通過%Occupied&%Pass Filter散點圖優(yōu)化NovaSeq6000和iSeq100上樣濃度
NovaSeq™6000和iSeq™ 100測序平臺使用的是有一定數(shù)量納米孔的patterned flowcell，文庫在孔中進行簇生成。正是由于這一特點，當比較同一測序平臺的測序結果時，不同批次測序之間的原始簇密度是相同的。為了優(yōu)化NovaSeq™ 6000和iSeq™100測序平臺的上樣濃度，可以通過Sequencing Analysis View™ (SAV)軟件繪制% Occupied和% Pass Filter的散點圖來確定測序時上樣濃度屬于過低、最佳，還是過高。
若要查看“% Occupied”數(shù)據，NovaSeq™6000需要SAV版本在v2.4.5以上，iSeq™ 100則需要SAV 版本在v2.4.7以上。SAV安裝程序可以從 Sequencing Analysis Viewer Support 頁面下載：https://support.illumina.com/sequencing/sequencing_software/sequencing_analysis_viewer_sav.html
關于如何創(chuàng)建% Occupied和% Pass Filter散點圖的視頻教程可以在這里找到 ↓↓↓↓
注:% Occupied這一指標不適用于Illumina其他測序平臺的數(shù)據。
繪制% Occupied和% Pass Filter的散點圖
01 將運行數(shù)據加載到SAV中，并選擇Imaging選項卡：
02 從工具欄中選擇散點圖繪圖工具，彈出一個繪圖窗口
03 在窗口右側的Data選項卡中，“X Values”選擇“% Occupied”，“Y Values”選擇“% Pass Filter”。散點圖將自動生成。
評估散點圖
上樣濃度過低：
從圖的左下到右上，點落在一條斜率為正的直線上，% Occupied和% Pass Filter的變化幅度較大。
最佳上樣濃度:
在散點圖中，點聚集為一堆具有正斜率的點，% Occupied和% Pass Filter的變化幅度較小。
上樣濃度過高:
點有一些輕微的負斜率、接近垂直，并且% Occupied高達90以上， % Pass Filter的變化幅度較大。
如果散點圖顯示上樣濃度過低或者過高，則需要分別提高或降低上樣濃度，以達到最佳上樣濃度。如果散點圖顯示的是最佳上樣濃度，那么在未來測序時類似大小的同一類型的文庫可繼續(xù)使用此上樣濃度。
掃描二維碼查看參考技術文檔：Cluster Optimization Overview Guide
