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生命科學領域的數據庫設計與開發

生命科學領域的數據庫設計與開發


The database design and development in the field of life science
生物信息科學數據共享平臺是上海研發公共服務平臺建設專項資助的項目。共享平臺集成生物醫學基礎數據,建設有效、安全、可持續發展的生物醫學數據匯交、管理和共享的服務平臺。
服務類別:芯片與生物信息學總訪問:569
最后更新:2015-4-2半年訪問:17
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生物信息科學數據共享平臺
 
生物信息科學數據共享平臺是上海研發公共服務平臺建設專項資助的項目。共享平臺集成生物醫學基礎數據,建設有效、安全、可持續發展的生物醫學數據匯交、管理和共享的服務平臺。
 
數據中心已經初步建立了數據服務相關的多種系統:1)在線/離線提交系統,接受用戶通過Web或者FTP工具提交的指定格式的生物學數據;2) 數據提取轉換加載系統,處理符合格式要求的數據,加載到關系型數據庫中;3)BioEngine生命科學數據查詢系統,接受Entrez查詢語法的查詢請 求,以靈活的方式展現查詢結果,并提供實時下載服務;4);數據采集系統,從外部數據資源定期采集所需的數據,并保存為本地文件;5)應用程序包裝系統, 包裝本地應用程序,提供web service訪問接口;6)用戶注冊和管理系統,滿足系統和用戶的權限管理需求。依托這些服務系統,數據中心能夠提供多種數據資源的相關服務,包括普通 核酸、EST、STS、GSS、Trace和SRA等核酸數據,物種數據,引物數據和蛋白質數據。此外,數據中心還采集了大量生物醫學研究領域的知名刊物 網站上發布的文獻補充材料,在HotData數據資源中提供了這些補充材料的查詢和下載服務。除了生命科學數據中心網站的基礎數據資源建設外,我們還建設 了以血吸蟲為代表的生命科學主題數據庫與特色數據庫。相關數據服務網站位于http://lifecenter.sgst.cn。
 
技術基礎
生物信息科學數據共享平臺是一個典型的JavaEE應用系統,n層體系結構。使用的主要框架和技術包括Struts、Spring和 Hibernate,此外,還通過包裝本地應用程序提供Web Service訪問接口的方式實現本地應用程序的Web調用。后臺數據庫包括Oracle 10g和mySQL等。
 
服務方式
數據中心在開發生物信息科學數據共享平過程中,積累了大量的生命科學數據庫開發經驗。目前能夠承擔的任務包括:
生命科學相關的數據庫設計:根據用戶的愿望,設計出合理的數據庫應用原型,提供設計說明書;
生命科學相關的數據庫開發與維護:根據設計說明書,開發穩定可靠的數據庫應用系統,并能夠根據數據的特點制定維護計劃,提供安裝說明書和維護說明書;
數據采集服務:能夠根據用戶的需求,從外部數據資源采集數據;
數據庫應用系統托管服務:按照用戶的要求和說明書,托管用戶的數據庫應用系統。
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