呼吸道感染是兒童發病率和死亡率最高的原因之一^[1]。病原體包括肺炎鏈球菌、結核分枝桿菌、百日咳博德特氏菌、大腸桿菌、肺炎支原體、肺炎克雷伯菌、呼吸道合胞病毒（RSV）、人偏肺病毒（hMPV）、人腺病毒（HAdV）和新型冠狀病毒 (SARS-CoV-2)^[2-6]。由于兒童免疫系統不發達，呼吸道感染的并發癥，包括支氣管炎、肺炎和鼻竇炎，會增加成年后慢性呼吸道疾病的發病率，導致永久性肺部病變^[7]。此外，兒童使用抗感染藥物的頻率比任何其他藥物都要高^[8]。過去幾十年來抗感染藥物過度使用導致耐藥菌株數量增加，嚴重影響公眾健康^[9]。因此，準確識別呼吸道感染病原體及耐藥并進行針對性治療至關重要。

近日，國內研究者評估了靶向測序技術 (targeted next generation sequencing, tNGS) （Respiratory Pathogen ID/AMR Panel, RPIP）在兒童呼吸道病原體及耐藥基因(ARG)檢測中的表現^[10]。

該研究使用傳統培養和抗菌藥物敏感性檢測 (AST) 作為金標準，在 47 份兒童支氣管肺泡灌洗液 (BALF) 樣本中進行檢測。

在病原菌檢測方面，RPIP在檢測包括肺炎支原體在內的難以培養的病原體方面表現出優勢(圖1)。與培養結果相比，RPIP的敏感性和特異性分別為84.4%（置信區間70.5-93.5%）和97.7%（置信區間95.9-98.8%）。此外，RPIP結果顯示，47份BALF標本中，有10份檢測出單一感染，34份檢測出多重感染，其中細菌/病毒雙重感染數量最多。
 

圖1. 培養和RPIP檢測出的病原體種類及頻次
 

此外，該研究還分析了含有肺炎鏈球菌的標本的耐藥基因。47 份標本中，有 25 份檢測到了肺炎鏈球菌。通過 RPIP 在 25 名患者中的 19 名中鑒定出總共 58 種與四環素、大環內酯-林可酰胺-鏈陽霉素、β-內酰胺、磺胺和氨基糖苷類相關的 ARG。以AST結果為標準，紅霉素、四環素、青霉素和磺胺類藥物的符合率分別為89.5%、79.0%、36.8%和42.1%。

這些結果證明了RPIP在病原菌檢測，特別是對多種和難以培養的病原菌檢測以及預測紅霉素和四環素耐藥性方面的優越性，對于病原菌感染的準確診斷和指導臨床治療具有重要意義。

參考文獻：
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9. EMBO Rep 2020;21:e51034.
10. J Med Microbiol 2023;72:001771