DNA甲基化、RNA甲基化、ChIP-seq、單細胞轉錄組等應用文章精選
DNA甲基化研究
（1）RRBS項目：DNA甲基化+轉錄組等多組學分析揭示IDH1-R132H突變加劇順鉑誘導腎毒性
期刊：Cell Death & Differentiation 影響因子： IF 13.7 樣本：小鼠 細胞
本研究通過簡化基因組甲基化測序（RRBS）和對應的轉錄組測序（RNA-seq）分析發現IDH1-R132H突變會使得NDUFA1啟動子區甲基化增加，導致其表達下調，抑制了NDUFA1和FSP1之間的相互作用，從而影響FSP1在線粒體中的定位及其將泛醌還原為泛醇的能力，線粒體ROS和脂質過氧化物的積累，進而加劇順鉑誘導的腎小管上皮細胞氧化損傷和鐵死亡。這一研究揭示了IDH1-R132H突變在順鉑誘導的腎損傷中的關鍵作用，提示靶向NDUFA1和FSP1之間的相互作用可能是防止順鉑誘導腎毒性的治療策略，為攜帶IDH1-R132H突變的腫瘤患者提供更個性化的治療策略，以減少腎損傷的發生。
RRBS測序對差異上調啟動子區域的基因進行GO富集分析
（2）scRRBS項目：單細胞甲基化+轉錄組多組學分析揭示哺乳期母體低蛋白飲食對子代的跨代傳遞
期刊：Journal of Genetics and Genomics 影響因子： IF 6.6 樣本：小鼠 卵母細胞
本研究利用母體哺乳期低蛋白飲食（LPD）小鼠模型，展示了母體LPD在哺乳期會導致存活率下降和生長遲緩，顯著減少排卵和窩仔大小，并改變雌性LPD子代的新陳代謝、腸道微生物組和卵母細胞轉錄組。LPD-F1中期II（MII）卵母細胞轉錄組測序分析結果表明，差異表達基因在女性妊娠和多個代謝過程中富集。母體LPD導致早期生長遲緩并損害代謝健康，這些影響可以傳遞超過兩代。研究還利用采用單細胞簡化基因組亞硫酸鹽測序 （scRRBS）來分析LPD和LPD-F1卵母細胞甲基化模式變化部分可以傳遞給F2卵母細胞，闡明哺乳期間母體營養如何影響子代的生殖細胞 DNA 甲基化，從而探索跨代傳遞機制。總之，本研究結果揭示了LPD在哺乳期通過卵母細胞表觀遺傳變化跨代傳遞影響子代健康。
（3）微量WGBS項目：微量DNA甲基化分析揭示MeCP2在卵子發生和卵巢衰老中的表觀遺傳調控
期刊：Cellular and Molecular Life Sciences 影響因子： IF 8 樣本：小鼠 卵母細胞
本研究通過對野生型ICR小鼠和轉基因小鼠的一系列比較分析結果表明，MeCP2蛋白在原始卵泡和初級卵泡中高表達，但在次級卵泡中幾乎檢測不到。但在衰老卵巢中，卵母細胞和顆粒細胞中的MeCP2蛋白顯著增加。生長中的卵母細胞中的MeCP2過表達會導致轉錄失調、DNA高甲基化和基因組不穩定，最終導致卵泡生長停滯和凋亡。DCAF13是Cullin 4-RING（CRL4）E3連接酶的底物識別接頭，可以靶向MeCP2，并在細胞和卵母細胞中被多泛素化以進行降解。Dcaf13基因敲除的卵母細胞表現出MeCP2蛋白積累，并且在MeCP2敲低后部分挽救了由Dcaf13缺失誘導的卵泡生長停滯。RNA-seq結果揭示生長中的卵母細胞中，大量基因受DCAF13-MeCP2軸調控。本研究表明，CRL4DCAF13 E3泛素連接酶靶向MeCP2進行降解，以確保生長中的卵母細胞中正常的DNA甲基化和轉錄。此外，在衰老的卵泡中，觀察到DCAF13和DDB1蛋白的死亡，表明了一種潛在調控卵巢衰老的新機制。
RNA甲基化研究
（1）m5C RNA-BS項目：RCMS編輯系統在特定細胞RNA位點的靶向m5C甲基化和去甲基化研究
期刊：Nucleic Acids Research 影響因子： IF 16.6 樣本：細胞
