云序生物環狀RNA研究文章匯總
環狀RNA“一站式”服務一直以來是云序生物的主打產品，嚴格的質控把關、嚴謹的實驗設計、出色的生信分析以及貼心的售后服務造就了多項世界首篇環狀RNA研究文章，受到了廣大客戶的一致好評。迄今為止，云序已經積累了超過10000例環狀RNA測序的經驗，樣本覆蓋20多個物種以及50多種疾病，客戶發表文章達20篇以上，“云序制造”越來越多的出現在科研論文當中。
一、云序生物醫口環狀RNA文章
1.世界首篇紅斑狼瘡性腎炎環狀RNA研究（影響因子：6.4）
環狀RNA作為一種新發現的非編碼RNA，在多種組織及疾病中發揮重要的生物學功能，然而關于其在紅斑狼瘡性腎炎中的研究鮮有報道。紅斑狼瘡性腎炎作為一種免疫缺陷性疾病，嚴重影響了患者的身體健康和生活質量。云序攜手中國醫科大學周華主任團隊在Cell子刊“Molecular Therapy Nucleic Acids”上發表重要研究成果，首次通過全轉錄組測序構建了該疾病的環狀RNA表達譜，并從313條差異表達結果中挑選感興趣的環狀RNA--CircHLA-C。前期，作者發現miR-150在該疾病中發揮著重要的調控作用，通過生信預測結果顯示該環狀能夠通過競爭性吸附miR-150。
中國醫學科學院放射醫學研究所劉強團隊利用云序生物提供的全轉錄組測序服務成功揭示了circRNAs在小鼠空腸輻射后表達的變化，為研究circRNAs在輻射致腸損傷中的作用提供了靶分子。高質量的測序技術對每一個環狀的表達都做到精準檢測，生信分析可視化從宏觀角度（染色體分布、成環位置）給出了所有對于放射處理后在小鼠空腸組織當中環狀RNA分子的表達情況。篩選差異表達的環狀RNA進行環狀RNA定量PCR驗證，GO分析揭示包括結合、催化、細胞因子和細胞分泌等GO條目均發生富集。KEGG分析預測結果顯示差異環狀RNA的靶基因與MAPK信號通路相關，理論與預測完全相符。海綿機制預測ceRNA網絡圖，按照海綿機制的反式調控方式，該網絡中包括42個上調和48個下調的環狀RNA分子，以及預測相互結合的22個靶基因mRNA。
本研究作者真正集合了外泌體和環狀RNA兩大科研熱點，利用云序生物提供的全轉錄組測序服務揭示大腦創傷外泌體中環狀RNA的變化及其潛在的生物學功能。研究人員首先分離小鼠腦組織提取腦周質外泌體，通過外泌體全轉錄組測序檢測TBI腦周組織外泌體中環狀RNA的表達變化。結果發現231個差異表達的環狀RNA，其中155個上調，76個下調。接下來通過生信分析如GO及KEGG分析對外泌體差異表達的環狀RNA進行了功能預測。GO分析表明這些RNA分子主要參與神經損傷修復、神經系統發育和神經信號傳導等功能條目，這些分子同時主要富集在Cgmp-PKG信號通路。CircRNA-miRNA互作網絡圖揭示了作用的靶miRNA及可能的功能。本研究首次揭示了大腦創傷外泌體中環狀RNA變化，為后續分子機理詳細研究提供諸多靶分子，也為大腦創傷的干預治療提供潛在的靶點。
圖3：GO Pathway分析顯示環狀來源基因富集到Cgmp-PKG通路和神經投射等功能
4.世界首篇胰腺癌吉西他濱耐藥機制中環狀RNA研究（影響因子：3.8）
吉西他濱是一種晚期胰腺癌重要治療藥物，在疾病治療過程中起重要作用。本篇文章作者首先獲得吉西他濱的耐藥細胞株，通過全轉錄組測序手段對比耐藥細胞株和正常細胞株中環狀RNA的表達譜。作者選取差異表達前10的環狀RNA進行環狀RNA定量PCR驗證測序結果，準確性高達100%，說明測序結果真實可靠。
4.世界首篇人膠質瘤環狀RNA研究（影響因子：3.0）
