近年來由于核酸修飾和遞送載體的突破，帶來了變革性療法的創新浪潮，其中被認為是繼小分子藥物、抗體藥物之后第三代創新藥物核酸藥物迎來了爆發式增長，其優勢在于廣泛的可成藥靶點、特異性強、安全性高、效果持久、開發成功率高和制造成本低等。寡核苷酸藥物，即小核酸藥物，是由十幾個到幾十個核苷酸串聯組成的短鏈核酸，目前小核酸藥物主要包括 RNAi 藥物和 ASO 藥物，作用于pre-mRNA或mRNA，通過干預靶標基因表達實現疾病治療目的。

目前小核酸藥物大多通過亞磷酰胺三酯合成法進行合成�；瘜W合成按照3'-5'的方向進行。

常用的固相載體為可控微孔玻璃珠（CPG）或者聚苯乙烯微珠（PS beads），固相載體通過linker與初始核苷酸核糖的3'-OH共價結合，而核糖的2'-OH用諸如叔丁基二甲基硅基(TBDMS)的保護試劑進行保護，或是核糖的2端有甲氧基、F代、甲氧乙基等修飾，5'-OH則用雙甲氧基三苯甲基（DMT）保護。此外，由于腺嘌呤、鳥嘌呤和胞嘧啶存在伯氨基團，也需要用�；�試劑（例如苯甲�；�）進行保護。

使用溶解在二氯甲烷/甲苯中的二氯乙酸（DCA）或三氯乙酸（TCA）移除核糖5端的DMT基團，暴露5'-OH，以供下一步偶聯。脫保護時間取決于流速和柱子尺寸，反應時間不夠/脫保護劑酸性太弱會產生n-1雜質（與完整長度為n的寡核苷酸相比僅相差一個核苷酸）；反應時間太長/脫保護劑酸性太強則導致序列中脫嘌呤的產生。反應完成后，用乙腈洗滌去除殘留的脫保護劑，此步驟中乙腈含水量一般小于20ppm，乙腈需要使用較高流速去沖洗合成柱，脫保護試劑沖洗不干凈導致n+雜質的產生。

合成目標的原料，亞磷酰胺保護核苷酸單體，與活化劑四氮唑混合，得到核苷亞磷酸活化中間體，它的3端被活化，5端羥基仍然被DMT保護，與溶液中游離的5端羥基發生偶聯反應。為了保證較高的總產率，每個循環中都需要有較高的偶聯效率。n-1雜質是偶聯中最常見的雜質，它們是偶聯效率低于100%的結果。與FLP相比，更高分子量的雜質（例如n+1）也存在于偶聯步驟中，n+雜質的形成歸因于活化劑四氮唑的弱酸性能移除一部分亞磷酰胺溶液中的DMT基團。

偶聯反應后新加上的核苷酸通過亞磷酯鍵（三價磷）與固相載體上的寡核苷酸鏈相連。亞磷酯鍵不穩定，易被酸、堿水解，在下一個循環的脫保護酸性環境中不穩定，因此需要被氧化成穩定的五價的磷。磷酸二酯鍵中的2-氰乙基保護基團可以使其在后續合成中更穩定。常用碘溶液將亞磷酰轉化為磷酸三酯，得到穩定的寡核苷酸。此外通過將一個硫原子轉移到P（三價）上也可以將其轉化為P（五價），從而形成硫代磷酸酯鍵。氧化劑與固相載體的接觸時間通常為1-4分鐘。

由于不可能達到100%的偶聯效率，仍存在脫保護后沒有反應的5'-OH活性基團（一般少于2%），如果不加處理，那這些基團在下一個循環中仍能發生偶聯，產生n-1雜質。通常使用兩種試劑（通常使用醋酸酐和N-甲基咪唑的混合液作為加帽試劑）來�；�5'-OH。

經過以上四個步驟，一個核苷酸堿基被連接到固相載體的核苷酸上，再以酸脫去它的5'-羥基上的保護基團DMT，重復以上步驟，直到所有要求合成的堿基被接上去。

核酸合成系統就是將上述一系列化學合成過程進行自動化，精準化可控制的設備。儀器主要由柱塞系統泵、試劑閥、單體閥、試劑循環閥、紫外檢測器、電導率、惰性氣體控制盒、壓力監測器、合成柱及軟件控制系統等多個部分組成。

大規模寡核苷酸合成系統采用流穿合成技術，泵精度高，規模廣泛，滯留體積低，適用于不同規模和類型的寡核苷酸。其以靈活簡便的方式創建和轉移方法，為工藝開發和優化提供支持，同時系統先進的數據處理能力和分析工具可高效監測和控制合成。

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