生物信息科學數據共享平臺
生物信息科學數據共享平臺是上海研發公共服務平臺建設專項資助的項目。共享平臺集成生物醫學基礎數據,建設有效、安全、可持續發展的生物醫學數據匯交、管理和共享的服務平臺。
數據中心已經初步建立了數據服務相關的多種系統:1)在線/離線提交系統,接受用戶通過Web或者FTP工具提交的指定格式的生物學數據;2) 數據提取轉換加載系統,處理符合格式要求的數據,加載到關系型數據庫中;3)BioEngine生命科學數據查詢系統,接受Entrez查詢語法的查詢請 求,以靈活的方式展現查詢結果,并提供實時下載服務;4);數據采集系統,從外部數據資源定期采集所需的數據,并保存為本地文件;5)應用程序包裝系統, 包裝本地應用程序,提供web service訪問接口;6)用戶注冊和管理系統,滿足系統和用戶的權限管理需求。依托這些服務系統,數據中心能夠提供多種數據資源的相關服務,包括普通 核酸、EST、STS、GSS、Trace和SRA等核酸數據,物種數據,引物數據和蛋白質數據。此外,數據中心還采集了大量生物醫學研究領域的知名刊物 網站上發布的文獻補充材料,在HotData數據資源中提供了這些補充材料的查詢和下載服務。除了生命科學數據中心網站的基礎數據資源建設外,我們還建設 了以血吸蟲為代表的生命科學主題數據庫與特色數據庫。相關數據服務網站位于http://lifecenter.sgst.cn。
技術基礎
生物信息科學數據共享平臺是一個典型的JavaEE應用系統,n層體系結構。使用的主要框架和技術包括Struts、Spring和 Hibernate,此外,還通過包裝本地應用程序提供Web Service訪問接口的方式實現本地應用程序的Web調用。后臺數據庫包括Oracle 10g和mySQL等。
服務方式
數據中心在開發生物信息科學數據共享平過程中,積累了大量的生命科學數據庫開發經驗。目前能夠承擔的任務包括:
生命科學相關的數據庫設計:根據用戶的愿望,設計出合理的數據庫應用原型,提供設計說明書;
生命科學相關的數據庫開發與維護:根據設計說明書,開發穩定可靠的數據庫應用系統,并能夠根據數據的特點制定維護計劃,提供安裝說明書和維護說明書;
數據采集服務:能夠根據用戶的需求,從外部數據資源采集數據;
數據庫應用系統托管服務:按照用戶的要求和說明書,托管用戶的數據庫應用系統。
bio-equip.com
無錫眾信科技有限公司(Shorigen Technology Wuxi Co,.Ltd)是在無錫市引進領軍型海外留學歸國創業人才計劃(簡稱“530”計劃)中創建的。公司以上海生物信息技術研究中心為依托,以中心主持和參與的國家重大科技專項、973、863等項目的科研成果為技術支撐,著重于科研成果的轉化。
目前,公司正致力于醫療衛生信息化技術的研究、開發和服務,已研制出擁有自主知識產權的多套醫療信息化軟件系統,已在全國多個醫療、科研機構廣泛使用。
未來,公司將繼續秉承以信息技術為引領,著重科研成果轉化,全方位提供面向醫療、健康和生物醫藥產業的專業化服務,促進公眾健康產業的發展,實現“服務大眾健康、立足信息技術”。
資質與榮譽
2009年10月31日榮獲中國醫藥生物技術協會“生物醫學信息技術分會常務委員”聘書
2010年04月11日榮獲中國醫藥生物技術協會“組織生物樣本庫分會會員”聘書
2010年3月榮獲無錫市人民政府“2009年530計劃C類項目”
2010年12月30日“眾信樣本庫信息管理系統軟件”榮獲國家版權局“計算機軟件著作權”
2011年01月21日“眾信樣本庫信心管理系統軟件”通過江蘇省軟件產品檢測中心“軟件產品登記檢測”
2011年01月07日通過“ISO9001質量管理體系認證”
2011年05月18日通過江蘇省經濟和信息化委員會“軟件企業認定”
2011年05月18日“眾信樣本庫信息管理系統軟件”榮獲江蘇省經濟和信息化委員會“軟件產品登記證書”
2011年06月01日“肺結節圖像過濾軟件系統” 榮獲國家版權局“計算機軟件著作權”
2011年06月01日“肺癌智能輔助診斷軟件系統” 榮獲國家版權局“計算機軟件著作權”
2011年06月08日“肺癌影像學導航學習軟件系統” 榮獲國家版權局 “計算機軟件著作權”
2011年06月21日“眾信科研電子病例管理系統軟件” 榮獲國家版權局“計算機軟件著作權”
2011年06月23日“眾信科研電子病例管理系統軟件”通過江蘇省軟件產品檢測中心“軟件產品登記檢測”
2011年07月05日“眾信實驗室信息管理系統軟件” 榮獲國家版權局“計算機軟件著作權”
2011年07月06日榮獲無錫市科學技術局、無錫市財政局“2011年無錫市第六批科技發展計劃(創新基金-創新項目)項目(項目編號CBE011107)”