從 2013 年 1 月份開始到現在,近 2 年的時間里,CRISPR/Cas9 技術的應用領域被來自全球優秀的科學家們不斷的擴大。其中包括基因敲除,定點突變,定點整合,基因沉默,基因定位和 CHIP 等多個領域,而且這個技術的應用領域還在不斷的被擴大。
吉銳生物基于多年的基因重組經驗(系統的研究過 ZFN / IOS / TALEN / CRISPR 重組技術),以及采用 CRISPR/Cas9 技術構建超過 50 多個株系的經驗,重點談一談構建敲除細胞株系時,如何利用好 CRISPR/Cas9 技術。相比于其它重組技術,使用 CRISPR/Cas9 技術做基因敲除是效率最高,成本最低的技術。其中的關鍵因素無異于下面幾點:
1) 明確需要敲除的基因序列
首先需要明確內含子和外顯子序列;可以登錄 NCBI 或者 UCSC 的網站可以方便的查到;
2) 合適的靶位點選擇
一般建議設計 2-3 條,然后轉染到細胞中,用 Cruiser™ 和測序的方法驗證哪個靶位點的活性最好;也可以登錄 CRISPR/Cas9 敲除載體庫:(查看載體庫詳細頁) 看看是否有自己要研究的基因,這個載體庫中的靶位點都是在細胞體內經過活性驗證,保證敲除活性的;
3) 敲除載體選擇
根據需要可以選擇空載體,帶抗性的載體(Puro/Neo),帶熒光標記的載體(EGFP/RFP),雙敲除載體等。其中空載體較小(8K),可以提高轉染的效率;抗性便于后面進行抗性篩選,熒光標記的載體便于進行流式分選;
4) 單細胞生長
不同的細胞單個細胞的生長情況不一樣。有的細胞長的快,有的細胞長的慢,有的單個細胞幾乎就不長。這個就需要采取不同的方案了,這里推薦一個單細胞培養的小耗材:Cell Plaza™。設計精巧,采用的是共培養的原理,如果碰到不好長的單個細胞,可以試一試。同時,這個對于植物細胞做敲除時的小愈傷的生長很有幫助。從事植物基因敲除方向的研究人員,也可以試一試;
5) 陽性克隆篩選
關于這個部分可以參考吉銳生物自主研發的產品——Cruiser™ 基因敲除檢測試劑盒。它能簡便高效的檢測基因敲除效率和基因多態性,尤其適用于 ZFN、TALEN 和 CRISPR/Cas9 實驗中混合樣本的突變效率的檢測以及陽性克隆的篩選。可謂陽性克隆篩選的不二選擇(查看Cruiser™詳細介紹)除了敲除外,CRISPR/Cas9還可以應用在定點突變,定點整合,基因沉默,基因定位等各個方向,每個方向都有不同的細節需要把握。這里就不一一闡述,如果需要了解更多其它信息,可以隨時和我們聯系。也可關注吉銳生物官方微信(微信號:Genloci),參與互動。