膠質瘤作為最常見的顱內惡性腫瘤占顱腦腫瘤的40%~50%，電磁輻射等其他環境致癌因素會導致膠質瘤的發生，盡管手術切除、術后放療、藥物化療等方法可以作為主流的膠質瘤治療手段，但是多形性膠質母細胞瘤（GBM）的強侵襲、增殖能力仍給病人的治療造成很大的困難。上海第二軍醫大學附屬長征醫院研究者通過環狀RNA測序，從環狀RNA角度對膠質瘤的發生發展進行了研究， 共發現206個上調環狀和1205個下調環狀，其中擴大樣本量qPCR驗證（13例正常、68例疾病）后將目標鎖定在circBRAF。該環狀轉錄自BRAF基因，雖然在正常人樣本當中BRAF基因編碼的環狀cricBRAF分子mRNA分子水平無明顯差異，但是在疾病樣本當中circBRAF有明顯上調，KM曲線結合臨床資料表明該環狀的高表達能一定程度上預示著疾病的惡性程度和預后情況。
4.世界首篇舌癌環狀RNA研究（影響因子：2.9）
人乳頭瘤病毒（human papillomavirus）感染以及酗酒、吸煙等因素都有可能導致舌鱗狀細胞癌（tongue squamous cell carcinoma, TSCC）的發生，惡性舌癌的增長會嚴重影響到病人的吞咽、呼吸、語言等正常生理功能，嚴重影響病人的生活質量。南通大學吳昊團隊首次應用全轉錄組測序技術對TSCC病人的舌癌組織進行環狀RNA研究，這一工作為舌癌發病機制和治療研究提供更多理論依據和研究基礎，對332個差異表達環狀RNA富集分析結果表明，這些環狀分子可能參與癌癥相關信號通路的調控。
二、云序生物農口環狀RNA文章
人、大鼠、小鼠來源的環狀研究已經取得了一定進展，農學背景的云序客戶也在自己擅長的生物標本中進行了環狀RNA研究，證明了環狀在多個物種當中都起到了重要的生物學作用。河南農業大學研究團隊首次提出環狀分子可以調控小麥在環境壓力下對光合作用、卟啉、葉綠素代謝、氧化磷酸化以及氨基酸的生物合成等方面起到應答性的調控作用，天津醫科大研究團隊在快速心房起搏（rapid atrial pacing，RAP）犬模型的心房組織中探尋circRNA-miRNA網絡，預測環狀分子在離子通道活性和細胞骨架結構成分中起重要作用。莠去津（Atrazine, AZ）是一種環境內分泌干擾物，可以影響兩棲動物發育過程。山東職業衛生研究中心研究團隊通過比較AZ誘導發育異常組織和正常非洲爪蟾組織中環狀分子的異常表達，推測環狀分子可以參與wnt信號通路與孕酮介導的卵母細胞成熟信號通路。類似的，其他云序客戶發表文章中還關注到了斑馬魚、雞等其他物種當中環狀RNA的重要生物學作用。
1. 世界首篇小麥環狀RNA研究（影響因子：4.5）
河南農業大學的研究團隊利用云序生物提供的環狀RNA測序服務，首次在小麥幼苗葉片中鑒定出大約88個環狀RNA分子，而在脫水脅迫幼苗中有62個環狀RNA分子存在差異表達。在脫水反應的環狀RNA分子中，有6個在小麥中作為26個相應的miRNA的海綿。利用qPCR驗證16個環狀RNA，包括6個miRNA海綿和10個隨機選擇的環狀RNA, 其中14個環狀RNA與測序結果趨勢一致，反應測序數據的真實性可靠性。GO分析和KEGG分析揭示circRNAs潛在的生物學功能，例如所涉及的參與脫水反應過程，如光合作用，葉綠素代謝，氧化磷酸化，氨基酸生物合成、代謝以及植物激素信號轉導和生長素生物合成等。并且揭示了環狀RNA與小麥葉片脫水抗性相關功能基因表達之間關系。
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2. 世界首篇非洲爪蟾環狀RNA研究（影響因子：4.2）