本研究作者開發了一種基于CRISPR-Cas13d的編輯系統，名為重編程m5C修飾系統（RCMS），用于特定轉錄本中的靶向m5C甲基化和去甲基化。通過m5C RNA-BS等分析揭示RCMS編輯系統能夠精確地在特定RNA位點添加或去除m5C修飾，改變細胞轉錄本穩定性。
RCMS dCasRx-NSUN6 編輯器的特異性和非靶甲基化測序
（2）m5C RNA-BS項目：NSUN2介導m5C修飾代謝重編程促進結直腸癌進展
期刊：Advanced Science 影響因子： IF 14.3 樣本：人 腎細胞
本研究通過RNA-BS等分析鑒定出m5C甲基轉移酶NSUN2在CRC中表達水平升高及其在結直腸癌（CRC）中的致癌作用，以及潛在的遺傳和分子機制。NSUN2誘導的代謝重編程以m5C依賴性方式調控ENO1表達增強葡萄糖代謝，導致CRC細胞中乳酸產生增加。此外，乳酸不僅通過組蛋白H3K18乳酸化（H3K18la）激活NSUN2轉錄，還誘導NSUN2在Lys356殘基（K356）發生乳酸化，這對于捕獲靶RNA和ENO1 mRNA m5C修飾至關重要。
RNA-BS+RNA-seq揭示NSUN2介導m5C修飾靶向CRC中的ENO1導致葡萄糖代謝重編程
（3）m6A項目：MeRIP-seq+RNA-seq揭示不同品種豬肌肉發育的m6A RNA甲基化差異
期刊：cells 影響因子： IF 5.1 樣本：仔豬 肌肉細胞
本研究鑒定了大約克豬（Large White, LW）和寧鄉豬（Ningxiang, NX）不同品種新生仔豬肌肉發育過程中的差異表達基因，并通過MeRIP-seq繪制了m6A甲基化模式。研究結果表明，m6A修飾在肌肉發育的新生仔豬階段調控肌肉細胞發育、肌原纖維、細胞周期和磷酸酶調節活性。且LW和NX豬中差異表達基因主要富集在參與蛋白質合成通路中。對MeRIP-seq和RNA-seq數據進行聯合分析，共鑒定出27個差異表達且m6A修飾基因。還鑒定出一種典型的肌肉特異性包膜跨膜蛋白WFS1，在LW和NX豬中通過m6A修飾被差異調控，進一步揭示了m6A修飾以YTHDF2依賴方式加速了WFS1降解。最后鑒定了WFS1最后一個外顯子中的C21551T導致m6A甲基化變化，從而影響LW和NX豬中的WFS1表達水平差異。本研究對NX和LW豬在新生仔豬肌肉發育期間的m6A修飾進行了全面分析，并闡明了m6A修飾對這兩個品種WFS1差異表達的調控機制。
DNA與蛋白互作
（1）ChIP-seq項目：HPV編碼的環狀RNA circE7促進頭頸部鱗狀細胞癌免疫逃逸
期刊：Nature Communications 影響因子： IF 14.7 樣本：人腫瘤組織、小鼠
本研究通過整合23對頭頸鱗癌（HNSCC）腫瘤樣本及其鄰近正常組織，以及105個HNSCC患者的石蠟包埋樣本，結合細胞和動物實驗、體內外實驗，揭示circE7通過表觀遺傳機制下調LGALS9基因（編碼Galectin-9蛋白），從而抑制T細胞功能和活性，進而促進HNSCC免疫逃逸。
（2）ChIP-seq項目：c-di-AMP與DasR互作以調控細菌生長、發育和抗生素合成
期刊：Nature Communications 影響因子： IF 14.7 樣本：紅霉素生產菌
該研究將生產紅霉素的紅霉素生產菌（紅霉糖多孢菌，Saccharopolyspora erythrae）中的DasR鑒定為c-di-AMP的靶標，從而揭示c-di-AMP與該細菌中GlcNAc信號之間的直接聯系。研究還表明c-di-AMP結合刺激了DasR介導的GlcNAc攝取和利用抑制，并描述了c-di-AMP介導形成c-di-AMP連接的DasR二聚體形成的分子機制。由于GntR家族調控因子以二聚體形式與DNA互作，因此DasR的有效二聚體化激活了DasR對其目標調控子的調節。具體來說，DAC活性受到DasR的直接轉錄調控，從而形成調控環，調控從營養狀態到形態分化和抗生素合成的完整信號級聯。最后，系統發育分析和體外實驗進一步表明，c-di-AMP通過變構調節發揮全局調控作用，并通過DasR介導的信號整合在產生c-di-AMP的放線菌中可能是保守且必需的。
