與植物和動物代謝組學相比，微生物在生長培養基中濃度較低，具有低濃度代謝物難于檢測，胞內和胞外代謝物不易分離等特點。微生物代謝組學主要進行胞內代謝物的分析，由于細胞內的酶系活躍、代謝物轉換迅速,因此取樣和樣品制備的方法會顯著影響分析結果的準確性和重復性。

滅活過程中如何保持細胞的完整性, 防止胞內代謝物的泄漏, 以正確反映微生物細胞的生理狀態, 是微生物代謝組學研究的關鍵。目前還沒有通用的微生物淬滅和代謝物提取的方法，根據不同的微生物特性選擇合適的淬滅方法在微生物代謝組學研究中非常重要。

淬火的方法一般有：

超濾性膜快速過濾后立即冰凍細胞；

用高氯酸稀釋細胞；

在-45℃甲醇溶液中稀釋細胞；

培養基置入液氮快速冷凍、解凍、離心收集細胞；

用帶有預冷的不銹鋼珠的注射器迅速取樣、過濾收集細胞。

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