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生物研發(fā)服務(wù)

超級增強子lncRNA芯片服務(wù)

Super-enhancer lncRNA Microarray Service

康成生物是Arraystar中國區(qū)唯一代理商，獨家為您提供Arraystar公司超級增強子lncRNA芯片全程一站式技術(shù)服務(wù)。

服務(wù)類別：	芯片與生物信息學(xué)	總訪問：	856
最后更新：	2018-11-26	半年訪問：	33
參考報價：	請詢價400-886-5058；800-820-5058
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服務(wù)介紹
公司簡介

簡介

超級增強子lncRNA（SE-lncRNA）是一類由超級增強子區(qū)域轉(zhuǎn)錄而來的lncRNA。該lncRNA與超級增強子一起，調(diào)控特定細胞譜系發(fā)育和身份決定過程中的基因表達。SE-lncRNA與多種疾病有關(guān)，許多病理性表型都伴隨著SE-lncRNA表達水平的顯著變化[1-3]。SE-lncRNA表達水平檢測對于研究超級增強子活性、功能機制和疾病相關(guān)性都十分必需。Arraystar公司開發(fā)了市場上首款SE-lncRNA芯片，可同時對SE-lncRNA以及受其調(diào)控的編碼基因進行全面、系統(tǒng)的表達檢測。Arraystar SE-lncRNA芯片目前包含人和小鼠兩個版本。

康成生物是Arraystar中國區(qū)唯一代理商，獨家為您提供Arraystar公司超級增強子lncRNA芯片全程一站式技術(shù)服務(wù)。您只需要提供保存完好的組織或細胞標本，康成的芯片技術(shù)服務(wù)人員就可為您完成全部實驗操作，并提供完整的實驗報告。同時，根據(jù)您的研究需要，康成還提供各種深入數(shù)據(jù)挖掘服務(wù)。

服務(wù)	芯片	貨號	規(guī)格	描述
Human SE-lncRNA 芯片服務(wù)	Arraystar Human SE-lncRNA Microarray	AS-S-SE-H	8 * 15K	SE-lncRNAs (7753）+ mRNAs (7040)
Mouse SE-lncRNA芯片服務(wù)	Arraystar Mouse SE-lncRNA Microarray	AS-S-SE-M	8 * 15K	SE-lncRNAs (8222) + mRNAs (6385)

參考文獻

1. Bradner JE, Hnisz D, Young RA: Transcriptional Addiction in Cancer. Cell 2017, 168(4):629-643.[PMID: 28187285]

2. Alvarez-Dominguez JR, Knoll M, Gromatzky AA, Lodish HF: The Super-Enhancer-Derived alncRNA-EC7/Bloodlinc Potentiates Red Blood Cell Development in trans. Cell Rep 2017, 19(12):2503-2514.[PMID: 28636939]

3. Xiang JF et al: Human colorectal cancer-specific CCAT1-L lncRNA regulates long-range chromatin interactions at the MYC locus. Cell Res 2014, 24(5):513-531.[PMID: 24662484]

4. Vucicevic D et al: Long ncRNA expression associates with tissue-specific enhancers. Cell Cycle 2015, 14(2):253-260.[PMID: 25607649]

5. Hon CC et al: An atlas of human long non-coding RNAs with accurate 5' ends. Nature 2017, 543(7644):199-204.[PMID: 28241135]

6. Soibam B: Super-lncRNAs: identification of lncRNAs that target super-enhancers via RNA:DNA:DNA triplex formation. RNA 2017, 23(11):1729-1742.[PMID: 28839111]

芯片特點

強大而可靠的SE-lncRNA收集與鑒定方法

lncRNA信息來自Arraystar公司所專有的高質(zhì)量的轉(zhuǎn)錄組與lncRNA數(shù)據(jù)庫

- 收集整理了Refseq, UCSC knownGene, GENCODE, lncRNAdb, RNAdb, NRED和lncRNA Catalogs等權(quán)威數(shù)據(jù)庫中的lncRNA

- 收集了注釋完善、經(jīng)過實驗驗證和有Pubmed索引的“金標準”lncRNA

- 手動收集了權(quán)威期刊上新出現(xiàn)的lncRNA

超級增強子區(qū)域信息來自dbSUPER數(shù)據(jù)庫
Mapping到超級增強子區(qū)域的lncRNA被鑒定為SE-lncRNA

圖1. Arraystar SE-lncRNA芯片內(nèi)容收集流程圖。

一塊芯片同時檢測SE-lncRNA及其靶基因的表達水平，可直觀、精確的找到二者之間的調(diào)控關(guān)系

針對特定的外顯子或剪接區(qū)域設(shè)計探針，特異性的區(qū)分SE-lncRNA的不同isoform（圖2）；靈敏度高，可檢測到細胞中的單拷貝轉(zhuǎn)錄本