ChIP-seq分析在紅霉素產生菌中c-di-AMP升高對DasR依賴的全基因組影響
單細胞轉錄組
Smart-seq2項目：單細胞轉錄組測序揭示光療通過腦膜淋巴系統改善阿爾茲海默癥（AD）和衰老
期刊：Nature Communications 影響因子： IF 14.7 樣本：小鼠 海馬體
腦膜淋巴管（MLV）參與淀粉樣蛋白β（Aβ）的清除，被認為是阿爾茨海默�。ˋD）的潛在治療靶點。本研究基于MLV的表層空間分布，采用近紅外光調節淋巴引流，顯著改善老年小鼠和AD（5xFAD和APP/PS1）小鼠的認知，并通過減少aβ沉積、神經炎癥和神經元損傷等來改善AD相關病理。此外透射電子顯微鏡成像和RNA測序（Smart-seq2）數據表明，通過光調節改善了腦膜淋巴管內皮細胞（MLEC）的線粒體代謝和細胞連接。這些研究共同表明，近紅外光治療可以通過恢復mLEC功能來增強MLV清除能力，從而改善認知功能�？傊�，光的淋巴引流增強促進了衰老和AD小鼠模型的病理緩解和認知增強，為神經退行性疾病提供了潛在的改善策略。
從海馬體（hippocampus，HPC）組織中提取總RNA并測序，揭示光對5xFAD小鼠海馬體相關基因表達的改善效果
微生物組
宏基因組測序項目：多組學分析揭示玉米青貯好氧變質及黃梁木葉精油對其影響的研究
期刊：Chemical Engineering Journal 影響因子： IF 13.3 樣本：青貯玉米
為了更好地理解青貯飼料的有氧變質過程及其潛在機制，以及黃梁木Neolamarckia cadamba（NCL）精油對這一過程的影響，研究者進行了宏基因組學、轉錄組學和代謝組學的分析。研究者在2021年制備了全株玉米青貯，并在暴露于空氣中的不同時間點（0、3、7、14天）進行了溫度、發酵質量、微生物群落和代謝物的分析。隨后，提取并分析了NCL精油的成分，并研究了其對從有氧惡化青貯中分離出的微生物菌株的抗菌活性。最后，在2022年，將NCL精油添加到全株玉米青貯中，研究其對青貯有氧穩定性的影響和機制。
全株玉米青貯在空氣中暴露14 d的變化
參考文獻：
1、 Lai K, Chen Z, Lin S, Ye K, Yuan Y, Li G, Song Y, Ma H, Mak TW, Xu Y. The IDH1-R132H mutation aggravates cisplatin-induced acute kidney injury by promoting ferroptosis through disrupting NDUFA1 and FSP1 interaction. Cell Death Differ. 2024 Sep 22. pii: 10.1038/s41418-024-01381-8. doi: 10.1038/s41418-024-01381-8. PubMed PMID: 39306640.
2、 Gu LJ, Li L, Li QN, Xu K, Yue W, Qiao JY, Meng TG, Dong MZ, Lei WL, Guo JN, Wang ZB, Sun QY. The transgenerational effects of maternal low-protein diet during lactation on offspring. J Genet Genomics. 2024 Apr 22. pii: S1673-8527(24)00079-1. doi: 10.1016/j.jgg.2024.04.008. PubMed PMID: 38657948.
