空間轉錄組測序助力臨床空間分子組學研究
單細胞檢測技術的發展為理解組織中細胞的組成與功能提供了手段。但是，現有的方法雖能檢測到細胞類型，卻無法真實還原在組織中的空間位置。最新的空間轉錄組學技術將傳統組織學技術的優勢與高通量RNA測序技術融合，為檢測組織中的細胞空間分布與基因表達提供強有力的檢測手段。
10X Genomics Visium空間轉錄組測序解決方案可檢測完整組織切片（新鮮冷凍組織或FFPE組織）中的總mRNA，并繪制基因表達的區域圖譜。目前，國內科學家采用該技術已發表了預印本文章，小編將這些文章整理并解讀，在這里分享出來。
Comprehensive Analysis of Spatial Architecture in Primary Liver Cancer.
中文題目：原發性肝癌的空間結構綜合分析
10X Genomics Visium空間轉錄組測序解決方案可檢測完整組織切片（新鮮冷凍組織或FFPE組織）中的總mRNA，并繪制基因表達的區域圖譜。目前，國內科學家采用該技術已發表了預印本文章，小編將這些文章整理并解讀，在這里分享出來。
Comprehensive Analysis of Spatial Architecture in Primary Liver Cancer.
中文題目：原發性肝癌的空間結構綜合分析
發表時間：2021.5
期刊名稱：BioRxiv
實驗平臺：10X Genomics Visium
樣本類型和數量：7例患者[5例肝細胞癌（HCC）；1例肝細胞癌+膽管癌（cHC）；1例肝內膽管癌（ICC）]的21個組織切片（4例HCC和1例cHC：1個非腫瘤區域+1個腫瘤前沿區域+1個腫瘤區域，其中1例HCC額外多做了1個門靜脈癌栓區域；第5例HCC：直徑約1 cm的完整腫瘤結節分成四個切片檢測分析；1例ICC：1個腫瘤前沿區域）
DOI：10.1101/2021.05.24.445446
期刊名稱：BioRxiv
實驗平臺：10X Genomics Visium
樣本類型和數量：7例患者[5例肝細胞癌（HCC）；1例肝細胞癌+膽管癌（cHC）；1例肝內膽管癌（ICC）]的21個組織切片（4例HCC和1例cHC：1個非腫瘤區域+1個腫瘤前沿區域+1個腫瘤區域，其中1例HCC額外多做了1個門靜脈癌栓區域；第5例HCC：直徑約1 cm的完整腫瘤結節分成四個切片檢測分析；1例ICC：1個腫瘤前沿區域）
DOI：10.1101/2021.05.24.445446
主要結果：
研究者首先構建了原發性肝癌的高分辨率空間轉錄組，該轉錄組包含來自7名患者的21個組織中的84823個點的基因表達信息。從非腫瘤到前沿到腫瘤區域的空間腫瘤微環境(TME)特征比較揭示腫瘤包膜潛在地影響腫瘤內空間簇的連續性、轉錄組多樣性和免疫細胞浸潤。在局部，研究者發現在100微米寬的簇-簇邊界的雙向配體-受體相互作用有助于維持瘤內結構。本研究為原發性肝癌的不同腫瘤生態系統提供了新的見解，可能有助于癌癥干預的研究。
Fig.1 實驗設計
Fig.2 原發性肝癌的不同基因表達模式
Spatial transcriptome sequencing revealed spatial trajectory in the Non-Small Cell Lung Carcinoma.
中文題目：空間轉錄組測序揭示非小細胞肺癌的空間軌跡
發表時間：2021.4
期刊名稱：BioRxiv
實驗平臺：10X Genomics Visium
樣本類型和數量：12例患者（4例肺腺癌LUAD+8例肺鱗狀細胞癌LUSC）共12張切片組織
DOI：10.1101/2021.04.26.441394
主要結果：
該研究使用空間轉錄組（ST）技術研究了多灶性肺癌組織范圍內基因表達的異質性。研究者在鄰近腫瘤區域的間質中發現了基因表達梯度，能夠重新理解腫瘤的微環境。此外，本研究使用ST技術檢測腫瘤亞克隆，對亞克隆間的EMT能力進行比較來推測腫瘤轉移和侵襲的可能軌跡，并通過構建亞克隆內空間轉移的偽時間模型進行確認。這些結果揭示了肺癌的空間異質性，以及潛在的腫瘤微環境差異和空間演化軌跡，為進一步研究腫瘤微環境奠定基礎。
Fig.1 實驗設計
Fig.2 沿空間軌跡的基因表達模式
這兩篇文章利用10X Genomics Visium空間轉錄組技術對非小細胞肺癌和原發性肝癌的這兩種腫瘤進行了研究，從新的維度讓我們對這兩種疾病有了全新的認識。雖然還沒正式發表，相信這兩篇研究在不久的將來一定會被優秀的雜志接收。空間轉錄組測序，作為解決臨床科研問題的又一利器，無論是腫瘤、神經科學、發育生物學研究，相信可以給您的研究帶來新的突破。您，準備好搭乘這趟高速列車了么？
Copyright(C) 1998-2025 生物器材網 電話：021-64166852;13621656896 E-mail：info@bio-equip.com