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生物醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)綜合數(shù)據(jù)庫——RIM數(shù)據(jù)庫
RIM生物醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)提供了多種數(shù)據(jù)存儲方式(對象數(shù)據(jù)庫、關(guān)系數(shù)據(jù)庫和xml數(shù)據(jù)庫)。
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人類基因組計劃(Human Genome Project)的提前完成標(biāo)志著生命科學(xué)的研究進入了后基因組時代。高通量生物醫(yī)學(xué)技術(shù)的發(fā)展,推動生物學(xué)數(shù)據(jù)繼續(xù)呈爆炸性增長的趨勢,如何理解這些海 量的遺傳信息成為后基因組時代的重要任務(wù)。這種需求推動了生物信息和計算生物技術(shù)迅速發(fā)展,也使其越來越成為生命科學(xué)研究與生物醫(yī)藥研發(fā)不可或缺的基礎(chǔ)。 2006年國家863計劃啟動了重大疾病的分子分型和個體化診療”重大項目,這標(biāo)志著我國逐步實現(xiàn)重大疾病防治從疾病晚期推移至早期乃至疾病發(fā)生之前的轉(zhuǎn) 移。由于分子分型數(shù)據(jù)需要整合臨床醫(yī)療數(shù)據(jù)(包括圖像數(shù)據(jù))和高通量生物醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)(SNP/蛋白質(zhì)組/轉(zhuǎn)錄組等),因此需要一個標(biāo)準(zhǔn)化的臨床資源庫,建立 以患者為中心的生物數(shù)據(jù)匯集中心,從而發(fā)揮我國資源優(yōu)勢,開創(chuàng)我國分子醫(yī)學(xué)新時代。
 
RIM數(shù)據(jù)庫可以用于存儲臨床試驗中已經(jīng)開始使用基因組數(shù)據(jù)。在臨床基因組學(xué)術(shù)語方面,微陣列基因表達標(biāo)記語言(MAGE-ML)用于基因表達,而生物信 息串接卷標(biāo)語言(BSML)用于生物序列分析。RIM數(shù)據(jù)庫還可與控制性醫(yī)療詞匯(例如系統(tǒng)化醫(yī)療術(shù)語——SNOMED)兼容,用于臨床醫(yī)療數(shù)據(jù)的構(gòu)建。
 
RIM生物醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)提供了多種數(shù)據(jù)存儲方式(對象數(shù)據(jù)庫、關(guān)系數(shù)據(jù)庫和xml數(shù)據(jù)庫),各有優(yōu)劣,可根據(jù)用戶需求定制。RIM數(shù)據(jù)庫是以HL7組織提供的 標(biāo)準(zhǔn)編寫的API為基礎(chǔ),其數(shù)據(jù)的存儲方式和導(dǎo)出的數(shù)據(jù)均符合HL7標(biāo)準(zhǔn),在數(shù)據(jù)的匯總和數(shù)據(jù)發(fā)送均具有優(yōu)勢。RIM數(shù)據(jù)庫目前提供的標(biāo)準(zhǔn)套件是構(gòu)建于關(guān) 系數(shù)據(jù)庫——MySQL,在此基礎(chǔ)上可以完成數(shù)據(jù)的存儲/查詢等功能。
 
在RIM數(shù)據(jù)庫的基礎(chǔ)上我們提供應(yīng)用復(fù)雜生命系統(tǒng)多種觀測數(shù)據(jù)重構(gòu)與可視化技術(shù)和服務(wù)——數(shù)據(jù)挖掘、文本挖掘和知識發(fā)現(xiàn);生物信息和生物統(tǒng)計方法; 多因素基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)、表觀遺傳網(wǎng)絡(luò)、信號轉(zhuǎn)導(dǎo)通路和生化代謝途徑的預(yù)測、分析、重構(gòu)、建模;小分子和藥物調(diào)控通路和毒性預(yù)測研究,復(fù)雜疾病基因定位, 疾病分子分型, 診斷和預(yù)后分析。
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