3、 Ren P, Tong X, Li J, Jiang H, Liu S, Li X, Lai M, Yang W, Rong Y, Zhang Y, Jin J, Ma Y, Pan W, Fan HY, Zhang S, Zhang YL. CRL4DCAF13 E3 ubiquitin ligase targets MeCP2 for degradation to prevent DNA hypermethylation and ensure normal transcription in growing oocytes. Cell Mol Life Sci. 2024 Apr 5;81(1):165. pii: 10.1007/s00018-024-05185-4. doi: 10.1007/s00018-024-05185-4. PubMed PMID: 38578457.
4、 Zhang T, Zhao F, Li J, Sun X, Zhang X, Wang H, Fan P, Lai L, Li Z, Sui T. Programmable RNA 5-methylcytosine (m5C) modification of cellular RNAs by dCasRx conjugated methyltransferase and demethylase. Nucleic Acids Res. 2024 Feb 15. pii: 7608824. doi: 10.1093/nar/gkae110. PubMed PMID: 38366553.
5、 Chen B, et al. Metabolic Recoding of NSUN2-Mediated m5C Modification Promotes the Progression of Colorectal Cancer via the NSUN2/YBX1/m5C-ENO1 Positive Feedback Loop. Adv Sci (Weinh). 2024 May 20:e2309840. doi: 10.1002/advs.202309840. PubMed PMID: 38769664.
6、 Gu H, Xu K, Yu Z, Ren Z, Chen F, Zhou C, Zeng W, Ren H, Yin Y, Bi Y. N6-Methyladenosine RNA Modification Regulates the Differential Muscle Development in Large White and Ningxiang Pigs. Cells. 2024 Oct 21;13(20) pii: cells13201744. doi: 10.3390/cells13201744. PubMed PMID: 39451261.
7、 Ge, J., et al. Human papillomavirus-encoded circular RNA circE7 promotes immune evasion in head and neck squamous cell carcinoma. Nat Commun 15, 8609 (2024). https://doi.org/10.1038/s41467-024-52981-4.
8、 You D,et al. Allosteric regulation by c-di-AMP modulates a complete N-acetylglucosamine signaling cascade in Saccharopolyspora erythraea. Nat Commun. 2024 May 7;15(1):3825.
9、 Wang M, Yan C, Li X, Yang T, Wu S, Liu Q, Luo Q, Zhou F. Non-invasive modulation of meningeal lymphatics ameliorates ageing and Alzheimer's disease-associated pathology and cognition in mice. Nat Commun. 2024 Feb 16;15(1):1453. pii: 10.1038/s41467-024-45656-7. doi: 10.1038/s41467-024-45656-7. PubMed PMID: 38365740.
