Arraystar m6A-circRNA表觀轉(zhuǎn)錄組芯片，可定量檢測circRNA中m6A的表觀轉(zhuǎn)錄修飾水平。

芯片優(yōu)勢
與MeRIP-seq相比，Arraystar表觀轉(zhuǎn)錄組芯片有其獨(dú)特的優(yōu)勢：
• 可同時(shí)檢測何種轉(zhuǎn)錄本攜帶修飾，以及不同條件下的修飾差異，更重要的是，還可以檢測每一種轉(zhuǎn)錄本的修飾比例
• 全面覆蓋了編碼基因和非編碼基因，甚至用MeRIP-seq方法很難檢測的lncRNA也可用芯片檢測
• 不需要去除rRNA，比MeRIP-seq更簡單便捷
• 樣本需求量少，總RNA量低至1ug
• 適用于多種樣本，比如降解的FFPE樣本，血清/血漿/全血樣本

Arraystar circRNA表觀轉(zhuǎn)錄組芯片產(chǎn)品列表

芯片特點(diǎn)

芯片可定量每一種轉(zhuǎn)錄本的修飾百分比

      同一種RNA轉(zhuǎn)錄本的修飾亞群和非修飾亞群，由于其結(jié)構(gòu)和結(jié)合蛋白的不同，會(huì)導(dǎo)致不同的命運(yùn)（圖1）。重要的是，轉(zhuǎn)錄本的修飾比例與它們的功能高度相關(guān)。然而目前的修飾檢測方法，比如MeRIP-seq（m6A-seq），可以確定修飾的位置，卻無法對一個(gè)特定RNA轉(zhuǎn)錄本修飾和非修飾部分的相對含量進(jìn)行定量。Arraystar表觀轉(zhuǎn)錄組芯片能夠在同一個(gè)芯片中通過雙熒光通道的方法檢測每個(gè)轉(zhuǎn)錄本修飾亞群和非修飾亞群的百分比（圖 2），同時(shí)對何種轉(zhuǎn)錄本發(fā)生修飾和不同條件下轉(zhuǎn)錄本的修飾差異進(jìn)行鑒定。

圖 1．同一種RNA轉(zhuǎn)錄本，隨著其修飾的化學(xué)計(jì)量數(shù)發(fā)生變化，其功能也隨之改變。在某一種細(xì)胞條件下，攜帶修飾的“RNA 轉(zhuǎn)錄本a”所占百分比可能非常低（比如，細(xì)胞狀態(tài)1），但在另外一種條件下豐度變的很高（比如，細(xì)胞狀態(tài)2）。通過引起RNA結(jié)構(gòu)改變，或招募修飾閱讀蛋白， “轉(zhuǎn)錄本a”的命運(yùn)發(fā)生變化，比如從蛋白翻譯轉(zhuǎn)變?yōu)镽NA降解。

圖 2．Arraystar表觀轉(zhuǎn)錄組芯片可以在同一張芯片上使用Cy5檢測免疫共沉淀的修飾RNA，用Cy3檢測上清中的非修飾RNA，從而檢測每一個(gè)轉(zhuǎn)錄本中修飾和非修飾的百分比。選擇性剪切產(chǎn)生的轉(zhuǎn)錄本異構(gòu)體可以被轉(zhuǎn)錄本特異性探針?biāo)鶛z測。

覆蓋編碼基因和非編碼基因的表觀轉(zhuǎn)錄組
•Arraystat mRNA&lncRNA Epitranscriptomic Microarrays
適用于mRNA, lncRNA, pre-miRNA, pri-miRNA, snoRNA, 和 snRNA
•Arraystar circRNA Epitranscriptomic Microarray
適用于環(huán)狀RNA，芯片收集了高可信度的環(huán)狀RNA（在≥2個(gè)實(shí)驗(yàn)組和≥4個(gè)樣本中有表達(dá)）
•對MeRIP-seq很難檢測的RNAs（比如lncRNA和circRNA），也具有高靈敏度和準(zhǔn)確度

轉(zhuǎn)錄本特異性的RNA修飾檢測
      選擇性剪切產(chǎn)生的轉(zhuǎn)錄本異構(gòu)體具有組織特異性和不同的生物功能。例如，TRIM9短的異構(gòu)體（NM_052978），而非長的異構(gòu)體（NM_015163），能夠促進(jìn)DNA和RNA病毒引起的I型干擾素的表達(dá)。轉(zhuǎn)錄本異構(gòu)體的修飾百分比發(fā)生改變，常與生物功能和疾病相關(guān)。
      Arraystar表觀轉(zhuǎn)錄組芯片，使用外顯子和跨剪接位點(diǎn)特異性探針，確保了每個(gè)轉(zhuǎn)錄本異構(gòu)體修飾水平檢測的可信度與精確性，提供了更深層次的表觀轉(zhuǎn)錄組學(xué)信息（圖 3）。

圖 3. Arraystar表觀轉(zhuǎn)錄組芯片使用轉(zhuǎn)錄本特異性探針A和探針B，分別檢測TRIM9的長轉(zhuǎn)錄本（NM_015163）和短轉(zhuǎn)錄本（NM_052978）攜帶的RNA修飾。

樣本需求量少
      目前MeRIP-seq技術(shù)需要≥120ug的總RNA起始量，所需樣本量多，限制了MeRIP-seq的適用性。相比于MeRIP-seq，Arraystar表觀轉(zhuǎn)錄組芯片只需1ug 總RNA的起始量，所需RNA的量大大減少（表 1），為珍貴樣本和來源有限的樣本研究RNA修飾提供了機(jī)會(huì)。

數(shù)據(jù)庫
Human circRNA Epitranscriptomic microarray

>>參考文獻(xiàn)列表
 

Mouse circRNA Epitranscriptomic microarray 

>>參考文獻(xiàn)列表
 

Rat circRNA Epitranscriptomic microarray 

>>參考文獻(xiàn)列表

實(shí)驗(yàn)流程

      Arraystar表觀轉(zhuǎn)錄組芯片提供完整的服務(wù)，從樣本準(zhǔn)備，MeRIP，cRNA標(biāo)記，芯片實(shí)驗(yàn)到注釋和數(shù)據(jù)分析。嚴(yán)格的質(zhì)控步驟保證數(shù)據(jù)質(zhì)量和有效性。交給我們您的樣品，我們將做到最好。

圖 4. m6A-circRNA Epitranscriptomic 芯片實(shí)驗(yàn)流程.

• 客戶提供樣本（具體見樣本指南）
• RNA質(zhì)量檢測
• m6A-RIP
• RNase R 處理去除線性RNA（比如rRNA, lncRNA, mRNA等）
• cRNA合成和標(biāo)記（cy5標(biāo)記IP-RNA，cy5標(biāo)記上清RNA）
• 芯片雜交，洗脫和掃描
• 數(shù)據(jù)采集，數(shù)據(jù)注釋，數(shù)據(jù)分析和總結(jié)

結(jié)果展示

      Arraystar在芯片表達(dá)檢測、數(shù)據(jù)分析和結(jié)果注釋方面有著專業(yè)而深入的知識(shí)與經(jīng)驗(yàn)。為客戶提供豐富而詳細(xì)的表觀轉(zhuǎn)錄組生物信息學(xué)數(shù)據(jù)分析結(jié)果。
差異m6A甲基化circRNA： 

差異m6A甲基化mRNA聚類分析：