基質指的是樣品中除分析物以外的組分，由于基質常常對分析物的分析過程有顯著的干擾，并影響分析結果的準確性，這些影響和干擾被稱為基質效應(matrix effect)。最常用的去除基質效應的方法是，通過已知分析物濃度的標準樣品，同時盡可能保持樣品中基質不變，建立一個校正曲線(calibration curve)。基質效應的影響是ELISA試劑盒開發和使用中需要避開的雷。
1、 如何避免ELISA實驗中基質效應
 在ELISA實驗中，偶爾會遇到樣品濃度挨近試劑盒的靈敏度就容易發生樣本OD450值低于空白值的現象，特別是在血清和血漿樣本中。這就有可能是基質效應導致的結果。
  
2、 如何判斷是否是基質效應呢？
    當單個樣本或少量樣本值低于空白值時，可能是實驗操作出現問題，這時應增加重復，進步操作技術。當許多樣本都低于空白值時，應思考基質效應的影響，建立校正曲線予以修改。基質效應的原因錯綜復雜，有可能是樣品中存在的基質導致原抗體的聯絡結合能力下降，便產生了樣本值低于空白值的現象。導致樣本值無法計算出數值，或許數值為負。
    雖然原因復雜，但有方法可以用來評估基質效應。
    第一種方法是采用線性稀釋，一般來講，抗原和捕獲抗體、檢測抗體之間的結合作用很強，樣品濃度被稀釋并不影響它們的結合，而造成基質效應的非特異結合的力要弱很多，如果不斷稀釋樣品，非特異結合造成的干擾會逐步減少，測量值也更接近真實值。沒有基質效應時，無論如何稀釋，測量值都和真實值吻合。而有基質效應時，稀釋會造成非特異性結合比例的減少，測量值也相應地產生很大改變。
    第二種方法是摻入回收率實驗，將低、中和高濃度的分析物摻入到已測定過濃度的樣本中，摻入前后實測到的濃度增加部分與摻入濃度之比就是回收率，回收率以百分比的形式呈現。回收率介于80-120%，才符合標準。

3、  那我們如何避免ELISA實驗中基質效應？
    基質效應可以通過產品研發階段的優化盡可能去消除的。針對ELISA產品研發進行了多種優化。ELISA試劑盒在開發進程中，標準品不選用人或動物血清、血漿作為標準曲線的稀釋液，只能選用其仿照物。我們量身定制的緩沖液系統，這些優化后的緩沖液體系能很好消除基質效應。還有當檢測某個分析物時，其他相關因子或類似結構因子如果有非特異性結合，也會導致基質效應，我們也因此做了大量的交叉反應，確保沒有明顯的交叉反應和干擾。而且我們試劑盒必須通過嚴格的基質效應測試，全部包括線性稀釋和摻入回收率實驗，并把測試結果記錄在說明書中。