10、Shuo, Wu & Peishan, Huang & Chao, Zhang & Wei, Zhou & Xiaoyang, Chen & Qing, Zhang. (2024). Novel strategy to understand the aerobic deterioration of corn silage and the influence of Neolamarckia cadamba essential oil by multi-omics analysis. Chemical Engineering Journal. 482. 148715. 10.1016/j.cej.2024.148715.
（1）RRBS項目：DNA甲基化+轉錄組等多組學分析揭示IDH1-R132H突變加劇順鉑誘導腎毒性
期刊：Cell Death & Differentiation 影響因子： IF 13.7 樣本：小鼠 細胞
本研究通過簡化基因組甲基化測序（RRBS）和對應的轉錄組測序（RNA-seq）分析發現IDH1-R132H突變會使得NDUFA1啟動子區甲基化增加，導致其表達下調，抑制了NDUFA1和FSP1之間的相互作用，從而影響FSP1在線粒體中的定位及其將泛醌還原為泛醇的能力，線粒體ROS和脂質過氧化物的積累，進而加劇順鉑誘導的腎小管上皮細胞氧化損傷和鐵死亡。這一研究揭示了IDH1-R132H突變在順鉑誘導的腎損傷中的關鍵作用，提示靶向NDUFA1和FSP1之間的相互作用可能是防止順鉑誘導腎毒性的治療策略，為攜帶IDH1-R132H突變的腫瘤患者提供更個性化的治療策略，以減少腎損傷的發生。
RRBS測序分析
RRBS測序對差異上調啟動子區域的基因進行GO富集分析
期刊：Journal of Genetics and Genomics 影響因子： IF 6.6 樣本：小鼠 卵母細胞
本研究利用母體哺乳期低蛋白飲食（LPD）小鼠模型，展示了母體LPD在哺乳期會導致存活率下降和生長遲緩，顯著減少排卵和窩仔大小，并改變雌性LPD子代的新陳代謝、腸道微生物組和卵母細胞轉錄組。LPD-F1中期II（MII）卵母細胞轉錄組測序分析結果表明，差異表達基因在女性妊娠和多個代謝過程中富集。母體LPD導致早期生長遲緩并損害代謝健康，這些影響可以傳遞超過兩代。研究還利用采用單細胞簡化基因組亞硫酸鹽測序 （scRRBS）來分析LPD和LPD-F1卵母細胞甲基化模式變化部分可以傳遞給F2卵母細胞，闡明哺乳期間母體營養如何影響子代的生殖細胞 DNA 甲基化，從而探索跨代傳遞機制。總之，本研究結果揭示了LPD在哺乳期通過卵母細胞表觀遺傳變化跨代傳遞影響子代健康。
LPD-F1卵母細胞中的整體DNA高甲基化
LPD-F1卵母細胞中的差異甲基化區域（DMRs）分析
（3）微量WGBS項目：微量DNA甲基化分析揭示MeCP2在卵子發生和卵巢衰老中的表觀遺傳調控
期刊：Cellular and Molecular Life Sciences 影響因子： IF 8 樣本：小鼠 卵母細胞
本研究通過對野生型ICR小鼠和轉基因小鼠的一系列比較分析結果表明，MeCP2蛋白在原始卵泡和初級卵泡中高表達，但在次級卵泡中幾乎檢測不到。但在衰老卵巢中，卵母細胞和顆粒細胞中的MeCP2蛋白顯著增加。生長中的卵母細胞中的MeCP2過表達會導致轉錄失調、DNA高甲基化和基因組不穩定，最終導致卵泡生長停滯和凋亡。DCAF13是Cullin 4-RING（CRL4）E3連接酶的底物識別接頭，可以靶向MeCP2，并在細胞和卵母細胞中被多泛素化以進行降解。Dcaf13基因敲除的卵母細胞表現出MeCP2蛋白積累，并且在MeCP2敲低后部分挽救了由Dcaf13缺失誘導的卵泡生長停滯。RNA-seq結果揭示生長中的卵母細胞中，大量基因受DCAF13-MeCP2軸調控。本研究表明，CRL4DCAF13 E3泛素連接酶靶向MeCP2進行降解，以確保生長中的卵母細胞中正常的DNA甲基化和轉錄。此外，在衰老的卵泡中，觀察到DCAF13和DDB1蛋白的死亡，表明了一種潛在調控卵巢衰老的新機制。
MeCP2在生長中的卵母細胞中過表達導致CpG島的DNA高甲基化
RNA甲基化研究
（1）m5C RNA-BS項目：RCMS編輯系統在特定細胞RNA位點的靶向m5C甲基化和去甲基化研究
期刊：Nucleic Acids Research 影響因子： IF 16.6 樣本：細胞
本研究作者開發了一種基于CRISPR-Cas13d的編輯系統，名為重編程m5C修飾系統（RCMS），用于特定轉錄本中的靶向m5C甲基化和去甲基化。通過m5C RNA-BS等分析揭示RCMS編輯系統能夠精確地在特定RNA位點添加或去除m5C修飾，改變細胞轉錄本穩定性。
RCMS dCasRx-NSUN6 編輯器的特異性和非靶甲基化測序
（2）m5C RNA-BS項目：NSUN2介導m5C修飾代謝重編程促進結直腸癌進展
期刊：Advanced Science 影響因子： IF 14.3 樣本：人 腎細胞
