為幫忙大家更快了解最新科研進展，掌握科研熱點，擴展科研思路，伯豪生物特此推出最新高分文獻速遞系列推文。本期是2025年2月最新發表的空間轉錄組相關高分文獻集萃，2月不僅有常規空間轉錄組，還有Xenium高分文章哦！

高分文獻一 01
標題：Signal Transduct Target Ther - 時空轉錄組學揭示了暴發性病毒性心肌炎的發病機制

文章標題：Spatiotemporal transcriptomics elucidates the pathogenesis of fulminant viral myocarditis
期刊：Signal Transduct Target Ther
影響因子：40.8
文章摘要：暴發性心肌炎（FM）是一種嚴重的心肌炎癥狀況，經常導致猝死，特別是在年輕人中。在本研究中，我們采用單核和空間轉錄組學對柯薩奇病毒B3（CVB3）誘導的A/J小鼠FM進行了綜合分析，跨越了治療前和治療后7個不同的時間點。我們的研究結果表明，間皮細胞作為CVB3感染的主要靶點，在心肌炎的早期階段發揮著關鍵作用。這觸發巨噬細胞的激活，引發一級炎癥。隨后，促炎炎癥_mac和T細胞浸潤心肌，導致組織損傷。我們還鑒定了Cd8+效應T細胞是心肌細胞損傷的關鍵介質。這些細胞釋放細胞毒性分子，特別是IFN-γ，它可以調節Spi1的表達，Spi1是一種與加劇心肌細胞死亡和放大疾病進展有關的因子。針對IFN-γ/ Spi1軸的治療干預在FM模型中顯示出顯著的療效。值得注意的是，靜脈注射免疫球蛋白（IVIG）治療降低了死亡率，抑制了病毒增殖，并減輕了FM的過度炎癥狀態。IVIG治療還下調了IFN-γ和Spi1的表達，強調了其免疫調節和治療潛力。這種全面的時空轉錄組學分析為FM的發病機制提供了深刻的見解，并強調了可操作的治療靶點，為這種危及生命的疾病的更有效的管理策略鋪平了道路。

高分文獻二：Xenium技術頂刊 02
標題：Nature-組織駐留記憶CD8 T細胞在腸道中的位置決定了它們的作用

文章標題：Tissue-resident memory CD8 T cell diversity is spatiotemporally imprinted
期刊：Nature
影響因子：50.5
文章摘要：組織駐留記憶CD8 T（TRM）細胞在屏障部位提供免受感染的保護。在小腸中，TRM細胞至少存在于兩個不同的亞群中：一個具有更高的載體分子表達，另一個具有更大的記憶潛能。然而，這種多樣性的起源尚不清楚。在這里，我們提出了不同的組織生態位驅動了TRM細胞的表型異質性。為了驗證這一點，我們利用了人類樣本的空間轉錄組學、急性系統性病毒感染的小鼠模型和一種新建立的合并光學編碼基因擾動策略，以單轉錄分辨率分析病原體特異性TRM細胞分化的位置、相互作用和轉錄組。我們開發了計算方法來捕獲沿小腸三個解剖軸的細胞位置，并可視化細胞類型和基因表達的時空分布。我們的研究表明，腸道結構的區域化信號通路支持兩種不同的TRM細胞狀態：分化的TRM細胞和祖細胞樣TRM細胞，分別位于上絨毛和下絨毛。這種多樣性是由不同的配體-受體活性、細胞因子梯度和特殊的細胞接觸介導的。通過抗原特異性CD8 T細胞阻斷TGFβ或CXCL9和CXCL10的感知，揭示了一個與解剖學描述的早期命運特化相一致的模型。最終，我們的組織免疫網絡研究框架揭示了T細胞的位置和功能狀態從根本上是相互交織的。
 

高分文獻三 03
標題：Nature-人類下丘腦全面的空間細胞圖譜

文章標題：A comprehensive spatio-cellular map of the human hypothalamus
期刊：Nature
影響因子：50.5
文章摘要：下丘腦是大腦中一個在協調基本生物學功能中起著關鍵作用的區域。然而，直到最近，我們對其潛在的細胞成分和神經回路的理解才主要來自于嚙齒類動物的研究。在這里，我們將433,369個人類下丘腦細胞的單核測序與空間轉錄組學相結合，生成了一個全面的下丘腦空間細胞轉錄圖，即“低胚層”。盡管基于轉錄組特征，人類和小鼠之間的神經元細胞類型的保守性通常很高，但也有明顯的例外。特別是，這兩個物種之間的前阿片黑素皮質激素神經元的身份和g蛋白偶聯受體的表達水平存在顯著差異，這些差異對目前批準的肥胖治療有直接影響。在452種下丘腦細胞類型中，我們發現有291個神經元簇在身體質量指數（BMI）全基因組關聯研究基因的表達方面顯著富集。這種富集是由426個“載體”基因驅動的。其中6種罕見的有害變異（MC4R、PCSK1、POMC、CALCR、BSN和CORO1A）在人群水平上與BMI相關，而CORO1A以前沒有與BMI相關。因此，亞代謝酶提供了空間背景下人類下丘腦的詳細圖譜，并作為一個重要的資源來確定新的藥物靶點來治療各種疾病，包括生殖、晝夜節律和代謝障礙。
 

高分文獻四 04
標題：Nature - 揭秘膠質瘤髓系細胞功能

文章標題：Programs, origins and immunomodulatory functions of myeloid cells in glioma
期刊：Nature
影響因子：50.5
文章摘要：神經膠質瘤是一種不可治愈的惡性腫瘤，以其具有免疫抑制微環境和豐富的髓系細胞而聞名，其免疫調節表型仍然不佳。在這里，我們通過整合單細胞RNA測序、染色質可及性、空間轉錄組學和膠質瘤類器官外植體系統，系統地研究了這些表型。我們發現了四種免疫調節表達程序：小膠質細胞炎癥和清道夫免疫抑制程序，這都是原發性腦腫瘤所特有的，以及系統炎癥和補體免疫抑制程序，這也在非腦腫瘤中表達。這些程序并不取決于髓系細胞類型、發育起源或腫瘤突變狀態，而是由微環境線索驅動的，包括腫瘤缺氧、白細胞介素-1β、TGFβ和標準護理地塞米松治療。它們的相對表達可以預測免疫治療反應和總生存率。通過將各自的程序與介導的基因組元件、轉錄因子和信號通路聯系起來，我們發現了操縱髓系細胞表型的策略。我們的研究為理解神經膠質瘤中髓系細胞的免疫調節提供了一個框架，并為開發更有效的免疫療法奠定了基礎。