將微生物接到適于它生長繁殖的人工培養基上或活的生物體內的過程叫做接種。接種的方法有很多，按培養基種類可分為利用固體培養基和利用液體培養基，以及居中的半固體培養基。 固體培養分離，有涂布平板法，倒平板法，平板劃線法等。常用的接種方法有以下幾種：

1、三點接種
在研究霉菌形態時常用此法。此法即把少量的微生物接種在平板表面上，成等邊三角形的三點，讓它各自獨立形成菌落后，來觀察、研究它們的形態。除三點外，也有一點或多點進行接種的。

2、劃線接種
這是最常用的接種方法。即在固體培養基表面作來回直線形的移動，就可達到接種的作用。常用的接種工具有接種環，接種針等。在斜面接種和平板劃線中就常用此法。


3、液體接種
從固體培養基中將菌洗下，倒入液體培養基中，或者從液體培養物中，用移液管將菌液接至液體培養基中，或從液體培養物中將菌液移至固體培養基中，都可稱為液體接種。
 
4、涂布接種 
與澆混接種略有不同，就是先倒好平板，讓其凝固，然后再將菌液倒入平板上面，迅速用涂布棒在表面作來回左右的涂布，讓菌液均勻分布，就可長出單個的微生物的菌落。 

5、穿刺接種 
在保藏厭氧菌種或研究微生物的動力時常采用此法。做穿刺接種時，用的接種工具是接種針。用的培養基一般是半固體培養基。它的做法是：用接種針蘸取少量的菌種，沿半固體培養基中心向管底作直線穿刺，如某細菌具有鞭毛而能運動，則在穿刺線周圍能夠生長。
穿刺接種的兩種方法：垂直法和水平法
 
6、澆混接種
該法是將待接的微生物先放入培養皿中，然后再倒入冷卻至45℃左右的固體培養基，迅速輕輕搖勻，這樣菌液就達到稀釋的目的。待平板凝固之后，置合適溫度下培養，就可長出單個的微生物菌落。
 
7、注射接種
該法是用注射的方法將待接的微生物轉接至活的生物體內，如人或其它動物中，常見的疫苗預防接種，就是用注射接種，接入人體，來預防某些疾病。
 
8、活體接種
活體接種是專門用于培養病毒或其它病原微生物的一種方法，因為病毒必須接種于活的生物體內才能生長繁殖。所用的活體可以是整個動物；也可以是某個離體活組織，例如猴腎等；也可以是發育的雞胚。接種的方式是注射，也可以是拌料喂養。
 
注：所有接種必須無菌操作
培養基經高壓滅菌后，用經過滅菌的工具(如接種針和吸管等)在無菌條件下接種含菌材料(如樣品、菌苔或菌懸液等)于培養基上，這個過程叫做無菌接種操作。在實驗室檢驗中的各種接種必須是無菌操作。
(1)接種滅菌 (2)開啟棉塞 (3)管口滅菌 (4)挑起菌苔 (5)接種 (6)塞好棉塞。