超聲法
機械法片段化以非偏倚的方式控制片段大小，無GC偏好性。但在打斷過程中，DNA溶液的物理散射常常導致DNA樣本的丟失。因此，當投入的DNA量為皮克級時，不建議使用機械法進行打斷。
對于dsDNA片段化，超聲打斷堪稱一代宗師。打斷的DNA片段更為集中且無偏好性，是目前NGS建庫中片段化的金標準。
深圳達遠辰光科技有限公司提供的聚焦超聲樣品處理系統，使用高頻聚焦超聲波將能量集中于DNA樣品，整個過程溫度可控，無樣本接觸，提供了快速、標準的DNA片段化結果。
酶法
酶切法打斷是利用片段化酶對基因組DNA進行隨機打斷，會有GC偏好性（富含GC堿基的核酸片段區域比較不容易打斷），在后續的測序分析會產生更多的錯誤信息。
缺點：
1 容易產生假陽性突變
根據研究表明，相對于機械打斷法，酶法構建的文庫中產生了更多的SNV（單核苷酸位點變異）/indels（插入缺失）。

圖1 本文研究對使用超聲和酶解片段化方法制備的相同腫瘤DNA樣品的體細胞變異進行了比較，分析結果顯示，與通過超聲處理產生的文庫相比，酶切法處理的文庫中反復出現的人為引入的SNV（單核苷酸位點變異）/indels（插入缺失）數量要多2-9倍。
2 不穩定的文庫產出
通過酶切時間靈活控制片段大小在 150-600 bp 之間，以適配不同的應用場景。然而，在實際使用中，對于測序讀長模式相對固定（PE150）的靶向捕獲應用而言卻是一種負擔。尤其是當樣本數量不固定時，精確控制“分鐘級別”酶切時間，獲得均一的文庫產出并不容易實現。特別是對于FFPE樣本，該類樣本常伴隨不同程度的降解，很難用統一的酶切條件處理。
3 GC偏好性
可能存在GC 含量輕度升高的情況（片段化酶更加容易酶切AT）
 

	機械法	酶切法
優勢	易于獲得大小合適的片段	無專用設備及耗材
	無偏好性	易于自動化
	無酶和化學離子干擾	樣本投入量要求更低
	二代測序結果金標準
劣勢	需專用設備	有一定的偏好性
	樣本量要求相對更高	樣本質量要求更高
	核酸量損耗	容易產生假陽性突變

在實際操作中，用戶會根據樣本的初始量、實驗的特異性需求以及實驗成本等因素來選擇片段化方法。
超聲法：全基因組測序、全外顯子測序、甲基化測序、ChIP-seq
酶切法：全基因組測序、全外顯子測序、宏基因組測序（mNGS）