前言

RT-PCR就是逆轉錄PCR（Reverse transcription PCR）或稱為反轉錄PCR（Reverse transcription-PCR，RT-PCR），是以RNA為材料應用于PCR擴增中的一種實驗方法。首先通過逆轉錄酶將總RNA或信使RNA（mRNA）轉錄成互補DNA（cDNA）。其次Taq DNA聚合酶以cDNA為模板進行qPCR擴增。RT-PCR已被廣泛應用于多種分子生物學應用中，包括基因表達分析、基因測試、RNA干擾驗證檢測、微陣列驗證、病原體檢測和疾病研究。

RT-PCR的方法之一步法和兩步法

RT-PCR其操作方法分為兩種，即一步法和兩步法。一步法RT-PCR，逆轉錄同PCR擴增結合在一起，即cDNA合成與PCR擴增反應在同一管Buffer及酶中進行，一步完成。兩步法RT-PCR，RNA首先在反轉錄酶的作用下生成cDNA，再以cDNA為模板進行PCR擴增，分成兩步進行。

兩種方法如何選擇及優缺點對比

RT-PCR中模板的選擇

在RT-PCR 實驗中，選擇總RNA或純化的mRNA作為模板進行逆轉錄十分重要。mRNA雖然能提供略高的靈敏度，但總RNA經常使用，具有較mRNA更重要的優勢。第一，其過程需要較少的純化流程，這保證了更好的回收模板和更好的把結果標準化為起始的細胞數。第二，避免mRNA富集步驟，為了避免不同mRNA的回收率而帶來結果偏移的可能性。總之，在大多數的應用中，目標基因的相對定量比檢測的絕對靈敏度更重要，因此在多數情況下，總RNA更適用。

反轉錄酶的選擇

反轉錄酶（Reverse transcriptase）又稱逆轉錄酶。是以RNA為模板指導dNTP合成互補DNA（cDNA）的酶。一部分反轉錄酶具有RNA酶活性，能夠在轉錄后降解RNA-DNA雜交鏈中的RNA鏈。如果反轉錄酶沒有Rnase酶活性，可加入RNaseH來獲得更高的qPCR效率。常用的酶包括Money鼠白血病病毒（MMLV）反轉錄酶和禽成髓細胞瘤病毒（AMV）反轉錄酶。依據RT-PCR，理想的狀態下是選擇具有較高熱穩定性的反轉錄酶，cDNA的合成才能在較高的溫度下進行，確保成功轉錄具有較高二級結構的RNA，并確保在整個反應過程中的全部活性，從而得到質量更高的cDNA。

RT-PCR引物的選擇

逆轉錄引物一般包含3種：oligo dT引物，隨機引物和特異性引物。對于短的且不具備發卡結構的真核細胞mRNA，三種都可用。

RT-PCR引物設計原則

1. 上下游引物要保守：擴增子長度需選擇一段保守片段（100-200 bp）進行PCR擴增，選擇片段需跨越內含子，因內含子的基因組DNA序列不會被擴增，也可減少從污染的基因組DNA中擴增得到的假陽性風險。引物選取同樣需要保守。

2. 引物長度和Tm值：引物設計長度為18-25 bp，Tm值在50-65℃之間，引物中GC含量在40-60%。設計引物時盡量避免出現4個或超過4個G堿基。

RT-PCR實驗陰性對照

反轉錄陰性對照應包括在所有的RT-PCR的實驗中，用來檢測DNA是否污染（如基因組DNA或PCR產物）。該對照所指不加反轉錄酶，通過反轉錄過程得到cDNA在進行熒光定量PCR檢測。如檢測到擴增，則樣本中可能含有基因組DNA污染。