本研究通過RNA-BS等分析鑒定出m5C甲基轉移酶NSUN2在CRC中表達水平升高及其在結直腸癌（CRC）中的致癌作用，以及潛在的遺傳和分子機制。NSUN2誘導的代謝重編程以m5C依賴性方式調控ENO1表達增強葡萄糖代謝，導致CRC細胞中乳酸產生增加。此外，乳酸不僅通過組蛋白H3K18乳酸化（H3K18la）激活NSUN2轉錄，還誘導NSUN2在Lys356殘基（K356）發生乳酸化，這對于捕獲靶RNA和ENO1 mRNA m5C修飾至關重要。
（3）m6A項目：MeRIP-seq+RNA-seq揭示不同品種豬肌肉發育的m6A RNA甲基化差異
期刊：cells 影響因子： IF 5.1 樣本：仔豬 肌肉細胞
本研究鑒定了大約克豬（Large White, LW）和寧鄉豬（Ningxiang, NX）不同品種新生仔豬肌肉發育過程中的差異表達基因，并通過MeRIP-seq繪制了m6A甲基化模式。研究結果表明，m6A修飾在肌肉發育的新生仔豬階段調控肌肉細胞發育、肌原纖維、細胞周期和磷酸酶調節活性。且LW和NX豬中差異表達基因主要富集在參與蛋白質合成通路中。對MeRIP-seq和RNA-seq數據進行聯合分析，共鑒定出27個差異表達且m6A修飾基因。還鑒定出一種典型的肌肉特異性包膜跨膜蛋白WFS1，在LW和NX豬中通過m6A修飾被差異調控，進一步揭示了m6A修飾以YTHDF2依賴方式加速了WFS1降解。最后鑒定了WFS1最后一個外顯子中的C21551T導致m6A甲基化變化，從而影響LW和NX豬中的WFS1表達水平差異。本研究對NX和LW豬在新生仔豬肌肉發育期間的m6A修飾進行了全面分析，并闡明了m6A修飾對這兩個品種WFS1差異表達的調控機制。
LW和NX豬肌肉之間差異性m6A修飾比較
DNA與蛋白互作
（1）ChIP-seq項目：HPV編碼的環狀RNA circE7促進頭頸部鱗狀細胞癌免疫逃逸
期刊：Nature Communications 影響因子： IF 14.7 樣本：人腫瘤組織、小鼠
本研究通過整合23對頭頸鱗癌（HNSCC）腫瘤樣本及其鄰近正常組織，以及105個HNSCC患者的石蠟包埋樣本，結合細胞和動物實驗、體內外實驗，揭示circE7通過表觀遺傳機制下調LGALS9基因（編碼Galectin-9蛋白），從而抑制T細胞功能和活性，進而促進HNSCC免疫逃逸。
圖：HN30細胞中過表達circE7的ChIP-seq和ChIP-qPCR分析
（2）ChIP-seq項目：c-di-AMP與DasR互作以調控細菌生長、發育和抗生素合成
期刊：Nature Communications 影響因子： IF 14.7 樣本：紅霉素生產菌
該研究將生產紅霉素的紅霉素生產菌（紅霉糖多孢菌，Saccharopolyspora erythrae）中的DasR鑒定為c-di-AMP的靶標，從而揭示c-di-AMP與該細菌中GlcNAc信號之間的直接聯系。研究還表明c-di-AMP結合刺激了DasR介導的GlcNAc攝取和利用抑制，并描述了c-di-AMP介導形成c-di-AMP連接的DasR二聚體形成的分子機制。由于GntR家族調控因子以二聚體形式與DNA互作，因此DasR的有效二聚體化激活了DasR對其目標調控子的調節。具體來說，DAC活性受到DasR的直接轉錄調控，從而形成調控環，調控從營養狀態到形態分化和抗生素合成的完整信號級聯。最后，系統發育分析和體外實驗進一步表明，c-di-AMP通過變構調節發揮全局調控作用，并通過DasR介導的信號整合在產生c-di-AMP的放線菌中可能是保守且必需的。
ChIP-seq分析在紅霉素產生菌中c-di-AMP升高對DasR依賴的全基因組影響
單細胞轉錄組
Smart-seq2項目：單細胞轉錄組測序揭示光療通過腦膜淋巴系統改善阿爾茲海默癥（AD）和衰老
期刊：Nature Communications 影響因子： IF 14.7 樣本：小鼠 海馬體
腦膜淋巴管（MLV）參與淀粉樣蛋白β（Aβ）的清除，被認為是阿爾茨海默�。ˋD）的潛在治療靶點。本研究基于MLV的表層空間分布，采用近紅外光調節淋巴引流，顯著改善老年小鼠和AD（5xFAD和APP/PS1）小鼠的認知，并通過減少aβ沉積、神經炎癥和神經元損傷等來改善AD相關病理。此外透射電子顯微鏡成像和RNA測序（Smart-seq2）數據表明，通過光調節改善了腦膜淋巴管內皮細胞（MLEC）的線粒體代謝和細胞連接。這些研究共同表明，近紅外光治療可以通過恢復mLEC功能來增強MLV清除能力，從而改善認知功能�？傊�，光的淋巴引流增強促進了衰老和AD小鼠模型的病理緩解和認知增強，為神經退行性疾病提供了潛在的改善策略。
微生物組
宏基因組測序項目：多組學分析揭示玉米青貯好氧變質及黃梁木葉精油對其影響的研究
期刊：Chemical Engineering Journal 影響因子： IF 13.3 樣本：青貯玉米