圖 2. 探針#2可特異性的檢測isoform CCAT1-L。

提供超級增強子、超級增強子lncRNA與其靶基因的詳盡注釋信息

圖 3. SE-lncRNA注釋信息示例。

高效的標記方法保證了SE-lncRNA定量檢測的高靈敏度和高精確性

超級增強子一般具有穩(wěn)定性差、半衰期短的特點。它們能以極低的拷貝數(shù)發(fā)揮順式作用，激活靶基因的表達。比如，SE-lncRNA HOTTIP可激活HOXA基因簇，其在細胞中的平均拷貝數(shù)少于1。

為了精確地檢測這些瞬時、低水平的SE-lncRNA，Arraystar科學(xué)家開發(fā)了一套高效的線性擴增方法，能夠為多聚腺苷化或非多聚腺苷化的轉(zhuǎn)錄本產(chǎn)生足量的熒光標記cRNA。在此過程中，將分別攜帶有T7聚合酶啟動子序列的oligo(dT)和隨機引物以最優(yōu)的比例混合，與RNA一起退火，合成cDNA第一鏈，隨后與5’接頭一起退火，合成雙鏈cDNA，然后進行PCR擴增。最后，由T7 RNA聚合酶進行體外轉(zhuǎn)錄，合成帶有Cy3或Cy5標記的cRNA（圖6）。

該標記方法極大的增加了低豐度或降解RNA分子的cRNA產(chǎn)物，比傳統(tǒng)方法提高了100多倍。

圖6. Arraystar公司 cRNA標記流程。(1) cDNA第一鏈合成與5’接頭退火。 以攜帶有T7聚合酶啟動子序列的oligo(dT)和隨機引物混合物為反轉(zhuǎn)引物，合成cDNA第一鏈，并與5’接頭退火，合成cDNA第二鏈。(2) PCR擴增。使用RT引物和5’接頭對雙鏈cDNA進行低循環(huán)數(shù)的PCR擴增。(3) 體外轉(zhuǎn)錄和標記反義RNA (aRNA)。以Cy3或Cy5標記的核苷酸為底物，雙鏈cDNA為模板，使用T7 RNA聚合酶進行體外轉(zhuǎn)錄，合成帶有熒光標記的反義RNA。線性擴增保留了原始轉(zhuǎn)錄本的相對水平和完整序列，且無3’偏好性。

數(shù)據(jù)庫

人SE-lncRNA芯片參數(shù)

探針總數(shù)	14873
探針長度	60 nt
探針挑選策略	挑選針對SE-lncRNA特異外顯子或剪接位點的探針
探針特異性	轉(zhuǎn)錄本特異性
標記方法	使用高效的線性擴增方法來產(chǎn)生熒光標記的cRNA，靈敏檢測低拷貝轉(zhuǎn)錄本
SE-lncRNAs & Super-lncRNAs檢測數(shù)目	7753
SE-lncRNAs靶基因檢測數(shù)目	7040
SE-lncRNAs來源	- 從Arraystar專有的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)庫挑選“金標準”lncRNA和可靠性高的lncRNA，然后與dbSUPER數(shù)據(jù)庫中的超級增強子區(qū)域進行匹配。與超級增強子區(qū)域重疊的lncRNA被鑒定為SE-lncRNA。 - 從文獻[4, 5]收集增強子lncRNA，若該增強子位于超級增強子區(qū)，則被認為是SE-lncRNA。
Super-lncRNAs 來源	Super-lncRNA是指與超級增強子區(qū)域形成RNA:DNA:DNA三螺旋的lncRNA，可招募調(diào)控因子至超級增強子區(qū)，從而影響染色體結(jié)構(gòu)，并作為空間放大器，促進超級增強子相關(guān)的組織特異性基因表達。主要收集于文獻[6]。
SE-lncRNA靶基因來源	與SE-lncRNA基因組位置重疊或在其轉(zhuǎn)錄起始位點50 Kb以內(nèi)的Refseq基因被收集為SE-lncRNA靶基因。這些基因還包含了來自TF checkpoint數(shù)據(jù)庫中的3153個轉(zhuǎn)錄因子基因與來自Bushman Lab數(shù)據(jù)庫中的1448個癌癥相關(guān)基因。
芯片規(guī)格	8 * 15K

