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如何提高PCR的擴增特異性

瀏覽次數:2218 發布日期:2020-5-11  來源:本站 僅供參考,謝絕轉載,否則責任自負
      疫情當下,最熱頻的詞匯莫過于核酸檢測了。而核酸檢測最核心的技術也越來越被大眾所熟知,就是我們高中就學過的聚合酶鏈式反應,又稱為PCR。
 
       自從1983年,Kary Mullis才發明出這個用于擴增目標DNA的研究工具—PCR技術后,其逐漸成為分子生物學研究必不可少的一部分,被廣泛應用于基礎研究、疾病診斷、農業檢測和法醫調查等領域。而Kary Mullis也因這一發明獲得了1993年的諾貝爾化學獎。
 
       而熟悉PCR的同學們都知道,PCR之所以能夠在短時間內將單個DNA分子擴增數百萬倍以便于下游實驗檢測,主要依靠這三個步驟連續多次循環而實現:
 
      (1) DNA變性:首先對雙鏈DNA模板進行高溫加熱,使DNA雙鏈變性解離成單鏈;
 
      (2) 引物退火:被稱為引物的短DNA分子與目標DNA的側翼區域結合;
 
      (3) 延伸擴增:DNA聚合酶沿著模板鏈將引物3’端進行延伸。將這些步驟重復(“循環”)25-35次,即可按指數方式獲得精確的目標DNA拷貝。
 
 
       而PCR這項核心技術的核心是強大的DNA聚合酶,其在新DNA鏈合成中扮演著重要的角色,是PCR反應不可或缺的組成部分,是保證PCR擴增產物特異性、熱穩定性、保真度等方便的重要因素。
 
       而對目的基因進行PCR擴增的過程中,延伸錯配的非特異產物和引物二聚體的產生是PCR實驗中常遇到的問題,這些都與DNA聚合酶有關。因為這種非特異擴增會顯著降低目的基因擴增的產率和靈敏度,從而影響擴增結果的合理解釋和下游實驗應用的成功。
 
       那么,問題來了,如何減少非特異性擴增?
 
       方案之一:在冰上配制PCR反應,這是我們經常的操作。因為這樣有助于將DNA聚合酶的活性保持在低水平。
 
       但在PCR開始之前,依然可能會合成不需要的產物。
 
       另一個辦法是將DNA聚合酶的加入時間推遲到第一個循環的退火步驟。因為只有在90℃以上的初始變性步驟之后才能開始擴增,所以該技術被稱為“熱啟動”。所以后來為了避免非特異性擴增,科學家們開始進行手動熱啟動PCR反應,但是這個過程不僅費時費力,而且會增加樣品污染和降低實驗可重復性的風險。
 
       后來,人們發明了具有熱啟動特性的DNA聚合酶,既抗體修飾的DNA聚合酶。
 
       這種DNA聚合酶通過對酶活性位點抗體修飾,抑制其在室溫下的活性,在初始高溫變性步驟(如,>90℃)階段,結合的抗體失活,從而激活DNA聚合酶。
 
    
 
       由于DNA聚合酶在室溫下的活性被抑制,所以,熱啟動技術為在室溫下配制多個PCR反應體系提供了極大的便利,且不會影響特異性和擴增能力
 
       而BlazeTaq™ SYBR® Green qPCR mix 2.0系列PCR試劑盒既是基于抗體修飾法的qPCR定量檢測試劑盒。
 
       BlazeTaq™ SYBR® Green qPCR mix 2.0系列試劑盒采用了新型抗體修飾的BlazeTaq™熱啟動DNA聚合酶,室溫時酶的活性被抗體完全封閉,更有效地抑制非特異性擴增;反應時只需95°C預變性30 s即可使酶完全被激活,可明顯地縮短qPCR反應時間。此外,優化的Buffer體系顯著提高Real Time PCR反應的靈敏度和重復性,同時具有擴增效率高、特異性強、檢測范圍廣的特點,并能有效抑制引物二聚體的產生,使實驗結果更加可靠。
 
