10x Genomic Visium空間基因表達解決方案（Visium Spatial Gene Expression Solution）在確定不同細胞群的同時保留空間位置，為細胞功能、表型和組織微環境中位置的關系提供了重要信息。該技術一經問世便受到了人們的廣泛關注，而越來越多的研究成果也表明了空間轉錄組測序技術為廣大科研工作者帶來了前所未有的組織學研究深度。

秘籍1：組織樣本要篩選 
空間轉錄組研究的特點是基于空間物理位置的轉錄組學研究，所以組織樣本的選擇是該研究的前提條件。由于空間轉錄組捕獲芯片的限制（6.5mmX6.5mm），組織樣本最后上芯片的切片不能超過該面積范圍。因此，在選擇實驗樣本前，需要對進行研究的樣本進行預實驗。通過前期組織學檢測，確認好樣本的最佳取材位置，最合理組織大小。如果樣本是較大的組織，可以在后續OCT包埋、切片過程中被分割（1mm切口的預冷刀片），避免深切口損傷組織。

秘籍2：樣本保鮮很重要
空間轉錄組是針對轉錄組學的檢測，因此，新鮮樣本是保證RNA完整性的前提（后續RNA RIN值＞7）。將新鮮組織樣本取下后迅速用預冷的PBC溶液或者生理鹽水沖洗組織表面殘留，然后用干凈的紗布或吸水紙吸干液體（防止其他體液在組織表面形成冰晶，影響OCT包埋效果）。

組織冷凍與包埋過程

秘籍3：樣本凍存不可少
空間轉錄組研究平臺是基于冰凍樣本（基于FFPE樣本的空間測序須參照石蠟樣本標準制備指南）進行研究的，所以在樣本凍存前至少提前10分鐘將異戊烷和液氮浴準備好（之所以用異戊烷而不直接用液氮進行速凍，是因為液氮沸點比較低，直接液氮處理可能在沸騰過程中使組織周圍形成空穴，導致不同區域降溫不同步而改變內部形態，甚至組織碎裂）。然后用鑷子或者刮刀將新鮮組織轉移到異戊烷中，使組織完全浸沒且浸泡至少1分鐘。冷凍后，可用鑷子或者刮刀將組織轉移到密封的預冷容器或者凍存管中，-80℃儲存，或者進行OCT包埋。

秘籍4：OTC包埋需仔細
OCT包埋是用來為后續切片制作做準備。將預冷好的OCT填充入冷凍模具的底部（可做好標記，以確認組織方向），然后用鑷子迅速將冰凍好的組織放入，并用OCT覆蓋組織，使之完全包埋住。該過程應避免產生氣泡。然后立即將冷凍磨具轉移到碎干冰上。當OCT變得完全不透明時，說明包埋成功。當然，作為強迫癥的你，也可以對組織進行修理，去掉多余部分，留下需要的組織塊。最后，包埋好的組織塊可放置于干冰上運輸至-80°C進行儲存。

OTC包埋前后對比

秘籍5：切片制備要適宜
做好冰凍組織包埋工作后，如果實驗室有設備，可自行進行切片制備及相關組織學檢測。以現有研究測試樣本情況來看，大部分的樣本切片厚度保持在10-20μm之間為宜。如果沒有后續切片設備進行切片制備，可以直接將樣本給我們，我們來進行后續的工作及空間轉錄組測序實驗。我們會取OCT包埋樣本的10張切片，用核酸試劑盒抽提RNA并通過RIN評估制備樣本的質量，RIN>7的樣本，建議做下游組織優化的實驗。

以上就是空間轉錄組測序樣本制備秘籍的全部內容了，你學會了嗎？