規劃一個qPCR實驗時，最先碰到的問題就是研究目的和材料的選擇。要想做好一個qPCR實驗首先要根據目的選好材料。
 

以目標為導向的取材

研究目標的設立是非常重要的一個起始環節，所以對于樣本取材要求做到兩點，具體準確性和具體代表性。
 

空間異質性

個體的生物變異程度（也可以解讀為生物多樣性）往往是比較高的，這也正是以群體細胞為研究對象的數據往往遭受質疑，而單細胞水平的研究正開展得如火如荼的原因。
 

如何使取到的樣本更具代表性？

首先，提前做好功課，了解樣本的不同分型，或者了解詳細的細胞分群。如果條件允許盡可能覆蓋所有的組織類型或者細胞類型。
 

其次，盡可能增加樣本數量，也就是生物學重復，從而更客觀地反映生物變異程度。一般建議生物學重復的數量至少是10。
 

時間異質性

生物個體的活動會受到生物節律的調控，細胞的轉錄水平也同樣如此。由于轉錄的時間異質性，很多時候會導致qPCR的假陰性結果，如果采樣時間不合適，會導致基因有表達或者表達量很低的錯誤結論。因此采樣時首先要確認采樣時間是否會對最后的結果造成影響，建議做一個比較全面的時間節點研究。

樣本數量

前面建議增加生物學重復，但有時候超過10個的樣本數量并不能保證最后能得到有顯著表達量差異的結果（假如表達有顯著差異是真實存在的），不到10個的樣本數量在表達量差異很大的情況下也是足夠的，這涉及到統計中的power calculation，很多網站提供在線計算，如http://www.univie.ac.at/ medstat等。Power calculation需要提供被比較的兩個組表達量比值、標準差和設定的α和β水平，這樣就可以計算出所需要的最少的樣本數量。表達量比值和標準差等信息往往不能提前預知，需要查閱之前相似實驗的數據，或者通過小規模的實驗來獲得粗略的信息。一般也可通過估算來得到所需的樣本數量，提供一定的參考意義。
 

* power一定的情況檢測不同表達量差異所需的最少樣本數量[3].
 

采樣是需要嚴格規劃的過程，比如材料的時效性、珍貴程度等，都要納入考量范圍。本文討論的幾個因素對qPCR結果的影響是更直接的，需要倍加關注。
 

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