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生物研發(fā)服務(wù)

m6A-mRNA&lncRNA表觀轉(zhuǎn)錄組芯片

m6A-mRNA&lncRNA Epitranscriptomic Microarray

Arraystar m6A-mRNA&lncRNA表觀轉(zhuǎn)錄組芯片，可定量檢測mRNA&lncRNA中m6A的表觀轉(zhuǎn)錄修飾水平。

服務(wù)類別：	芯片與生物信息學(xué)	總訪問：	1289
最后更新：	2018-11-26	半年訪問：	34
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服務(wù)商：上海康成生物工程有限公司

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服務(wù)介紹
公司簡介

Arraystar m6A-mRNA&lncRNA表觀轉(zhuǎn)錄組芯片，可定量檢測mRNA&lncRNA中m6A的表觀轉(zhuǎn)錄修飾水平。

芯片優(yōu)勢
與MeRIP-seq相比，Arraystar表觀轉(zhuǎn)錄組芯片有其獨(dú)特的優(yōu)勢：
• 可同時(shí)檢測何種轉(zhuǎn)錄本攜帶修飾，以及不同條件下的修飾差異，更重要的是，還可以檢測每一種轉(zhuǎn)錄本的修飾比例
• 全面覆蓋了編碼基因和非編碼基因，甚至用MeRIP-seq方法很難檢測的lncRNA也可用芯片檢測
• 不需要去除rRNA，比MeRIP-seq更簡單便捷
• 樣本需求量少，總RNA量低至1ug
• 適用于多種樣本，比如降解的FFPE樣本，血清/血漿/全血樣本

Arraystar mRNA&lncRNA表觀轉(zhuǎn)錄組芯片產(chǎn)品列表

服務(wù)	芯片	表觀修飾	規(guī)格	描述
Human mRNA&lncRNA 表觀轉(zhuǎn)錄組芯片技術(shù)服務(wù)	Human mRNA&lncRNA 表觀轉(zhuǎn)錄組芯片	m6A	8×60K	44,122 mRNAs; 12,496 lncRNAs; 3,813 Mid-size ncRNAs
Mouse mRNA&lncRNA 表觀轉(zhuǎn)錄組芯片技術(shù)服務(wù)	Mouse mRNA&lncRNA 表觀轉(zhuǎn)錄組芯片	m6A	8×60K	48,161 mRNAs; 8,393 lncRNAs; 4,087 Mid-size ncRNAs
Rat mRNA&lncRNA 表觀轉(zhuǎn)錄組芯片技術(shù)服務(wù)	Rat mRNA&lncRNA 表觀轉(zhuǎn)錄組芯片	m6A	4*44k	27,770 mRNAs; 10,582 lncRNAs; 2,505 Mid-size ncRNA

芯片特點(diǎn)

芯片可定量每一種轉(zhuǎn)錄本的修飾百分比
同一種RNA轉(zhuǎn)錄本的修飾亞群和非修飾亞群，由于其結(jié)構(gòu)和結(jié)合蛋白的不同，會(huì)導(dǎo)致不同的命運(yùn)（圖1）。重要的是，轉(zhuǎn)錄本的修飾比例與它們的功能高度相關(guān)。然而目前的修飾檢測方法，比如MeRIP-seq（m6A-seq），可以確定修飾的位置，卻無法對一個(gè)特定RNA轉(zhuǎn)錄本修飾和非修飾部分的相對含量進(jìn)行定量。Arraystar表觀轉(zhuǎn)錄組芯片能夠在同一個(gè)芯片中通過雙熒光通道的方法檢測每個(gè)轉(zhuǎn)錄本修飾亞群和非修飾亞群的百分比（圖 2），同時(shí)對何種轉(zhuǎn)錄本發(fā)生修飾和不同條件下轉(zhuǎn)錄本的修飾差異進(jìn)行鑒定。

圖 1．同一種RNA轉(zhuǎn)錄本，隨著其修飾的化學(xué)計(jì)量數(shù)發(fā)生變化，其功能也隨之改變。在某一種細(xì)胞條件下，攜帶修飾的“RNA 轉(zhuǎn)錄本a”所占百分比可能非常低（比如，細(xì)胞狀態(tài)1），但在另外一種條件下豐度變的很高（比如，細(xì)胞狀態(tài)2）。通過引起RNA結(jié)構(gòu)改變，或招募修飾閱讀蛋白， “轉(zhuǎn)錄本a”的命運(yùn)發(fā)生變化，比如從蛋白翻譯轉(zhuǎn)變?yōu)镽NA降解。

