前言
MIQE是描述評估qPCR實驗所需的最小信息,該指南是稿件投稿時需要同時提交的一個清單。通過作者提供相關的實驗條件和實驗特點,審稿人可以評價實驗所用方法的可靠性。另外提供詳細的實驗所用試劑、序列和分析方法,其他研究人員可以利用這些信息進行重復實驗。
對于核酸提取MIQE有明確要求兩點——實驗組與對照組的定義及每一組的樣本數量。
無論采用手工法還是試劑盒,只要符合MIQE的要求并實現良好的可操作性和重現性,就是合理客觀的技術方法。MIQE在該部分操作中的要求又分為兩大塊——樣本描述和核酸提取方法。
樣本描述
▶ 樣本采集和處理的方法描述
▶ 樣本的來源描述(宏觀解剖還是激光顯微切割)
▶ 樣本是如何即時處理(保存條件及時間)
▶ 冷凍樣本的冷凍方法和時間
核酸提取
采取的提取方法:
1)手工法:小批量經濟型
2)自動化儀器:大批量高效型
按獲取的物質可分為DNA和RNA:
◆ DNA:適合拷貝數變異、SNP分析等實驗
◆ RNA:適合基因表達、長非編碼RNA等實驗
圖源:網絡,侵刪
按提取方法分為化學法和機械破碎法:
◆ 化學法:適合采用堿裂解法的樣本,質粒提取、菌類的提取
◆ 機械破碎法:比較堅硬有一定韌性的物質,動植物組織
更推薦使用合適的商品化的核酸提取試劑盒,流程標準化程度更高,質量更容易得到保證,這樣在方法描述時可以更簡單一些,直接引用試劑盒的生產廠家、貨號和名稱即可。
DNA酶或RNA酶的處理細節:
基因表達實驗中,RNA模板如果存在DNA污染,會嚴重干擾最后的結果。因此提取RNA時要加入DNA酶將DNA消化掉,工作濃度、處理溫度和時間要加以說明,同時也要加入RNase抑制劑提供保護。使用柱純化試劑盒提取RNA時也可以在柱上進行DNA消化。同樣的,提取DNA時也要將RNA消化掉,盡管殘留RNA對DNA為模板的qPCR實驗影響小得多。
Cielo™實時熒光定量PCR系統
☑ 數據可靠性:連續1000次實驗后,結果高度一致。
☑ 應用靈活性:提供多種qPCR應用分析。
☑ 流程智能化:中英文用戶界面,觸控操作,可多機聯用。
☑ 在線便捷性:主機可獨立運行qPCR程序,數據可USB、Wi-Fi等網絡傳輸。