圖4. Arraystar公司人SE-lncRNA芯片內(nèi)容。

小鼠SE-lncRNA芯片參數(shù)

探針總數(shù)	14637
探針長度	60 nt
探針挑選策略	挑選針對SE-lncRNA特異外顯子或剪接位點的探針
探針特異性	轉(zhuǎn)錄本特異性
標記方法	使用高效的線性擴增方法來產(chǎn)生熒光標記的cRNA，靈敏檢測低拷貝轉(zhuǎn)錄本
SE-lncRNAs檢測數(shù)目	8222
SE-lncRNAs靶基因檢測數(shù)目	6385
SE-lncRNAs來源	從Arraystar專有的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)庫挑選“金標準”lncRNA和可靠性高的lncRNA，然后與dbSUPER數(shù)據(jù)庫中的超級增強子區(qū)域進行匹配。與超級增強子區(qū)域重疊的lncRNA被鑒定為SE-lncRNA。
SE-lncRNA靶基因來源	與SE-lncRNA基因組位置重疊或在其轉(zhuǎn)錄起始位點50 Kb以內(nèi)的Refseq基因被收集為SE-lncRNA靶基因。這些基因還包含了來自TF checkpoint數(shù)據(jù)庫中的2883個轉(zhuǎn)錄因子基因與來自SBCDDB數(shù)據(jù)庫中的593個癌癥相關(guān)基因。
芯片規(guī)格	8 * 15K

圖5. Arraystar公司小鼠 SE-lncRNA 芯片內(nèi)容。

實驗流程

1.樣品總RNA抽提

若實驗對象為組織樣品，取適量（50-100mg）新鮮組織樣品或正確保存的組織樣品，加1ml的RNA抽提試劑Trizol（Invitrogen），勻漿后抽提RNA。
若實驗對象為細胞樣品，每份樣品取1×10⁶~1×10⁷細胞，完全吸去培養(yǎng)液后加1ml的RNA抽提試劑Trizol（Invitrogen），裂解后抽提RNA。
2. RNA質(zhì)量檢測
使用Nanodrop測定RNA在分光光度計260nm、280nm和230nm的吸收值，以計算濃度并評估純度。
使用甲醛變性瓊脂糖凝膠電泳檢測RNA純度及完整性
3. cDNA樣品合成和cRNA標記
4.標記效率質(zhì)量檢測
使用Nanodrop檢測熒光標記效率，以保證后續(xù)芯片實驗結(jié)果的可靠性。
5.芯片雜交
在標準條件下將標記好的探針和高密度芯片進行雜交。
6.圖像采集和數(shù)據(jù)分析
使用GenePix 4000B芯片掃描儀掃描芯片的熒光強度，并將實驗結(jié)果轉(zhuǎn)換成數(shù)字型數(shù)據(jù)保存，使用配套軟件對原始數(shù)據(jù)進行分析運算。
7.提供實驗報告
芯片掃描圖
實驗方法中英文報告
RNA質(zhì)檢報告
芯片數(shù)據(jù)結(jié)果報告，包括差異表達SE-LncRNA列表，差異表達基因列表

上海康成生物工程有限公司自2002年起專注于生物科研技術(shù)服務(wù)，是國內(nèi)最早一批專業(yè)提供生命科學(xué)前沿研究技術(shù)服務(wù)的高科技企業(yè)。為進一步拓展在醫(yī)學(xué)科研服務(wù)領(lǐng)域業(yè)務(wù)的深度和廣度，向多譜領(lǐng)域發(fā)展，重塑品牌 Aksomics（數(shù)譜生物）。Aksomics全面整合公司在非編碼RNA（lncRNA、circRNA、small RNA等）、表觀遺傳學(xué)、蛋白組學(xué)等檢測方向的核心技術(shù)，依靠自身優(yōu)秀的研發(fā)、技術(shù)、營銷和服務(wù)團隊，憑借國際領(lǐng)先的技術(shù)平臺和高標準的質(zhì)控體系，形成了涵蓋表觀基因組學(xué)、轉(zhuǎn)錄組學(xué)、蛋白質(zhì)組學(xué)及代謝組學(xué)等各個研究領(lǐng)域的一站式技術(shù)平臺。

【表觀基因組學(xué)】 DNA甲基化芯片、DNA羥甲基化芯片、染色質(zhì)免疫共沉淀芯片、DNA甲基化測序、DNA羥甲基化測序、染色質(zhì)免疫共沉淀測序、MeDIP-PCR、hMeDIP-PCR、ChIP-PCR等

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