圖 2．Arraystar表觀轉(zhuǎn)錄組芯片可以在同一張芯片上使用Cy5檢測免疫共沉淀的修飾RNA，用Cy3檢測上清中的非修飾RNA，從而檢測每一個(gè)轉(zhuǎn)錄本中修飾和非修飾的百分比。選擇性剪切產(chǎn)生的轉(zhuǎn)錄本異構(gòu)體可以被轉(zhuǎn)錄本特異性探針?biāo)鶛z測。

覆蓋編碼基因和非編碼基因的表觀轉(zhuǎn)錄組
•Arraystat mRNA&lncRNA Epitranscriptomic Microarrays
適用于mRNA, lncRNA, pre-miRNA, pri-miRNA, snoRNA, 和 snRNA
•Arraystar circRNA Epitranscriptomic Microarray
適用于環(huán)狀RNA，芯片收集了高可信度的環(huán)狀RNA（在≥2個(gè)實(shí)驗(yàn)組和≥4個(gè)樣本中有表達(dá)）
•對MeRIP-seq很難檢測的RNAs（比如lncRNA和circRNA），也具有高靈敏度和準(zhǔn)確度
轉(zhuǎn)錄本特異性的RNA修飾檢測
選擇性剪切產(chǎn)生的轉(zhuǎn)錄本異構(gòu)體具有組織特異性和不同的生物功能。例如，TRIM9短的異構(gòu)體（NM_052978），而非長的異構(gòu)體（NM_015163），能夠促進(jìn)DNA和RNA病毒引起的I型干擾素的表達(dá)。轉(zhuǎn)錄本異構(gòu)體的修飾百分比發(fā)生改變，常與生物功能和疾病相關(guān)。

Arraystar表觀轉(zhuǎn)錄組芯片，使用外顯子和跨剪接位點(diǎn)特異性探針，確保了每個(gè)轉(zhuǎn)錄本異構(gòu)體修飾水平檢測的可信度與精確性，提供了更深層次的表觀轉(zhuǎn)錄組學(xué)信息（圖 3）。

圖 3. Arraystar表觀轉(zhuǎn)錄組芯片使用轉(zhuǎn)錄本特異性探針A和探針B，分別檢測TRIM9的長轉(zhuǎn)錄本（NM_015163）和短轉(zhuǎn)錄本（NM_052978）攜帶的RNA修飾。

樣本需求量少
目前MeRIP-seq技術(shù)需要≥120g的總RNA起始量，所需樣本量多，限制了MeRIP-seq的適用性。相比于MeRIP-seq，Arraystar表觀轉(zhuǎn)錄組芯片只需1ug 總RNA的起始量，所需RNA的量大大減少（表 1），為珍貴樣本和來源有限的樣本研究RNA修飾提供了機(jī)會(huì)。

	表觀轉(zhuǎn)錄組芯片	MeRIP Seq
RNA起始量	≥1ug total RNA	≥120ug total RNA
分離mRNA或去除rRNA	不需要	需要
RNA是否完整	不需要	需要

數(shù)據(jù)庫

Human mRNA&lncRNA Epitranscriptomic microarray

探針總數(shù)	60,613
探針長度	60 nt
探針位點(diǎn)	mRNA & lncRNA: 特異性外顯子和選擇性剪切位點(diǎn) Mid-size ncRNAs: ncRNA的獨(dú)特序列區(qū)域
探針特異性	轉(zhuǎn)錄本特異性
標(biāo)記方法	全長標(biāo)記cRNAs，無3’偏好性，豐度很低的降解RNA也可標(biāo)記
蛋白編碼mRNAs	44,122
LncRNAs	12,496
Mid-size ncRNAs	1,366 (pre-miRNAs), 1,642 (pri-miRNAs), 19 (snRNAs), 786 (snoRNAs)
mRNA 數(shù)據(jù)庫	Refseq, UCSC, GENECODE, FANTOM5 CAT [2-6]
lncRNA 數(shù)據(jù)庫	Arraystar LncRNA 收集方式: 收錄所有已更新至2018年的數(shù)據(jù)庫和已發(fā)表文獻(xiàn)中的lncRNAs，每一個(gè)lncRNA基因優(yōu)先挑選“Canonical” 或 “longest” 轉(zhuǎn)錄本外部數(shù)據(jù)庫 (更新至2018): Refseq, UCSC, GENCODE, FANTOM5 CAT, LncRNAdb, RNAdb, NRED [2-8] 參考文獻(xiàn): 收錄至2018年所有文獻(xiàn)中的lncRNA [9-45]
Mid-size ncRNA 數(shù)據(jù)庫	GENECODE, miRBase [1-2]
芯片規(guī)格	8 × 60 K

