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Small RNA是一大類調控分子,幾乎存在于所有的生物體中。SmallRNA包括:miRNA,ncRNA,siRNA,snoRNA,piRNA,rasiRNA等。SmallRNA通過多種多樣的作用途徑,包括mRNA降解、翻譯抑制、異染色質形成以及DNA去除,來調控生物體的生長發育和疾病發生。SmallRNA高通量測序作為鑒定和定量解析small RNA的新方法和有力工具,實驗時首先將18-30 nt范圍的Small RNA從總RNA中分離出來,兩端分別加上特定接頭后體外反轉錄成cDNA,進一步處理后利用測序儀對DNA片段進行單向末端測序
一、技術路線和方法:
二、生物信息學分析
2.1 基本數據分析
Part01:測序質量評估
Part02:測序結果分類
Part03:microRNA表達量計算
Part04:microRNA差異表達分析
Part05:差異microRNA靶基因預測
Part06:靶基因GO分類
Part07:靶基因pathway分析
Part08:microRNA與靶基因調控網絡構建
2.2 高級數據分析
Part09:新microRNA預測
Part10:轉錄因子預測分析
Part11:microRNA SNP分析
Part12:micrRNA 進化分析
三、二代測序平臺
Illumina 平臺 | 測序平臺 | 模式 | 數據量 | 一個lane 樣品數 |
貨號 |
SmallRNA-seq | Hiseq2500 | 1×36 | 3-4M reads | 12 | BT2000211 |
SmallRNA-seq | Hiseq2500 | 2×50 | 3-4M reads | 12 | BT2000212 |