莠去津（Atrazine, AZ）是一種影響兩棲動物發育的環境內分泌干擾物質。山東職業衛生研究中心研究團隊通過比較AZ誘導發育異常組織和正常非洲爪蟾組織中環狀分子的異常表達，推測環狀分子可以參與wnt信號通路與孕酮介導的卵母細胞成熟信號通路。非洲爪蟾睪丸組織云序生物全轉錄組測序，進行環狀RNA篩選驗證，生信預測發現部分差異顯著的環狀RNA在miRNA海綿中發揮作用。本研究首次證明AZ可以通過調節非洲爪蟾睪丸功能基因的表達來改變環狀RNA，而環狀RNA在發育中的雄性非洲爪蟾的AZ誘導睪丸變性中發揮作用。
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3. 世界首篇斑馬魚環狀RNA研究（影響因子：3.5）
斑馬魚作為一種重要的模式生物，對于其環狀RNA的研究還尚未報道。作者以雌雄斑馬魚混合組織為樣品，通過云序生物提供的環狀RNA測序和生物信息學服務發表了全世界首篇斑馬魚環狀RNA表達譜文章。本研究共篩選到3868條環狀RNA，為后續研究魚類環狀RNA的生物學功能奠定基礎。
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4. 犬心房組織環狀RNA鑒定研究（影響因子：2.5）
心房顫動（atrial fibrillation，AF）是一種在臨床研究中常見的心律失常形式，這種心率異常可以引起或者加劇心力衰竭與缺血性發作，AF中常見的特征是心房結構性重塑以及離子通道的變化。天津醫科大學研究團隊在快速心房起搏（rapid atrial pacing, RAP）犬模型的新房組織中通過全轉錄組測序探尋circRNA-miRNA網絡的作用，實驗結果表明環狀分子在離子通道活性和細胞骨架結構成分中都起到重要生物學作用。
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5. 雞白血病病毒感染致腫瘤環狀RNA研究
雞白血病病毒亞群（ALV-J）是一類逆轉錄病毒，該病毒會引起一種重要的感染性疾病。患病的家禽會導致產蛋率的下降，大面積影響到家禽養殖產業。感染ALV-J的雞免疫系統會受到嚴重的抑制并引起多種腫瘤疾病從而產生很高的死亡率，目前還不能通過接種疫苗的方式來防御這種疾病。來自華南農業大學廣東省重點實驗室的研究團隊通過環狀RNA測序的方式研究了病毒抗性與病毒易感的雞肝臟組織當中環狀RNA的表達，發現了32個差異表達的環狀分子，其中12個在ALV-J抗性樣本中表達量顯著升高，而20個在易感樣本中表達量更高，而生信預測表明這些環狀RNA分子能夠調控免疫分子通路的信息傳遞從而改變生物體的免疫力。
“一站到底”！云序生物環狀RNA研究從做譜（環狀RNA測序、全轉錄組測序、環狀RNA甲基化測序）到機制研究（RNA Pull Down、RIP），為您全方位的覆蓋差異環狀RNA分子篩選到下游分子機制驗證的重要研究環節。此外，云序生物自行建立并維護的環狀RNA數據庫circDB憑借物種覆蓋廣、數據量大、疾病背景多的特點，支持許多客戶發表環狀RNA成果。在過去的時間里云序生物和各位生命科學領域的專家學者、醫護工作者共同進步成長，探索未知的奧秘。回首過去，從表觀遺傳學到
表觀轉錄組學，從基因組到蛋白質組，從細胞內到外泌體，云序生物依托于高通量測序技術為越來越多的臨床與基礎生物研究者提供了高質量的科研服務。在我們的共同努力下，相信在新的一年里云序客戶會發表更多的高分文章。
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