>>參考文獻(xiàn)列表

Mouse mRNA&lncRNA Epitranscriptomic microarray

探針總數(shù)	60,773
探針長度	60 nt
探針位點(diǎn)	mRNA & lncRNA: 特異性外顯子和選擇性剪切位點(diǎn) Mid-size ncRNAs: ncRNA的獨(dú)特序列區(qū)域
探針特異性	轉(zhuǎn)錄本特異性
標(biāo)記方法	全長標(biāo)記cRNAs，無3’偏好性，豐度很低的降解RNA也可標(biāo)記
蛋白編碼mRNAs	48,161
LncRNAs	8,393
Mid-size ncRNAs	701 (pre-miRNAs), 957 (pri-miRNAs), 1229 (snRNAs), 1,200 (snoRNAs)
mRNA 數(shù)據(jù)庫	Refseq, UCSC, GENECODE [2-3]
LncRNA 數(shù)據(jù)庫	Arraystar LncRNA 收集方式: 收錄所有已更新至2018年的數(shù)據(jù)庫和已發(fā)表文獻(xiàn)中的lncRNAs，每一個(gè)lncRNA基因優(yōu)先挑選“Canonical” 或 “longest” 轉(zhuǎn)錄本外部數(shù)據(jù)庫 (更新至2018): Refseq, UCSC, GENCODE, GenBank, lncRNAdb, NRED [2-7] 參考文獻(xiàn)s: lincRNA分類[8-11], T-UCRs [12], 進(jìn)化保守 LncRNAs [13], 收錄至2018年所有文獻(xiàn)中l(wèi)ncRNA [14-22]
Mid-size ncRNA 數(shù)據(jù)庫	GENECODE, miRBase [1-2]
芯片規(guī)格	8 × 60 K

>>參考文獻(xiàn)列表

Rat mRNA&lncRNA Epitranscriptomic microarray

探針總數(shù)	40,991
探針長度	60nt
探針位點(diǎn)	mRNA & lncRNA: 特異性外顯子和選擇性剪切位點(diǎn) Mid-size ncRNAs: ncRNA的獨(dú)特序列區(qū)域
探針特異性	轉(zhuǎn)錄本特異性
標(biāo)記方法	全長標(biāo)記cRNAs，無3’偏好性，豐度很低的降解RNA也可標(biāo)記
蛋白編碼mRNAs	27,770
LncRNAs	10,582
Mid-size ncRNAs	432 (pre-miRNAs), 449 (pri-miRNAs), 155 (snRNAs), 1,469 (snoRNAs)
mRNA 數(shù)據(jù)庫	Refseq, Ensembl 92[1, 5]
LncRNA 數(shù)據(jù)庫	Arraystar LncRNA 收集方式: 收錄所有已更新至2018年的數(shù)據(jù)庫和已發(fā)表文獻(xiàn)中的lncRNAs，每一個(gè)lncRNA基因優(yōu)先挑選“Canonical” 或 “longest” 轉(zhuǎn)錄本正在更新的數(shù)據(jù)庫： Ensembl 92 [1] , Refseq [5] 參考文獻(xiàn): T-UCRs [6-9]
Mid-size ncRNA來源數(shù)據(jù)庫	GENECODE, miRBase, GtRNADb [2-3]
芯片規(guī)格	4 × 44K

>>參考文獻(xiàn)列表

實(shí)驗(yàn)流程

Arraystar表觀轉(zhuǎn)錄組芯片提供完整的服務(wù)，從樣本準(zhǔn)備，MeRIP，cRNA標(biāo)記，芯片實(shí)驗(yàn)到注釋和數(shù)據(jù)分析。嚴(yán)格的質(zhì)控步驟保證數(shù)據(jù)質(zhì)量和有效性。交給我們您的樣品，我們將做到最好。
m6A-mRNA&lncRNA Epitranscriptomic Microarray實(shí)驗(yàn)流程：

圖 4. m6A-mRNA&lncRNA Epitranscriptomic 芯片實(shí)驗(yàn)流程

• 客戶提供樣本（具體見樣本指南）
• RNA質(zhì)量檢測
• m6A-RIP
• cRNA合成和雙色熒光標(biāo)記（cy5標(biāo)記IP-RNA，cy3標(biāo)記上清RNA）
• 芯片雜交，洗脫和掃描
• 數(shù)據(jù)采集，數(shù)據(jù)注釋，數(shù)據(jù)分析和總結(jié)