       本產品提供了一種通用的反應條件及實驗操作流程,且推出帶有、或不帶有ROX參比染料的兩個版本供用戶選擇,適用于大多數熒光定量 PCR 儀。
 
       產品優勢
 
       靈敏度高:可檢測低至5個拷貝數的DNA模板
       特異性強:抗體修飾熱啟動DNA聚合酶,更有效抑制引物二聚體以及非特異性擴增的產生
       擴增效率高:在寬廣的GC含量范圍內能維持高擴增效率
       操作簡單:預先配好的5×預混液,反應前只需加入模板、引物、滅菌水
       適用性廣:提供帶有或不帶有ROX的兩個版本可選,適用于大多數熒光定量PCR儀
 
   
     
        圖1. 使用BlazeTaq™ SYBR® Green qPCR mix 2.0擴增8個10倍梯度稀釋的雙鏈DNA片段,DNA拷貝數范圍為5×107~5個拷貝。如圖所示,試劑盒顯示出高靈敏度的特性,在寬廣的定量范圍內具有優異的線性相關性。

競品產品性能對比:
 

 
       圖2.使用Hela細胞系的梯度稀釋的cDNA擴增B2M基因。BlazeTaq™(紅色)與BioRad SsoAdvanced™ Universal SYBR® Green Supermix(藍色)的性能對比顯示在相似擴增性能下,前者具有更強的信號。
 

 
       圖3. BlazeTaq™(紅色)與Powerup™ SYBR Green Master Mix(綠色)和Promega(藍色)GoTaq® QPCR Master Mix(綠色)的性能對比顯示,其靈敏度、擴增效率和特異性更高。
 
 
       圖4. Ct值比較。 使用BlazeTaq™(藍色),Applied Biosystems的PowerUp™ SYBR Green Master Mix(橙色)和來自Promega的GoTaq® qPCR Master Mix(灰色)擴增來自10 ng HeLa cDNA的41個基因。
 
 
       圖5.使用BlazeTaq™ SYBR® Green qPCR mix 2.0分別擴增50個和5個拷貝數的同一個DNA模板,并設無模板對照(NTC組),每組qPCR反應重復24次。結果顯示,試劑盒對低濃度模板的擴增實驗重復性好。cDNA的41個基因。
 
BlazeTaq™ SYBR® Green qPCR mix 2.0擴增
 
圖6. 使用BlazeTaq™ SYBR® Green qPCR mix 2.0分別擴增不同GC含量(GC含量范圍在39.3~61.2%之間)的DNA模板。結果顯示,各模板的擴增效率仍能維持在90%~110%之間,表明試劑盒對GC含量在一定范圍內的DNA模板適用性廣。
 
產品名稱 描述 貨號 規格
BlazeTaq™ SYBR® Green qPCR mix2.0 新型real-time PCR專用試劑,包含已優化濃度的抗體修飾Hot-start DNA聚合酶、Buffer、dNTP、Mg2+和SYBR Green的混合試劑,以及ROX參比染料 QP031 20ul體系×200次qPCR反應
QP032 20ul體系×600次qPCR反應
QP033 20ul體系×1200次qPCR反應
BlazeTaq™ SYBR® Green qPCR mix2.0 (without ROX) 新型real-time PCR專用試劑,包含已優化濃度的抗體修飾Hot-start DNA聚合酶、Buffer、dNTP、Mg2+和SYBR Green的混合試劑 QP041 20ul體系×200次qPCR反應
QP042 20ul體系×600次qPCR反應
QP043 20ul體系×1200次qPCR反應
 
       艾美捷科技有限公司,通過提供完整的產品和服務體系、便利的客戶關系和供應鏈管理,為生命科學研究工作者提供整體打包方案。我們的企業的核心價值觀:“激情、敬業、學習、創新、合作、卓越”。激發我們內在的創造力,提供有競爭力的生物醫學產品和服務,持續為客戶創造最大價值是我們的企業使命。我們的企業愿景是成為受人尊重、世界一流的生物醫學產品及服務供應商。
 
       作為一家具有尖端的技術實力、一流的經營管理水平和完善的市場銷售體系的生物高科技企業,總部位于武漢光谷國家級高新技術開發區,服務面向全國。艾美捷科技是集進口試劑、實驗室耗材銷售、技術服務與合約開發為一體的專業化高科技公司,為用戶提供最前沿的專業資訊、完備的產品、整合的解決方案,及優質的物流服務。
 
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       企業使命:激發我們內在的創造力,提供有競爭力的生物醫學產品和服務,持續為客戶創造最大價值。
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        價值觀激情、敬業、學習、創新、合作、卓越。

來源:艾美捷科技有限公司
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