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ChIP-seq技術通常用于轉錄因子結合位點以及組蛋白特異性修飾位點的研究。其將染色質免疫共沉淀技術（ChIP）與高通量測序技術相結合，是研究體內蛋白質與DNA相互作用的經典實驗方法。
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ChIP-seq技術的應用：
- 應用于轉錄因子結合位點的研究：ChIP-seq技術廣泛應用于與轉錄因子相關的生物學作用與相關機制的研究。分析轉錄因子在不同細胞、不同狀態下所發揮的作用；
- 應用于組蛋白修飾的研究：ChIP-seq技術亦常應用于研究組蛋白的修飾分布，通過觀察組蛋白修飾的分布情況，進一步明確組蛋白修飾所發揮的生物學作用；
- 應用于核小體定位研究：運用ChIP-seq技術研究核小體的分布規律，進而分析得知核小體對基因表達所產生的影響。
- 全基因組覆蓋：ChIP-seq相較于傳統的ChIP芯片，能夠實現全基因組范圍的、單堿基水平的蛋白結合位點篩選與鑒定；
- 高靈敏度：每個樣本可獲得數百萬條的序列標簽，可發現研究基因組上稀有的蛋白結合位點；
- 高精確率：可獲得高水平的信噪比數據，準確區分真實事件與噪音，精確定位蛋白結合位點。
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