為了更好地理解青貯飼料的有氧變質過程及其潛在機制，以及黃梁木Neolamarckia cadamba（NCL）精油對這一過程的影響，研究者進行了宏基因組學、轉錄組學和代謝組學的分析。研究者在2021年制備了全株玉米青貯，并在暴露于空氣中的不同時間點（0、3、7、14天）進行了溫度、發酵質量、微生物群落和代謝物的分析。隨后，提取并分析了NCL精油的成分，并研究了其對從有氧惡化青貯中分離出的微生物菌株的抗菌活性。最后，在2022年，將NCL精油添加到全株玉米青貯中，研究其對青貯有氧穩定性的影響和機制。
全株玉米青貯在空氣中暴露14 d的變化
參考文獻：
1、 Lai K, Chen Z, Lin S, Ye K, Yuan Y, Li G, Song Y, Ma H, Mak TW, Xu Y. The IDH1-R132H mutation aggravates cisplatin-induced acute kidney injury by promoting ferroptosis through disrupting NDUFA1 and FSP1 interaction. Cell Death Differ. 2024 Sep 22. pii: 10.1038/s41418-024-01381-8. doi: 10.1038/s41418-024-01381-8. PubMed PMID: 39306640.
2、 Gu LJ, Li L, Li QN, Xu K, Yue W, Qiao JY, Meng TG, Dong MZ, Lei WL, Guo JN, Wang ZB, Sun QY. The transgenerational effects of maternal low-protein diet during lactation on offspring. J Genet Genomics. 2024 Apr 22. pii: S1673-8527(24)00079-1. doi: 10.1016/j.jgg.2024.04.008. PubMed PMID: 38657948.
3、 Ren P, Tong X, Li J, Jiang H, Liu S, Li X, Lai M, Yang W, Rong Y, Zhang Y, Jin J, Ma Y, Pan W, Fan HY, Zhang S, Zhang YL. CRL4DCAF13 E3 ubiquitin ligase targets MeCP2 for degradation to prevent DNA hypermethylation and ensure normal transcription in growing oocytes. Cell Mol Life Sci. 2024 Apr 5;81(1):165. pii: 10.1007/s00018-024-05185-4. doi: 10.1007/s00018-024-05185-4. PubMed PMID: 38578457.
4、 Zhang T, Zhao F, Li J, Sun X, Zhang X, Wang H, Fan P, Lai L, Li Z, Sui T. Programmable RNA 5-methylcytosine (m5C) modification of cellular RNAs by dCasRx conjugated methyltransferase and demethylase. Nucleic Acids Res. 2024 Feb 15. pii: 7608824. doi: 10.1093/nar/gkae110. PubMed PMID: 38366553.
5、 Chen B, et al. Metabolic Recoding of NSUN2-Mediated m5C Modification Promotes the Progression of Colorectal Cancer via the NSUN2/YBX1/m5C-ENO1 Positive Feedback Loop. Adv Sci (Weinh). 2024 May 20:e2309840. doi: 10.1002/advs.202309840. PubMed PMID: 38769664.
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7、 Ge, J., et al. Human papillomavirus-encoded circular RNA circE7 promotes immune evasion in head and neck squamous cell carcinoma. Nat Commun 15, 8609 (2024). https://doi.org/10.1038/s41467-024-52981-4.
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