結(jié)果展示

Arraystar在芯片表達(dá)檢測，數(shù)據(jù)分析和結(jié)果注釋方面有著專業(yè)而深入的知識與經(jīng)驗(yàn)。為客戶提供豐富而詳細(xì)的表觀轉(zhuǎn)錄組生物信息學(xué)數(shù)據(jù)分析結(jié)果。
差異m6A甲基化轉(zhuǎn)錄本（mRNA，lncRNA和mid-size ncRNA）：

差異m6A甲基化mRNA聚類分析：

差異m6A甲基化mRNA GO富集分析：

差異m6A甲基化mRNA pathway分析：

上海康成生物工程有限公司自2002年起專注于生物科研技術(shù)服務(wù)，是國內(nèi)最早一批專業(yè)提供生命科學(xué)前沿研究技術(shù)服務(wù)的高科技企業(yè)。為進(jìn)一步拓展在醫(yī)學(xué)科研服務(wù)領(lǐng)域業(yè)務(wù)的深度和廣度，向多譜領(lǐng)域發(fā)展，重塑品牌 Aksomics（數(shù)譜生物）。Aksomics全面整合公司在非編碼RNA（lncRNA、circRNA、small RNA等）、表觀遺傳學(xué)、蛋白組學(xué)等檢測方向的核心技術(shù)，依靠自身優(yōu)秀的研發(fā)、技術(shù)、營銷和服務(wù)團(tuán)隊(duì)，憑借國際領(lǐng)先的技術(shù)平臺(tái)和高標(biāo)準(zhǔn)的質(zhì)控體系，形成了涵蓋表觀基因組學(xué)、轉(zhuǎn)錄組學(xué)、蛋白質(zhì)組學(xué)及代謝組學(xué)等各個(gè)研究領(lǐng)域的一站式技術(shù)平臺(tái)。

【表觀基因組學(xué)】 DNA甲基化芯片、DNA羥甲基化芯片、染色質(zhì)免疫共沉淀芯片、DNA甲基化測序、DNA羥甲基化測序、染色質(zhì)免疫共沉淀測序、MeDIP-PCR、hMeDIP-PCR、ChIP-PCR等

【轉(zhuǎn)錄組學(xué)】LncRNA芯片、LncPath™芯片、環(huán)狀RNA芯片、T-UCR芯片、microRNA芯片、piRNA芯片、全基因組表達(dá)譜芯片、RNA測序、RNA m6A甲基化測序、small RNAs測序系列（microRNA測序、tRF&tiRNA測序、snoRNA測序、piRNA測序等）、LC-MS tRNA修飾檢測、 nrStar™ ncRNA PCR芯片（tRF&tiRNA，tRNA，snoRNA，F(xiàn)unctional LncRNA）、miRStar™癌癥特異性microRNA PCR芯片、NuRNATM mRNA PCR芯片、功能分類PCR芯片、LncRNA實(shí)時(shí)定量PCR、環(huán)狀RNA實(shí)時(shí)定量PCR、tRF&tiRNA實(shí)時(shí)定量PCR、microRNA實(shí)時(shí)定量PCR、mRNA實(shí)時(shí)定量PCR

【蛋白組學(xué)平臺(tái)】TMT標(biāo)記定量蛋白組學(xué)服務(wù)、Lable-free定量蛋白組學(xué)服務(wù)、磷酸化修飾蛋白組學(xué)服務(wù)、泛素化修飾蛋白組學(xué)服務(wù)、N-糖基化修飾蛋白組學(xué)服務(wù)、乙酰化修飾蛋白組學(xué)服務(wù)、蛋白-蛋白相互作用組學(xué)

【代謝組學(xué)】靶向代謝組學(xué)、非靶向代謝組學(xué)

【外泌體組學(xué)】外泌體轉(zhuǎn)錄組學(xué)、外泌體蛋白質(zhì)組學(xué)、外泌體代謝組學(xué)
康成生物為Agilent、Arraystar、Exiqon、Illumina、Qiagen、Thermo Fisher等國際知名品牌提供技術(shù)服務(wù)。康成客戶采用各類技術(shù)服務(wù)發(fā)表的SCI論文已超560篇。康成生物將持續(xù)聚焦生命科學(xué)發(fā)展的挑戰(zhàn)，提供有競爭力的產(chǎn)品和服務(wù)，持續(xù)為客戶創(chuàng)造最大價(jià)值。

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