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數字PCR在臨床和預后融合基因檢測的應用

瀏覽次數:3041 發布日期:2019-10-28  來源:本站 僅供參考,謝絕轉載,否則責任自負
眾所周知,融合基因檢測對臨床診斷及預后指導都具有十分重要的意義。那么究竟什么是融合基因呢?
融合基因的發現始于上個世紀60年代,它是指染色體斷裂后又重新拼接。如果恰巧拼接時發生了錯誤,使兩個不同基因互相融合,大多數情況下,它會造成某些序列或功能異常的蛋白表達,亦或者是某些基因表達失調,從而促進腫瘤的發生。

傳統的數字PCR檢測融合基因的方法主要有顯微觀察,原位雜交等;新一點的方法有高通量測序等,但多因為發生基因融合原因的多樣性,融合基因的表達量較低等因素而達不到精確的測定。
目前,新的定量技術-數字PCR方法的發展使得精確檢測融合基因變成了可能。如一篇文章中報道所示:
毛細胞星形細胞瘤(Pilocytic astrocytomas)是年輕患者中最常見的神經膠質瘤亞型,占所有神經膠質瘤的5.4%。KIAA1549基因和BRAF基因融合是毛細胞星形細胞瘤的標志,能夠精確檢測到二者的融合對于診斷至關重要。此外,由于KIAA1549-BRAF融合性地激活MAP激酶途徑,因此它也代表了諸如MEK抑制劑之類的藥物的靶標。研究人員用數字PCR的方式檢測了一批福爾馬林固定石蠟包埋組織上的KIAA1549-BRAF基因融合情況,包括40個毛細血管星形細胞瘤,27個難以分類的神經上皮腫瘤,15個胚胎發育不良的神經上皮瘤和18個神經膠質瘤。并將該結果和檢測KIAA1549-BRAF融合狀態的金標準技術RNA測序方法進行比較,結果發現與RNA測序相比,數字PCR檢測的靈敏度和特異性為100%。
到目前為止,人們已經發現了大約2萬個融合基因,但是它們在癌癥發展中相關機制仍知之甚少。因此,能夠精準的檢測出融合基因并對其進行相關研究,是癌癥精準醫療中的重要一步。目前采用數字PCR進行融合基因的檢測正逐漸變成一種主流方法。
法國Stilla Technologies的NaicaTM微滴芯片數字PCR系統,利用cutting-edge微流體創新型芯片——Sapphire芯片作為數字PCR過程的唯一耗材。樣品通過毛細通道網格以30,000個微滴的形式進入2D芯片中。并且還是首款3色熒光檢測儀器,整個流程只需要兩個半小時。結合強大的圖像分析技術和直觀可視的檢測功能,從而達到了數字PCR定量卓越的置信水平,獲得的數據真實可信。

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