioTM+全自動數字PCR一體機系統平臺上，驗證了ESR1 12-plex在乳腺癌患者血漿和 FFPE樣本的檢測靈敏度和定量能力，與之前檢測結果高度相關，同時兼具特異性和準確性。
6個FFPE樣品中， 3個含有突變，均通過ESR1 12-plex成功檢出并定量。使用ESR1 12-plex測定獲得的MAF與Eugène Marquis中心之前檢測結果，具有良好的相關性，R2為0.9489（圖5）。在血漿和FFPE樣品上未檢測到假陽性事件。
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高階多重數字PCR檢測方法：
NioTM+全自動數字PCR一體機系統具有7個檢測通道，兼容染料組合標記的高階多重策略，在染料組合策略中，每個靶標都由2個或多個不同的熒光基團，同時可使用單色染料標記單個靶標，在2D分析空間多重靶標分簇，為7色通道多重級別擴展至少28重靶標提供可能。
▲ NIO™+全自動數字PCR一體機系統
